Locus 4378

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 11,511,724 – 11,511,875
Length 151
Max. P 0.968793
window7187 window7188 window7189

overview

Window 7

Location 11,511,724 – 11,511,841
Length 117
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 82.94
Mean single sequence MFE -44.72
Consensus MFE -34.74
Energy contribution -35.38
Covariance contribution 0.64
Combinations/Pair 1.16
Mean z-score -3.92
Structure conservation index 0.78
SVM decision value 1.50
SVM RNA-class probability 0.959540
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 11511724 117 + 22224390
UACAAAUGUGGAUGCACCGGAUAGAUGACAUUCG---GUUGUCAACCAGAGUGAUAACAACAAUUCGGUGGUUAUCGUCCUGGUUGACAACAAGCCCAGCUCGAUGAUCUGCAAGGAUAG
......((..(((.((.(((...((......)).---((((((((((((..(((((((.((......)).)))))))..)))))))))))).........))).)))))..))....... ( -41.10)
>DroVir_CAF1 26856 115 + 1
--UG---AUCGAGGGGCCGGACAGAUGACAUUCGGCGGCGGUCAAUCAGAGCGAGAACAACAAUUCGGUUGUGAUUGUUCUGGUUGACAACAAGCCCAGCUCGAUGAUCUGCAAGGAGGG
--..---((((((..((((((.........))))))(((.((((((((((((((..(((((......)))))..)))))))))))))).....)))...))))))..(((....)))... ( -47.30)
>DroPse_CAF1 10513 114 + 1
UCUG---ACGGAUGGCCCGGACAGAUGACAUUCG---GUUGUCAAUCAGAGCGAUAACAACAACUCUGUGGUUAUCGUUCUGGUUGACAACAAGCCCAGUUCGAUGAUCUGCAAGGACAG
(((.---.(((((.(..(((((.((......)).---(((((((((((((((((((((.(((....))).))))))))))))))))))))).......))))).).)))))..))).... ( -48.20)
>DroWil_CAF1 8386 113 + 1
UCCAUA----GCCAUAGAGGACAGAUGACAUUCG---GUUGUCAAUCAGAGUGAUAACAACAAUUCGGUGGUUAUCGUUCUGGUUGACAAUAAACCCAGCUCCAUGAUAUGCAAAGAGGG
..((((----..(((.(((....((......)).---(((((((((((((((((((((.((......)).)))))))))))))))))))))........))).))).))))......... ( -35.10)
>DroMoj_CAF1 25202 113 + 1
-------AUCGAUGCGCCGGACAGAUGACAUUCGGCGGUUGUCAACCAGAGCGAUAACAACAACUCGGUGGUUAUCGUGCUGGUUGACAACAAGCCCAGCUCGAUGAUCUGCAAGGAGGG
-------(((((.((((((((.........)))))).((((((((((((.((((((((.((......)).)))))))).)))))))))))).......)))))))..(((....)))... ( -48.40)
>DroPer_CAF1 10801 114 + 1
UCUG---ACGGAUGGCCCGGACAGAUGACAUUCG---GUUGUCAAUCAGAGCGAUAACAACAACUCUGUGGUUAUCGUUCUGGUUGACAACAAGCCCAGUUCGAUGAUCUGCAAGGACAG
(((.---.(((((.(..(((((.((......)).---(((((((((((((((((((((.(((....))).))))))))))))))))))))).......))))).).)))))..))).... ( -48.20)
>consensus
UCUG___AUGGAUGGACCGGACAGAUGACAUUCG___GUUGUCAAUCAGAGCGAUAACAACAACUCGGUGGUUAUCGUUCUGGUUGACAACAAGCCCAGCUCGAUGAUCUGCAAGGAGAG
................((...(((((...........(((((((((((((((((((((.((......)).))))))))))))))))))))).....((......)))))))...)).... (-34.74 = -35.38 +   0.64)

