Locus 4256

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	11,177,747 – 11,177,867
Length	120
Max. P	0.780416

overview

Window 3

Location	11,177,747 – 11,177,867
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	77.28
Mean single sequence MFE	-50.92
Consensus MFE	-23.57
Energy contribution	-24.63
Covariance contribution	1.06
Combinations/Pair	1.39
Mean z-score	-2.20
Structure conservation index	0.46
SVM decision value	0.56
SVM RNA-class probability	0.780416
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 11177747 120 + 22224390
CCACAGCAUGGCCAGCUUCUGGCCGAACUGCAGCGGGAUCUGGAGCGACGACAAAGCUACCUGCAGUACCUGAUGCGACACAGGCAACAGCUCCUGCUGCGAUCGGAGCAAUUGGAGCAG
.....((.(((((((...)))))))...((((((((((.(((..((.........((.....)).....(((........)))))..))).)))))))))).((.((....)).)))).. ( -43.90)
>DroVir_CAF1 5412 120 + 1
CCGCAGCAUGCCCAGCUGCUGCUGGAACUCCAGCAUGAUAUGCAGCGCAGGCAGAGCUAUCUGCAGUACCUGCUCGUGCAUCGACAGCAGCUUCUGUUGCGCGCCGAGCAGCUGGAACAG
..((.....))((((((((((((((....)))))..........((((..(((((....))))).((...(((....)))...)).(((((....)))))))))..)))))))))..... ( -52.80)
>DroGri_CAF1 5448 120 + 1
CCGCAGCAUGCGCAGCUGUUGCUCGAACUCCAAAAUGAUCGGCAGCGUCGCCAGAGUUACCUGCAGUACCUGCUCGUCCAUCGACAGCAGCUGCUGCUGCGGUCCGAGCAGCUGGAGCAG
((((((((...((((((((((.((((.........((..((((((.(((..(((......)))..).)))))).))..))))))))))))))))))))))))((((......)))).... ( -49.50)
>DroWil_CAF1 5264 120 + 1
UGCCAGCAUGCCCAGUUGUUGGCCGAACUGCAACGUGAUCUGCAGCGUAGGCAAAGCUAUUUGCAAUAUCUGAUGCGUCAUCGCCAGCAAUUGCUGCUGCGUACAGAACAGCUGGAUCAG
.(((((((........)))))))............(((((..((((....(((((....)))))....((((.(((((....((.(((....))))).)))))))))...))))))))). ( -38.80)
>DroMoj_CAF1 5712 120 + 1
CCGCAGCAUGGCCAGCUGCUGCUGGAGCUGCAGCACGAUCUGCAGCGCAGGCAGAGCUAUCUGCAGUACCUGCUCGUGCAUCGCCAGCAGCUGUUGCUGCGCUCCGAGCAGCUGGAGCAA
..((((((....((((((((((((..(((((((......))))))).)))(((((....))))).((((......)))).....))))))))).))))))((((((......)))))).. ( -62.10)
>DroAna_CAF1 4527 120 + 1
CCGCAGCACGGCCAGCUGCUGGCCGAACUGCAGCUGGACCUGGAGCGGCGGCAGAGCUAUCUGCAGUACCUGAUGCGCCACCGGCAACAGUUGCUCCUCCGAUCGGAGCAACUGGAGCAG
((((..((.((((((((((.(......).)))))))).))))..))))..(((((....))))).........((((((...)))..((((((((((.......))))))))))..))). ( -58.40)
>consensus
CCGCAGCAUGCCCAGCUGCUGCCCGAACUGCAGCAUGAUCUGCAGCGCAGGCAGAGCUAUCUGCAGUACCUGAUCCGCCAUCGACAGCAGCUGCUGCUGCGAUCCGAGCAGCUGGAGCAG
...........(((((((((..(((((((((((..........(((.........)))..)))))))...................(((((....)))))..)))))))))))))..... (-23.57 = -24.63 +   1.06)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 4

