Locus 4382

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 11,527,067 – 11,527,237
Length 170
Max. P 0.999983
window7195 window7196 window7197 window7198 window7199

overview

Window 5

Location 11,527,067 – 11,527,184
Length 117
Sequences 5
Columns 117
Reading direction forward
Mean pairwise identity 96.41
Mean single sequence MFE -52.82
Consensus MFE -49.64
Energy contribution -50.44
Covariance contribution 0.80
Combinations/Pair 1.00
Mean z-score -2.67
Structure conservation index 0.94
SVM decision value 4.35
SVM RNA-class probability 0.999878
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 11527067 117 + 22224390
GGCCAUGUGAGCAAACACCAUCAGAUGCUGCUCGCCGAGCAGAUGCAUCUGUUGCAGCACCAGGAGCAGCUGGAGCUGGAGCAGAUGCACCAGCUGGGGCUGGCGCCGGAGCAGCAC
((...(((......)))))......(((((((..(((.((...((((((((((.((((.((((......)))).)))).))))))))))(((((....))))).)))))))))))). ( -58.20)
>DroSec_CAF1 8331 117 + 1
GGCCAUGUGAGCAAACACCAUCAGAUGCUGCUCGCCGAGCAGAUGCACCUGUUGCAGCACCAGGAGCAGCUGGACCUGGAGCAGAUGCACCAGCUGGGACUGGCGCCGGAGCAGCAC
((...(((......)))))......((((((((.((.(((.(.((((.(((((.(((..((((......))))..))).))))).)))).).))).))..((....)))))))))). ( -45.30)
>DroSim_CAF1 9486 117 + 1
GGCCAUGUGAGCAAACACCAUCAGAUGCUGCUCGCCGAGCAGAUGCACCUGUUGCAGCACCAGGAGCAGCUGGAGCUGGAGCAGAUGCACCAGCUGGGGCUGGCGCCGGAGCAGCAC
((...(((......)))))......(((((((..(((.((...((((.(((((.((((.((((......)))).)))).))))).))))(((((....))))).)))))))))))). ( -53.60)
>DroEre_CAF1 8182 117 + 1
GGCCAUGUGAGCAAACACCACCAGAUGCUGCUCGCCGAGCAGAUGCACCUGUUGCAGCACCAGGAGCAACUGGAGCUGGAGCAGAUGCACCAGCUGGGGCUGGCACCGGAGCAGCAU
((...(((......)))...))..((((((((((((.(((...((((.(((((.((((.((((......)))).)))).))))).))))((....)).))))))....))))))))) ( -53.30)
>DroYak_CAF1 8800 117 + 1
GGCCAUGUGAGCAAACACCACCAGAUGCUGCUCGCCGAGCAGAUGCACCUGUUGCAGCACCAGGAGCAACUGGAGCUGGAGCAAAUGCACCAGCUGGGGCUGGUGCCGGAGCAGCAU
((...(((......)))...))..((((((((..(((.(((..((((..((((.((((.((((......)))).)))).))))..))))(((((....))))))))))))))))))) ( -53.70)
>consensus
GGCCAUGUGAGCAAACACCAUCAGAUGCUGCUCGCCGAGCAGAUGCACCUGUUGCAGCACCAGGAGCAGCUGGAGCUGGAGCAGAUGCACCAGCUGGGGCUGGCGCCGGAGCAGCAC
((...(((......)))))......(((((((..(((.((...((((.(((((.((((.((((......)))).)))).))))).))))(((((....))))).)))))))))))). (-49.64 = -50.44 +   0.80)

