Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 11,564,492 – 11,564,606 |
Length | 114 |
Max. P | 0.857706 |
Location | 11,564,492 – 11,564,606 |
---|---|
Length | 114 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 72.57 |
Mean single sequence MFE | -48.95 |
Consensus MFE | -23.94 |
Energy contribution | -23.92 |
Covariance contribution | -0.02 |
Combinations/Pair | 1.50 |
Mean z-score | -1.63 |
Structure conservation index | 0.49 |
SVM decision value | 0.09 |
SVM RNA-class probability | 0.577312 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 11564492 114 + 22224390 GGCAUCGAGGUGUAUAGCUGCAGUUGUGGUGCCUGGACAAUGGUUCCUGCCGCCGGAUUUAGUGGAGCGUCCAUAUAACCAUGUGGCAAAGUGGCCGCAG---UG---GCCAUUGACGCA .((.((.(((..((((((....))))).)..))).))(((((((..((((.((((......((((.....))))....((....)).....)))).))))---..---)))))))..)). ( -43.80) >DroPse_CAF1 7786 117 + 1 GGCAUCGAGGUGUACAGUUGCAGCUGUGGCUGCUGCACGAUUGUGCCGGCCGCCGGAUUCAGCGGCGUGUCCAUGUAGCCAUGGGGAACUGUUGCCGCAGCCGUG---GCCGCUAGCUGC .((((....)))).(((((((.((..(((((((.((((....)))).((((((((.......)))))(.((((((....)))))).)......))))))))))..---)).)).))))). ( -54.50) >DroGri_CAF1 9759 111 + 1 GGCAUGGAGGUGUACAGUUGUAAC---GGUUGCUGCACUAUGGUGCCAGCUGCUGGAUUCAGGGGUGUGUCCAUAUAGCCGUGUGGUGCUGCUGCUGCUG---GC---GCCGUUGGUUGC ((((((..((..(((..(((...(---(((.(((((((....))).)))).))))....)))..)))..))..))).)))....((((((((....)).)---))---)))......... ( -40.80) >DroWil_CAF1 29425 106 + 1 GGCAUUGAUGUAUACAAUUGCAA---UGGCUGCUGCACAAUUGUUCCGGCCGCUGGAUUCAAUGGUGUAUCCAUAUAGCCAUGUGGCACAGAAGC---UG---UG---GCCACUGCCA-- ((((....((((......))))(---((((((.(((((.((((.(((((...)))))..)))).)))))......)))))))(((((((((...)---))---).---))))))))).-- ( -38.50) >DroAna_CAF1 5253 117 + 1 GGCAUGGAGGUGUAGAGCUGCAGCUGCGGCGGCUGUACAAUAGUUCCCGCCGCCGGGUUGAGGGGCGUGUCCAUGUAGCCGUGCGGCAAGGUGGCUGCUG---UGGCGGCCACGAAUGCC (((((((((.((((.((((((.......)))))).))))....)))).((((((((.(....(((....)))....).))).)))))...((((((((..---..))))))))..))))) ( -58.80) >DroPer_CAF1 7605 117 + 1 GGCAUCGAGGUGUACAGUUGCAGCUGUGGCUGCUGCACGAUUGUGCCGGCCGCCGGAUUCAGCGGCGUGUCCAUGUAGCCAUGGGGUACUGUUGCCGCAGCCGUG---GCCGCCAGCUGC .((((....)))).(((((((.((..(((((((.(((.....(((((.(((((........)))))....(((((....))))))))))...))).)))))))..---)).).)))))). ( -57.30) >consensus GGCAUCGAGGUGUACAGUUGCAGCUGUGGCUGCUGCACAAUUGUGCCGGCCGCCGGAUUCAGCGGCGUGUCCAUAUAGCCAUGUGGCACUGUUGCCGCAG___UG___GCCACUAGCUGC (((.............((((((...(((((((..((((....))))))))))).((((.(......).)))).)))))).....(((......)))............)))......... (-23.94 = -23.92 + -0.02)
Location | 11,564,492 – 11,564,606 |
---|---|
Length | 114 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 72.57 |
Mean single sequence MFE | -42.00 |
Consensus MFE | -13.63 |
Energy contribution | -14.47 |
Covariance contribution | 0.84 |
Combinations/Pair | 1.41 |
Mean z-score | -2.30 |
Structure conservation index | 0.32 |
SVM decision value | 0.81 |
SVM RNA-class probability | 0.857706 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 11564492 114 - 22224390 UGCGUCAAUGGC---CA---CUGCGGCCACUUUGCCACAUGGUUAUAUGGACGCUCCACUAAAUCCGGCGGCAGGAACCAUUGUCCAGGCACCACAACUGCAGCUAUACACCUCGAUGCC .(((((.(((((---((---.((.(((......))).)))))))))...)))))............(((.((((.......(((....)))......)))).)))............... ( -32.72) >DroPse_CAF1 7786 117 - 1 GCAGCUAGCGGC---CACGGCUGCGGCAACAGUUCCCCAUGGCUACAUGGACACGCCGCUGAAUCCGGCGGCCGGCACAAUCGUGCAGCAGCCACAGCUGCAACUGUACACCUCGAUGCC ((((((.(((((---....)))))))).((((((..(((((....)))))....(((((((....)))))))..((((....)))).(((((....))))))))))).........))). ( -52.80) >DroGri_CAF1 9759 111 - 1 GCAACCAACGGC---GC---CAGCAGCAGCAGCACCACACGGCUAUAUGGACACACCCCUGAAUCCAGCAGCUGGCACCAUAGUGCAGCAACC---GUUACAACUGUACACCUCCAUGCC (((......((.---((---((((.((...(((........)))...((((..((....))..)))))).)))))).))...((((((.....---.......)))))).......))). ( -33.10) >DroWil_CAF1 29425 106 - 1 --UGGCAGUGGC---CA---CA---GCUUCUGUGCCACAUGGCUAUAUGGAUACACCAUUGAAUCCAGCGGCCGGAACAAUUGUGCAGCAGCCA---UUGCAAUUGUAUACAUCAAUGCC --.(((((((((---.(---((---(...))))))))).(((((...(((((.((....)).)))))..)))))..((((((((((....))..---..)))))))).........)))) ( -36.50) >DroAna_CAF1 5253 117 - 1 GGCAUUCGUGGCCGCCA---CAGCAGCCACCUUGCCGCACGGCUACAUGGACACGCCCCUCAACCCGGCGGCGGGAACUAUUGUACAGCCGCCGCAGCUGCAGCUCUACACCUCCAUGCC ((((...(((((.((..---..)).)))))..))))....(((...(((((..............(((((((..(.((....)).).))))))).(((....))).......)))))))) ( -42.80) >DroPer_CAF1 7605 117 - 1 GCAGCUGGCGGC---CACGGCUGCGGCAACAGUACCCCAUGGCUACAUGGACACGCCGCUGAAUCCGGCGGCCGGCACAAUCGUGCAGCAGCCACAGCUGCAACUGUACACCUCGAUGCC ((((((((((((---....)))))(((.........(((((....)))))....(((((((....)))))))..((((....))))....))).)))))))................... ( -54.10) >consensus GCAGCCAGCGGC___CA___CAGCGGCAACAGUGCCACAUGGCUACAUGGACACGCCACUGAAUCCGGCGGCCGGAACAAUUGUGCAGCAGCCACAGCUGCAACUGUACACCUCGAUGCC .........(((...........................(((((...((((............))))..)))))........((((((((((....)))))...)))))........))) (-13.63 = -14.47 + 0.84)
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