Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 11,177,592 – 11,177,707 |
Length | 115 |
Max. P | 0.566016 |
Location | 11,177,592 – 11,177,707 |
---|---|
Length | 115 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 78.30 |
Mean single sequence MFE | -49.72 |
Consensus MFE | -27.84 |
Energy contribution | -28.15 |
Covariance contribution | 0.31 |
Combinations/Pair | 1.41 |
Mean z-score | -1.67 |
Structure conservation index | 0.56 |
SVM decision value | 0.06 |
SVM RNA-class probability | 0.566016 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 11177592 115 - 22224390 UGCGAGAUCUGUGGUAAUCGCUGCAGGCUGAUGCACUGCGCCAACUGAAUCUGCAGGUAGAUCUGUAGCGGU---GUGGCCAUCGUUGUCGA--UGUGGUCGAGGUUUGGCGGAAAUCGC .((((..(((((.(...(((((((((((....)).))))((((((((...(((((((....)))))))))))---.))))(((((....)))--)).)).)))....).)))))..)))) ( -44.00) >DroVir_CAF1 5260 112 - 1 UACGAGAUCUGUGGUAAUCGCUGCAGACUGGUGCACUGCGCCAGCUGGAUCUGAAGGUACGUUUGCAGAGGC---GUCGCAUCCA--GCGGGCGCA---ACGUUGUCUGCCGGAAAUCGC ..(((..((((..((....))..))))((((((((.((((((.(((((((.(((.....(((((....))))---)))).)))))--)).))))))---....)))..)))))...))). ( -44.50) >DroPse_CAF1 7197 118 - 1 UGCGAGAUCUGCGGCAACCGCUGCAGGCUAAUGCACUGCGCCAGCUGGAUCUGCAAGUAGAUCUGCAGCGGCGUUGUGGCAUCCA--GCGGACGCAUGGGCGUCGUCUGCCGAAAGUCCC .((.(((((((((((....)))))))(((.((((((.(((((.((((((((((....))))))..))))))))).)).))))..)--)).(((((....)))))))))))(....).... ( -53.40) >DroGri_CAF1 5296 112 - 1 UGCGAUAUCUGCGGCAAUCGCUGCAGGCUGGUGCACUGCGCCAGCUGAAUCUGCAGGUACGUCUGCAGCGGG---GUCGCGUCCA--ACGGUCGCA---GCGUUGUCUGCCGAAAGUCGC .(((((.((.(((((((.((((((.(((((((((...)))))))))....(((((((....)))))))...(---..((......--.))..))))---)))))).)))).))..))))) ( -53.10) >DroAna_CAF1 4372 115 - 1 UGCGAGAUCUGGGGCAGGCGCUGCAGGCUGAUGCACUGCGCCAGCUGGAUCUGCAGGUAGAUCUGCAGCGGU---GUGGCCAUCGUGGAGGU--GGUGCUCGUCGUCUGUCGGAAGUCGC .((((..(((..((((((((((((.(((((.(((...))).)))))(((((((....))))))))))))(..---(.(((((((.....)))--))).).)..)))))))))))..)))) ( -52.40) >DroPer_CAF1 7088 118 - 1 UGCGAGAUCUGCGGCAACCGCUGCAGGCUAAUGCAUUGCGCCAGCUGGAUCUGCAAGUAGAUCUGCAGUGGCGUUGUGGCAUCCA--GCGGACGCAUGGGCGUCGUCUGCCGAAAGUCCC .((.(((((((((((....)))))))(((.((((...((((((((.(((((((....)))))))))..))))))....))))..)--)).(((((....)))))))))))(....).... ( -50.90) >consensus UGCGAGAUCUGCGGCAAUCGCUGCAGGCUGAUGCACUGCGCCAGCUGGAUCUGCAGGUAGAUCUGCAGCGGC___GUGGCAUCCA__GCGGACGCAUGGGCGUCGUCUGCCGAAAGUCGC .....(((.(.(((((.((((((((((....(((.(((((((....))...))))))))..)))))))))).......((.(((.....))).))............))))).).))).. (-27.84 = -28.15 + 0.31)
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