alignment

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secondary structure

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Window 6

Location 11,527,067 – 11,527,184
Length 117
Sequences 5
Columns 117
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 96.41
Mean single sequence MFE -56.62
Consensus MFE -55.18
Energy contribution -54.94
Covariance contribution -0.24
Combinations/Pair 1.10
Mean z-score -3.56
Structure conservation index 0.97
SVM decision value 5.32
SVM RNA-class probability 0.999983
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 11527067 117 - 22224390
GUGCUGCUCCGGCGCCAGCCCCAGCUGGUGCAUCUGCUCCAGCUCCAGCUGCUCCUGGUGCUGCAACAGAUGCAUCUGCUCGGCGAGCAGCAUCUGAUGGUGUUUGCUCACAUGGCC
..((((...))))(((((((..(((.((((((((((...((((.((((......)))).))))...)))))))))).))).)))((((((((((....)))).))))))...)))). ( -58.80)
>DroSec_CAF1 8331 117 - 1
GUGCUGCUCCGGCGCCAGUCCCAGCUGGUGCAUCUGCUCCAGGUCCAGCUGCUCCUGGUGCUGCAACAGGUGCAUCUGCUCGGCGAGCAGCAUCUGAUGGUGUUUGCUCACAUGGCC
..((((...))))(((((.((.(((.((((((((((...(((..((((......))))..)))...)))))))))).))).)))((((((((((....)))).))))))...)))). ( -51.80)
>DroSim_CAF1 9486 117 - 1
GUGCUGCUCCGGCGCCAGCCCCAGCUGGUGCAUCUGCUCCAGCUCCAGCUGCUCCUGGUGCUGCAACAGGUGCAUCUGCUCGGCGAGCAGCAUCUGAUGGUGUUUGCUCACAUGGCC
..((((...))))(((((((..(((.((((((((((...((((.((((......)))).))))...)))))))))).))).)))((((((((((....)))).))))))...)))). ( -58.20)
>DroEre_CAF1 8182 117 - 1
AUGCUGCUCCGGUGCCAGCCCCAGCUGGUGCAUCUGCUCCAGCUCCAGUUGCUCCUGGUGCUGCAACAGGUGCAUCUGCUCGGCGAGCAGCAUCUGGUGGUGUUUGCUCACAUGGCC
(((((((((.(....).(((..(((.((((((((((...((((.((((......)))).))))...)))))))))).))).))))))))))))..(((.((((......)))).))) ( -57.70)
>DroYak_CAF1 8800 117 - 1
AUGCUGCUCCGGCACCAGCCCCAGCUGGUGCAUUUGCUCCAGCUCCAGUUGCUCCUGGUGCUGCAACAGGUGCAUCUGCUCGGCGAGCAGCAUCUGGUGGUGUUUGCUCACAUGGCC
(((((((((.(((....)))(((((.((((((((((...((((.((((......)))).))))...)))))))))).))).)).)))))))))..(((.((((......)))).))) ( -56.60)
>consensus
GUGCUGCUCCGGCGCCAGCCCCAGCUGGUGCAUCUGCUCCAGCUCCAGCUGCUCCUGGUGCUGCAACAGGUGCAUCUGCUCGGCGAGCAGCAUCUGAUGGUGUUUGCUCACAUGGCC
..((((...))))(((((((..(((.((((((((((...((((.((((......)))).))))...)))))))))).))).)))((((((((((....)))).))))))...)))). (-55.18 = -54.94 +  -0.24)