Location	11,177,747 – 11,177,867
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	77.28
Mean single sequence MFE	-52.00
Consensus MFE	-25.64
Energy contribution	-27.65
Covariance contribution	2.01
Combinations/Pair	1.35
Mean z-score	-1.95
Structure conservation index	0.49
SVM decision value	0.24
SVM RNA-class probability	0.649334
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 11177747 120 - 22224390
CUGCUCCAAUUGCUCCGAUCGCAGCAGGAGCUGUUGCCUGUGUCGCAUCAGGUACUGCAGGUAGCUUUGUCGUCGCUCCAGAUCCCGCUGCAGUUCGGCCAGAAGCUGGCCAUGCUGUGG
..(((((..((((.......))))..))))).((((((((((..((.....))..))))))))))...(..(((......)))..).(..((((..((((((...))))))..))))..) ( -45.20)
>DroVir_CAF1 5412 120 - 1
CUGUUCCAGCUGCUCGGCGCGCAACAGAAGCUGCUGUCGAUGCACGAGCAGGUACUGCAGAUAGCUCUGCCUGCGCUGCAUAUCAUGCUGGAGUUCCAGCAGCAGCUGGGCAUGCUGCGG
.....((((((((((((((.(((........)))))))))((((.(.(((((((..((.....))..))))))).))))).....((((((....))))))))))))))((.....)).. ( -56.00)
>DroGri_CAF1 5448 120 - 1
CUGCUCCAGCUGCUCGGACCGCAGCAGCAGCUGCUGUCGAUGGACGAGCAGGUACUGCAGGUAACUCUGGCGACGCUGCCGAUCAUUUUGGAGUUCGAGCAACAGCUGCGCAUGCUGCGG
......(((((((((((((((((((.((((((((((((....))).)))))...))))..........(....))))))(((.....)))).))))))))...)))))(((.....))). ( -46.30)
>DroWil_CAF1 5264 120 - 1
CUGAUCCAGCUGUUCUGUACGCAGCAGCAAUUGCUGGCGAUGACGCAUCAGAUAUUGCAAAUAGCUUUGCCUACGCUGCAGAUCACGUUGCAGUUCGGCCAACAACUGGGCAUGCUGGCA
.....((((((((((.((..((..((((....))))((((((.(......).)))))).....))...(((...(((((((......)))))))..))).....)).))))).))))).. ( -39.30)
>DroMoj_CAF1 5712 120 - 1
UUGCUCCAGCUGCUCGGAGCGCAGCAACAGCUGCUGGCGAUGCACGAGCAGGUACUGCAGAUAGCUCUGCCUGCGCUGCAGAUCGUGCUGCAGCUCCAGCAGCAGCUGGCCAUGCUGCGG
..(((((........)))))((((((.(((((((((.(.........(((((((..((.....))..)))))))(((((((......)))))))....))))))))))....)))))).. ( -64.60)
>DroAna_CAF1 4527 120 - 1
CUGCUCCAGUUGCUCCGAUCGGAGGAGCAACUGUUGCCGGUGGCGCAUCAGGUACUGCAGAUAGCUCUGCCGCCGCUCCAGGUCCAGCUGCAGUUCGGCCAGCAGCUGGCCGUGCUGCGG
..((..((((((((((.......))))))))))..))((((((((((........)))(((....))))))))))............(((((((.(((((((...))))))).))))))) ( -60.60)
>consensus
CUGCUCCAGCUGCUCGGAGCGCAGCAGCAGCUGCUGCCGAUGCACCAGCAGGUACUGCAGAUAGCUCUGCCGACGCUGCAGAUCAUGCUGCAGUUCGACCAGCAGCUGGCCAUGCUGCGG
...................(((((((.((((((((((((((((....)))...(((((((.....((((.........)))).....))))))))))).)))))))))....))))))). (-25.64 = -27.65 +   2.01)

alignment

secondary structure

dotplot

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