Locus 4253

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 11,174,179 – 11,174,339
Length 160
Max. P 0.865908
window6987 window6988 window6989 window6990

overview

Window 7

Location 11,174,179 – 11,174,299
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 79.44
Mean single sequence MFE -45.93
Consensus MFE -28.77
Energy contribution -29.17
Covariance contribution 0.40
Combinations/Pair 1.44
Mean z-score -1.97
Structure conservation index 0.63
SVM decision value 0.78
SVM RNA-class probability 0.850122
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 11174179 120 + 22224390
CAUGCGGAGACUUUGGGCAAGCUGCACUCCCAUGUCCAAGAGUUUGUGAAGAGCUUGCAACAGAGUUGGGCGCUAUUUCCCAGCUCUCUUAGAUGGCUACUCCAAACACUGAGCCAACAG
((((.((((.(....)((.....)).)))))))).......(((((.((..((((......(((((((((........))))))))).......))))..))))))).(((......))) ( -35.12)
>DroVir_CAF1 1333 120 + 1
CAUGCGGACACCCUGGGCAAGUUGCACGGCCAUGCACAGGCAUUCGUGCGCUGCUUGCAACAGAGCUGGGCGCUCUUUCCCAGCUCGCUGCGCUGGCUGCUUCAGACGCUCGGCCAGCAA
...((((.(.......(((((((((((((..((((....)))))))))))..))))))....((((((((........)))))))))))))(((((((((.......))..))))))).. ( -55.60)
>DroPse_CAF1 3617 120 + 1
CAUGCGGAGACCCUGGGUAAACUGCACACCCACGCCCAGGUGUUCGUGAAGAGUCUGCAGCAGAGCUGGGCGCUGUUUCCCAGCUCCCUGCGCUGGCUCCUGCAGACGCUCAGCCAGCAG
...(((((.(((.(((((...............)))))))).))))).........((((..((((((((........)))))))).))))(((((((...((....))..))))))).. ( -52.96)
>DroWil_CAF1 1380 120 + 1
CAUGCCGAAACACUGGGUAAACUGCAUUCGCAUUGUCAGGAGUUUGUAAAGAGUUUACAACAAAGCUGGGCUCUAUUUCCCAGCUCAUUGCGCUGGCUACUCCAAACUCUUGCCCACCAA
.............(((((((.(((((.......)).)))(((((((....((((...((.((((((((((........)))))))..)))...))...)))))))))))))))))).... ( -35.00)
>DroAna_CAF1 912 120 + 1
CAUGCAGAGACUCUGGUAAAACUCCACUCCCACGUCCAGGAGUUCGUCAAGAGCCUGCAACAGAGCUGGGUCCUCUUUCCCAGCUCCCUGCGAUGGCUGCUGCAGACGCUGAGCCAACAG
..(((((.(.((((.....((((((.............)))))).....))))))))))...((((((((........)))))))).(((...(((((.(.((....)).)))))).))) ( -43.92)
>DroPer_CAF1 3499 120 + 1
CAUGCGGAGACCCUGGGUAAACUGCACACCCACGCCCAGGUGUUCGUGAAGAGUUUGCAGCAGAGCUGGGCGCUGUUUCCCAGCUCCCUGCGCUGGCUCCUGCAGACGCUCAGCCAGCAG
...(((((.(((.(((((...............)))))))).))))).........((((..((((((((........)))))))).))))(((((((...((....))..))))))).. ( -52.96)
>consensus
CAUGCGGAGACCCUGGGUAAACUGCACUCCCACGCCCAGGAGUUCGUGAAGAGCUUGCAACAGAGCUGGGCGCUAUUUCCCAGCUCCCUGCGCUGGCUACUGCAGACGCUCAGCCAGCAG
...((((.........(((((((.(((....((((....))))..)))...)))))))....((((((((........)))))))).))))(.(((((.............))))).).. (-28.77 = -29.17 +   0.40)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