alignment

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secondary structure

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Window 7

Location 11,527,107 – 11,527,224
Length 117
Sequences 5
Columns 117
Reading direction forward
Mean pairwise identity 96.24
Mean single sequence MFE -49.60
Consensus MFE -45.96
Energy contribution -46.40
Covariance contribution 0.44
Combinations/Pair 1.03
Mean z-score -2.31
Structure conservation index 0.93
SVM decision value 3.57
SVM RNA-class probability 0.999397
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 11527107 117 + 22224390
AGAUGCAUCUGUUGCAGCACCAGGAGCAGCUGGAGCUGGAGCAGAUGCACCAGCUGGGGCUGGCGCCGGAGCAGCACCAUCAUGUGACCGUCGACGAGAUCAUCGAGCUGCCCACAU
...((((((((((.((((.((((......)))).)))).))))))))))(((((....)))))....((.(((((....((....))...((((.(....).))))))))))).... ( -53.50)
>DroSec_CAF1 8371 117 + 1
AGAUGCACCUGUUGCAGCACCAGGAGCAGCUGGACCUGGAGCAGAUGCACCAGCUGGGACUGGCGCCGGAGCAGCACCAUCAUGUGACCGUCGACGAGAUCAUCGAGCUGCCCACAU
....((.((.(((.((((.((((......))))...(((.((....)).))))))).))).)).)).((.(((((....((....))...((((.(....).))))))))))).... ( -42.10)
>DroSim_CAF1 9526 117 + 1
AGAUGCACCUGUUGCAGCACCAGGAGCAGCUGGAGCUGGAGCAGAUGCACCAGCUGGGGCUGGCGCCGGAGCAGCACCAUCAUGUGACCGUCGACGAGAUCAUCGAGCUGCCCACAU
...((((.(((((.((((.((((......)))).)))).))))).))))(((((....)))))....((.(((((....((....))...((((.(....).))))))))))).... ( -48.90)
>DroEre_CAF1 8222 117 + 1
AGAUGCACCUGUUGCAGCACCAGGAGCAACUGGAGCUGGAGCAGAUGCACCAGCUGGGGCUGGCACCGGAGCAGCAUCAUCACGUCACCGUCGACGAGAUCAUCGAGCUGCCCACAU
...((((.(((((.((((.((((......)))).)))).))))).))))(((((....)))))....((.(((((.(((((.((((......)))).)))....))))))))).... ( -53.40)
>DroYak_CAF1 8840 117 + 1
AGAUGCACCUGUUGCAGCACCAGGAGCAACUGGAGCUGGAGCAAAUGCACCAGCUGGGGCUGGUGCCGGAGCAGCAUCAUCAUGUGACCGUCGACGAGAUCAUCGAGCUGCCCACAU
.........((((.((((.((((......)))).)))).))))...((((((((....)))))))).((.(((((.((((...))))...((((.(....).))))))))))).... ( -50.10)
>consensus
AGAUGCACCUGUUGCAGCACCAGGAGCAGCUGGAGCUGGAGCAGAUGCACCAGCUGGGGCUGGCGCCGGAGCAGCACCAUCAUGUGACCGUCGACGAGAUCAUCGAGCUGCCCACAU
...((((.(((((.((((.((((......)))).)))).))))).))))(((((....)))))....((.(((((....(((((....))).))(((.....))).))))))).... (-45.96 = -46.40 +   0.44)

alignment

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Window 8

Location 11,527,107 – 11,527,224
Length 117
Sequences 5
Columns 117
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 96.24
Mean single sequence MFE -53.64
Consensus MFE -50.64
Energy contribution -50.44
Covariance contribution -0.20
Combinations/Pair 1.13
Mean z-score -3.01
Structure conservation index 0.94
SVM decision value 4.83
SVM RNA-class probability 0.999954
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 11527107 117 - 22224390
AUGUGGGCAGCUCGAUGAUCUCGUCGACGGUCACAUGAUGGUGCUGCUCCGGCGCCAGCCCCAGCUGGUGCAUCUGCUCCAGCUCCAGCUGCUCCUGGUGCUGCAACAGAUGCAUCU
.((.((((.(.((((((....)))))))..........((((((((...))))))))))))))...((((((((((...((((.((((......)))).))))...)))))))))). ( -55.50)
>DroSec_CAF1 8371 117 - 1
AUGUGGGCAGCUCGAUGAUCUCGUCGACGGUCACAUGAUGGUGCUGCUCCGGCGCCAGUCCCAGCUGGUGCAUCUGCUCCAGGUCCAGCUGCUCCUGGUGCUGCAACAGGUGCAUCU
(((((((((((.(((((....)))))((.(((....))).)))))))))(((((((((...(((((((...(((((...))))))))))))...)))))))))........)))).. ( -52.00)
>DroSim_CAF1 9526 117 - 1
AUGUGGGCAGCUCGAUGAUCUCGUCGACGGUCACAUGAUGGUGCUGCUCCGGCGCCAGCCCCAGCUGGUGCAUCUGCUCCAGCUCCAGCUGCUCCUGGUGCUGCAACAGGUGCAUCU
.((.((((.(.((((((....)))))))..........((((((((...))))))))))))))...((((((((((...((((.((((......)))).))))...)))))))))). ( -54.90)
>DroEre_CAF1 8222 117 - 1
AUGUGGGCAGCUCGAUGAUCUCGUCGACGGUGACGUGAUGAUGCUGCUCCGGUGCCAGCCCCAGCUGGUGCAUCUGCUCCAGCUCCAGUUGCUCCUGGUGCUGCAACAGGUGCAUCU
.((.(((((((.(((((....)))))(((....)))......)))))))))..((((((....))))))(((((((...((((.((((......)))).))))...))))))).... ( -55.50)
>DroYak_CAF1 8840 117 - 1
AUGUGGGCAGCUCGAUGAUCUCGUCGACGGUCACAUGAUGAUGCUGCUCCGGCACCAGCCCCAGCUGGUGCAUUUGCUCCAGCUCCAGUUGCUCCUGGUGCUGCAACAGGUGCAUCU
((((((.(.(.((((((....)))))))).))))))...(((((.......((((((((....))))))))(((((...((((.((((......)))).))))...)))))))))). ( -50.30)
>consensus
AUGUGGGCAGCUCGAUGAUCUCGUCGACGGUCACAUGAUGGUGCUGCUCCGGCGCCAGCCCCAGCUGGUGCAUCUGCUCCAGCUCCAGCUGCUCCUGGUGCUGCAACAGGUGCAUCU
.((.((((.(.((((((....)))))))..........((((((((...))))))))))))))...((((((((((...((((.((((......)))).))))...)))))))))). (-50.64 = -50.44 +  -0.20)