alignment

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secondary structure

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dotplot

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Window 8

Location 11,511,724 – 11,511,841
Length 117
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 82.94
Mean single sequence MFE -36.00
Consensus MFE -25.59
Energy contribution -27.15
Covariance contribution 1.56
Combinations/Pair 1.16
Mean z-score -2.39
Structure conservation index 0.71
SVM decision value 0.57
SVM RNA-class probability 0.785675
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 11511724 117 - 22224390
CUAUCCUUGCAGAUCAUCGAGCUGGGCUUGUUGUCAACCAGGACGAUAACCACCGAAUUGUUGUUAUCACUCUGGUUGACAAC---CGAAUGUCAUCUAUCCGGUGCAUCCACAUUUGUA
....(((.((.(.....)..)).)))...(((((((((((((..((((((.((......)).))))))..)))))))))))))---(((((((((((.....)))).....))))))).. ( -36.90)
>DroVir_CAF1 26856 115 - 1
CCCUCCUUGCAGAUCAUCGAGCUGGGCUUGUUGUCAACCAGAACAAUCACAACCGAAUUGUUGUUCUCGCUCUGAUUGACCGCCGCCGAAUGUCAUCUGUCCGGCCCCUCGAU---CA--
...........((((...(.(((((((..((.(((((.((((.(....(((((......)))))....).)))).))))).))....((......)).))))))).)...)))---).-- ( -29.10)
>DroPse_CAF1 10513 114 - 1
CUGUCCUUGCAGAUCAUCGAACUGGGCUUGUUGUCAACCAGAACGAUAACCACAGAGUUGUUGUUAUCGCUCUGAUUGACAAC---CGAAUGUCAUCUGUCCGGGCCAUCCGU---CAGA
..((((..((((((((......))(((..((((((((.((((.(((((((.((......)).))))))).)))).))))))))---.....)))))))))..)))).......---.... ( -37.90)
>DroWil_CAF1 8386 113 - 1
CCCUCUUUGCAUAUCAUGGAGCUGGGUUUAUUGUCAACCAGAACGAUAACCACCGAAUUGUUGUUAUCACUCUGAUUGACAAC---CGAAUGUCAUCUGUCCUCUAUGGC----UAUGGA
.........((((((((((((...(((....((((((.((((..((((((.((......)).))))))..)))).))))))))---)((......))....)))))))).----)))).. ( -30.80)
>DroMoj_CAF1 25202 113 - 1
CCCUCCUUGCAGAUCAUCGAGCUGGGCUUGUUGUCAACCAGCACGAUAACCACCGAGUUGUUGUUAUCGCUCUGGUUGACAACCGCCGAAUGUCAUCUGUCCGGCGCAUCGAU-------
...((..(((.(.....)..(((((((..((((((((((((..(((((((.((......)).)))))))..))))))))))))....((......)).))))))))))..)).------- ( -43.40)
>DroPer_CAF1 10801 114 - 1
CUGUCCUUGCAGAUCAUCGAACUGGGCUUGUUGUCAACCAGAACGAUAACCACAGAGUUGUUGUUAUCGCUCUGAUUGACAAC---CGAAUGUCAUCUGUCCGGGCCAUCCGU---CAGA
..((((..((((((((......))(((..((((((((.((((.(((((((.((......)).))))))).)))).))))))))---.....)))))))))..)))).......---.... ( -37.90)
>consensus
CCCUCCUUGCAGAUCAUCGAGCUGGGCUUGUUGUCAACCAGAACGAUAACCACCGAAUUGUUGUUAUCGCUCUGAUUGACAAC___CGAAUGUCAUCUGUCCGGCCCAUCCAU___CAGA
..................(.(((((((..((((((((.((((.(((((((.((......)).))))))).)))).))))))))....((......)).))))))).)............. (-25.59 = -27.15 +   1.56)

alignment

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Window 9

Location 11,511,761 – 11,511,875
Length 114
Sequences 6
Columns 114
Reading direction forward
Mean pairwise identity 81.11
Mean single sequence MFE -42.12
Consensus MFE -29.07
Energy contribution -28.82
Covariance contribution -0.25
Combinations/Pair 1.21
Mean z-score -3.95
Structure conservation index 0.69
SVM decision value 1.63
SVM RNA-class probability 0.968793
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 11511761 114 + 22224390
GUCAACCAGAGUGAUAACAACAAUUCGGUGGUUAUCGUCCUGGUUGACAACAAGCCCAGCUCGAUGAUCUGCAAGGAUAGCAAGGGCGGCAACAUCGAUGUGCUCGAAUCGCAG
(((((((((..(((((((.((......)).)))))))..))))))))).....(((..((((....((((....)))).....)))))))....((((.....))))....... ( -40.70)
>DroVir_CAF1 26891 105 + 1
GUCAAUCAGAGCGAGAACAACAAUUCGGUUGUGAUUGUUCUGGUUGACAACAAGCCCAGCUCGAUGAUCUGCAAGGAGGGCAGCCGU------GUCGACA---UCGAUUCGCAG
((((((((((((((..(((((......)))))..))))))))))))))..........((((((((.((.(((.((.......)).)------)).))))---))))...)).. ( -41.40)
>DroGri_CAF1 8777 105 + 1
GUCAAUCAGAGUGAUAACAACAAUUCGGUGGUUAUCGUUCUGGUUGACAACAAGCCCAGCUCGAUGAUCUGCAAGGAGGGCAGCAGC------AUCGAUA---UCGACUCCAAG
((((((((((((((((((.((......)).))))))))))))))))))............((((((..((((.......))))...)------)))))..---........... ( -37.00)
>DroMoj_CAF1 25235 105 + 1
GUCAACCAGAGCGAUAACAACAACUCGGUGGUUAUCGUGCUGGUUGACAACAAGCCCAGCUCGAUGAUCUGCAAGGAGGGCAGCCGC------GUGGACA---UCGACUCCAAG
(((((((((.((((((((.((......)).)))))))).))))))))).........((.((((((.((..(..((.......))..------)..))))---))))))..... ( -41.90)
>DroAna_CAF1 9119 107 + 1
GUCAACCAGAAUGAUAACAACAACUCGGUGGUUAUCGUUCUGGUUGACAACAAGCCCAGCUCGAUGAUCUGCAAGGAUGGGAAGAGC---CACAUCGACAUGGAG----GGCGU
((((((((((((((((((.((......)).)))))))))))))))))).....((((.((((..(.((((....)))).)...))))---..(((....)))..)----))).. ( -48.10)
>DroPer_CAF1 10835 111 + 1
GUCAAUCAGAGCGAUAACAACAACUCUGUGGUUAUCGUUCUGGUUGACAACAAGCCCAGUUCGAUGAUCUGCAAGGACAGCAAGAGU---AAUCUCGACAUCAUCGAUCCCAAG
((((((((((((((((((.(((....))).))))))))))))))))))............((((((((.(((.......))).(((.---...)))...))))))))....... ( -43.60)
>consensus
GUCAACCAGAGCGAUAACAACAACUCGGUGGUUAUCGUUCUGGUUGACAACAAGCCCAGCUCGAUGAUCUGCAAGGAGGGCAACAGC______AUCGACA___UCGACUCCAAG
((((((((((((((((((.((......)).))))))))))))))))))......((..((..........))..))...................................... (-29.07 = -28.82 +  -0.25)

alignment

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