Locus 4307

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	11,359,713 – 11,359,836
Length	123
Max. P	0.703678

overview

Window 2

Location	11,359,713 – 11,359,804
Length	91
Sequences	6
Columns	91
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	85.13
Mean single sequence MFE	-20.53
Consensus MFE	-18.41
Energy contribution	-17.72
Covariance contribution	-0.69
Combinations/Pair	1.15
Mean z-score	-1.34
Structure conservation index	0.90
SVM decision value	0.05
SVM RNA-class probability	0.557868
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 11359713 91 + 22224390
CGCAACGGCAAUAACCAUCAAUUAUCGUCUGUCAAUUGCGAGUCUUGUAAUGUGUAUCUCAGCGAUACAGAUACAUGGCACUGCCGCCACC
.....(((((..............((((.........))))(((.((((.(.((((((.....)))))).))))).)))..)))))..... ( -22.40)
>DroPse_CAF1 26764 80 + 1
UACAACAGCAAUAACCAUCAAUUAUCGUCUGUCAACUGUGAGUCUUGUAAUGUGUAUCUCGCAGAUACAGAUACAUGGCU-----------
(((((((((.((((.......)))).).))))....))))((((.((((.(.((((((.....)))))).))))).))))----------- ( -16.80)
>DroEre_CAF1 24259 91 + 1
CGCAACGGCAAUAACCAUCAAUUAUCGUCUGUCAAUUGCGAGUCUUGUAAUGUGUAUCUCAGCGAUACAGAUACAUGGCACCGCCGCCACC
.....((((...............((((.........))))(((.((((.(.((((((.....)))))).))))).)))...))))..... ( -21.90)
>DroYak_CAF1 25644 91 + 1
CGCAACGGCAAUAACCAUCAAUUAUCGUCUGUCAAUUGCGAGUCUUGUAAUGUGUAUCUCAGCGAUACAGAUACAUGGCACCGCCGCCACC
.....((((...............((((.........))))(((.((((.(.((((((.....)))))).))))).)))...))))..... ( -21.90)
>DroAna_CAF1 14809 89 + 1
CG-AACGGCAAUAACCAUCAAUUAUCGUCUGUCAAUCGCGAGUCUUGUAAUGUGUAUCUGCGAGAUACAGAUACAUGGCAUUGU-GCUGCC
..-..(((((..............((((.........))))(((.((((.(.((((((.....)))))).))))).)))....)-)))).. ( -20.70)
>DroPer_CAF1 25979 80 + 1
UACAACAGCAAUAACCAUCAAUUAUCGUCUGUCAACUGUGAGCCUUGUAAUGUGUAUCUCGCAGAUACAGAUACAUGGCU-----------
(((((((((.((((.......)))).).))))....))))((((.((((.(.((((((.....)))))).))))).))))----------- ( -19.50)
>consensus
CGCAACGGCAAUAACCAUCAAUUAUCGUCUGUCAAUUGCGAGUCUUGUAAUGUGUAUCUCAGAGAUACAGAUACAUGGCAC_GC_GCCACC
(((((((((.((((.......)))).).))))....)))).(((.((((.(.((((((.....)))))).))))).)))............ (-18.41 = -17.72 +  -0.69)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 3

Location	11,359,733 – 11,359,836
Length	103
Sequences	6
Columns	111
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	83.96
Mean single sequence MFE	-29.08
Consensus MFE	-21.34
Energy contribution	-22.40
Covariance contribution	1.06
Combinations/Pair	1.09
Mean z-score	-2.29
Structure conservation index	0.73
SVM decision value	0.36
SVM RNA-class probability	0.703678
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 11359733 103 + 22224390
AUUAUCGUCUGUCAAUUGCGAGUCUUGUAAUGUGUAUCUCAGCGAUACAGAUACAUGGCACUGCCGCCACCGCC------AUCGCCUGCCAU-UAGA-UAUAUUGAUAGAU
......((((((((((.((((....((((.(.((((((.....)))))).)))))((((......)))).....------.))))(((....-))).-...)))))))))) ( -27.60)
>DroPse_CAF1 26784 85 + 1
AUUAUCGUCUGUCAACUGUGAGUCUUGUAAUGUGUAUCUCGCAGAUACAGAUACAUGGCU--------------------------UGCAGUGCAGAUUAUAUUGAUGGAU
..(((.((((((..((((..((((.((((.(.((((((.....)))))).))))).))))--------------------------..)))))))))).)))......... ( -31.50)
>DroSec_CAF1 20666 103 + 1
AUUAUCGUCUGUCAAUUGCGAGUCUUGUAAUGUGUAUCUCAGCGAUACAGAUACAUGGCACCGCCGCCACCGCC------AUCGCCUGCCAU-UAGA-UAUAUUGAUAGAU
......((((((((((.((((....((((.(.((((((.....)))))).)))))((((......)))).....------.))))(((....-))).-...)))))))))) ( -27.60)
>DroSim_CAF1 3273 103 + 1
AUUAUCGUCUGUCAAUUGCGAGUCUUGUAAUGUGUAUCUCAGCGAUACAGAUACAUGGCACCGCCGCCACCGCC------AUCGCCUGCCAU-UAGA-UAUAUUGAUAGAU
......((((((((((.((((....((((.(.((((((.....)))))).)))))((((......)))).....------.))))(((....-))).-...)))))))))) ( -27.60)
>DroYak_CAF1 25664 109 + 1
AUUAUCGUCUGUCAAUUGCGAGUCUUGUAAUGUGUAUCUCAGCGAUACAGAUACAUGGCACCGCCGCCACCGCCAUCGCCAUCGCCUGCCAU-UAGA-UAUAUUGAUAGAU
......(((((((((((((((...)))))))(((((((((((((((...(((...((((......)))).....)))...)))).)))....-.)))-))))))))))))) ( -28.80)
>DroAna_CAF1 14828 102 + 1
AUUAUCGUCUGUCAAUCGCGAGUCUUGUAAUGUGUAUCUGCGAGAUACAGAUACAUGGCAUUGU-GCUGCCGCC------GCUGCCUCGCAU-UAGA-UAUAUUGAUAGAU
......((((((((((.(((((.(..((...(((((((((.......)))))))))((((....-..))))...------)).).)))))((-....-.)))))))))))) ( -31.40)
>consensus
AUUAUCGUCUGUCAAUUGCGAGUCUUGUAAUGUGUAUCUCAGCGAUACAGAUACAUGGCACCGCCGCCACCGCC______AUCGCCUGCCAU_UAGA_UAUAUUGAUAGAU
......((((((((((.(((((((.((((.(.((((((.....)))))).))))).)))......((....))........))))(((.....))).....)))))))))) (-21.34 = -22.40 +   1.06)

alignment

secondary structure

dotplot

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