alignment

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secondary structure

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dotplot

Postscript

Window 9

Location 11,527,144 – 11,527,237
Length 93
Sequences 5
Columns 93
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 96.77
Mean single sequence MFE -40.46
Consensus MFE -38.74
Energy contribution -38.70
Covariance contribution -0.04
Combinations/Pair 1.13
Mean z-score -1.72
Structure conservation index 0.96
SVM decision value 2.29
SVM RNA-class probability 0.991879
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 11527144 93 - 22224390
UGUCCCGCCGUCGAUGUGGGCAGCUCGAUGAUCUCGUCGACGGUCACAUGAUGGUGCUGCUCCGGCGCCAGCCCCAGCUGGUGCAUCUGCUCC
.....(((((((.((((((.(.(.((((((....)))))))).)))))))))))))..((....((((((((....))))))))....))... ( -42.60)
>DroSec_CAF1 8408 93 - 1
UGUCCCGCCGUCGAUGUGGGCAGCUCGAUGAUCUCGUCGACGGUCACAUGAUGGUGCUGCUCCGGCGCCAGUCCCAGCUGGUGCAUCUGCUCC
.....(((((((.((((((.(.(.((((((....)))))))).)))))))))))))..((....((((((((....))))))))....))... ( -40.90)
>DroSim_CAF1 9563 93 - 1
UGUCCCGCCGUCGAUGUGGGCAGCUCGAUGAUCUCGUCGACGGUCACAUGAUGGUGCUGCUCCGGCGCCAGCCCCAGCUGGUGCAUCUGCUCC
.....(((((((.((((((.(.(.((((((....)))))))).)))))))))))))..((....((((((((....))))))))....))... ( -42.60)
>DroEre_CAF1 8259 93 - 1
UGUCCCGCCGUCGAUGUGGGCAGCUCGAUGAUCUCGUCGACGGUGACGUGAUGAUGCUGCUCCGGUGCCAGCCCCAGCUGGUGCAUCUGCUCC
.........((.((((((((((((.(((((....)))))(((....)))......))))).))...((((((....))))))))))).))... ( -38.40)
>DroYak_CAF1 8877 93 - 1
UGUCCCGCCGUCGAUGUGGGCAGCUCGAUGAUCUCGUCGACGGUCACAUGAUGAUGCUGCUCCGGCACCAGCCCCAGCUGGUGCAUUUGCUCC
(((...((((((((((.(..((......))..).)))))))))).)))..........((....((((((((....))))))))....))... ( -37.80)
>consensus
UGUCCCGCCGUCGAUGUGGGCAGCUCGAUGAUCUCGUCGACGGUCACAUGAUGGUGCUGCUCCGGCGCCAGCCCCAGCUGGUGCAUCUGCUCC
.....(((((((.((((((.(.(.((((((....)))))))).)))))))))))))..((....((((((((....))))))))....))... (-38.74 = -38.70 +  -0.04)

alignment

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