Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 11,455,553 – 11,455,646 |
Length | 93 |
Max. P | 0.993011 |
Location | 11,455,553 – 11,455,646 |
---|---|
Length | 93 |
Sequences | 6 |
Columns | 93 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 90.11 |
Mean single sequence MFE | -37.87 |
Consensus MFE | -33.60 |
Energy contribution | -34.30 |
Covariance contribution | 0.70 |
Combinations/Pair | 1.17 |
Mean z-score | -2.65 |
Structure conservation index | 0.89 |
SVM decision value | 2.37 |
SVM RNA-class probability | 0.993011 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 11455553 93 - 22224390 CUGCUGCCACUGCUGCAGCAGCAGCCAGCAUAUUGUUGUUUCUCGAGCGUCGUAUCAGCUGGGAGACAAUCGGAUAGUUGGCAGCGGCACCUC .((((((..((((....))))..((((((.((((((((((((((.(((.........)))))))))))))..)))))))))).)))))).... ( -39.60) >DroSec_CAF1 940 93 - 1 CUGCUGCCACCGCUGCAGCAGCAGCCAGCAUAUUAUUGUUUCUCGAGCGUCGUAUCAGCUGGGAGACAAUGGGAUAGUUGGCAGCGGCACCUC (((((((((.((((((....))))).......((((((((((((.(((.........)))))))))))))))....).)))))))))...... ( -40.40) >DroSim_CAF1 347 93 - 1 CUGCUGCCACCGCUGCAGCAGCAGCCAGCAUAUUAUUGUUUCUCGAGCGUCGUAUCAGCUGGGAGACAAUGGGAUAGUUGGCAGCGGCACCUC (((((((((.((((((....))))).......((((((((((((.(((.........)))))))))))))))....).)))))))))...... ( -40.40) >DroEre_CAF1 920 93 - 1 CUGCUGCCACCGCUGCAGCAGCAGCCAGCAUAUUGUUGUUUCUGGAGCGUCUUAUCAGCUGGGAAACAAUGGGAUAGUUGGCAGCGGCACCUC (((((((((.((((((....))))).......(..((((((((.(.((.........))).))))))))..)....).)))))))))...... ( -37.00) >DroWil_CAF1 9218 93 - 1 CCGCGGCAGCUGCUGCUGCCGCAGCAAGCAUAUUAUUGUUACGUGAUCGUCGAAUGAGCUGGGAGACAAUAGGAUAAUUGGCAGCUGCUCCAC ..(.((((((((((..(.((.((((.((((......))))(((....))).......))))(....)....))...)..)))))))))).).. ( -30.80) >DroYak_CAF1 926 93 - 1 CUGCUGCCACAGCUGCAGCAGCAGCCAGCAUAUUGUUGUUUCUCGAGCGCCGUAUCAGCUGGGAAACAAUCGGAUAGUUGGCAGCGGCACCUC ((((((((...(((((....))))).(((.((((((((((((((.(((.........)))))))))))))..)))))))))))))))...... ( -39.00) >consensus CUGCUGCCACCGCUGCAGCAGCAGCCAGCAUAUUAUUGUUUCUCGAGCGUCGUAUCAGCUGGGAGACAAUGGGAUAGUUGGCAGCGGCACCUC (((((((((..(((((....))))).......((((((((((((.(((.........)))))))))))))))......)))))))))...... (-33.60 = -34.30 + 0.70)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 11:22:58 2006