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Window 8

Location 11,174,179 – 11,174,299
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 79.44
Mean single sequence MFE -47.43
Consensus MFE -30.77
Energy contribution -30.83
Covariance contribution 0.06
Combinations/Pair 1.50
Mean z-score -1.30
Structure conservation index 0.65
SVM decision value 0.00
SVM RNA-class probability 0.535044
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 11174179 120 - 22224390
CUGUUGGCUCAGUGUUUGGAGUAGCCAUCUAAGAGAGCUGGGAAAUAGCGCCCAACUCUGUUGCAAGCUCUUCACAAACUCUUGGACAUGGGAGUGCAGCUUGCCCAAAGUCUCCGCAUG
.......((.((.((((((((.(((....(((.((((.((((........)))).)))).)))...))).))).))))).)).)).((((((((....((((.....)))))))).)))) ( -35.60)
>DroVir_CAF1 1333 120 - 1
UUGCUGGCCGAGCGUCUGAAGCAGCCAGCGCAGCGAGCUGGGAAAGAGCGCCCAGCUCUGUUGCAAGCAGCGCACGAAUGCCUGUGCAUGGCCGUGCAACUUGCCCAGGGUGUCCGCAUG
..((((((...((.......)).))))))(((((((((((((........)))))))).))))).....(((.(((....((((.(((..((...))....))).)))).))).)))... ( -52.20)
>DroPse_CAF1 3617 120 - 1
CUGCUGGCUGAGCGUCUGCAGGAGCCAGCGCAGGGAGCUGGGAAACAGCGCCCAGCUCUGCUGCAGACUCUUCACGAACACCUGGGCGUGGGUGUGCAGUUUACCCAGGGUCUCCGCAUG
..(((((((..((....))...)))))))(((((((((((((........))))))))).))))(((((((..(((..(....)..)))(((((.......))))))))))))....... ( -55.30)
>DroWil_CAF1 1380 120 - 1
UUGGUGGGCAAGAGUUUGGAGUAGCCAGCGCAAUGAGCUGGGAAAUAGAGCCCAGCUUUGUUGUAAACUCUUUACAAACUCCUGACAAUGCGAAUGCAGUUUACCCAGUGUUUCGGCAUG
..(((((((..(((((((((((...(((((....((((((((........)))))))))))))...))))....))))))).......(((....))))))))))..((((....)))). ( -38.50)
>DroAna_CAF1 912 120 - 1
CUGUUGGCUCAGCGUCUGCAGCAGCCAUCGCAGGGAGCUGGGAAAGAGGACCCAGCUCUGUUGCAGGCUCUUGACGAACUCCUGGACGUGGGAGUGGAGUUUUACCAGAGUCUCUGCAUG
.(((.(((((((.(((((((((.((....))..(((((((((........)))))))))))))))))).)).(((..((((((......))))))...)))......)))))...))).. ( -51.90)
>DroPer_CAF1 3499 120 - 1
CUGCUGGCUGAGCGUCUGCAGGAGCCAGCGCAGGGAGCUGGGAAACAGCGCCCAGCUCUGCUGCAAACUCUUCACGAACACCUGGGCGUGGGUGUGCAGUUUACCCAGGGUCUCCGCAUG
..(((((((..((....))...)))))))((.((((((((((........)))))))).((((((.(((...((((..(....)..))))))).))))))....)).((....))))... ( -51.10)
>consensus
CUGCUGGCUGAGCGUCUGCAGCAGCCAGCGCAGGGAGCUGGGAAACAGCGCCCAGCUCUGUUGCAAACUCUUCACGAACUCCUGGGCAUGGGAGUGCAGUUUACCCAGGGUCUCCGCAUG
...((((.((((((((((.((((((....))...((((((((........)))))))))))).))))).........((((((......))))))...))))).))))............ (-30.77 = -30.83 +   0.06)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

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Window 9

Location 11,174,219 – 11,174,339
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 80.28
Mean single sequence MFE -52.05
Consensus MFE -32.10
Energy contribution -33.35
Covariance contribution 1.25
Combinations/Pair 1.23
Mean z-score -2.01
Structure conservation index 0.62
SVM decision value 0.60
SVM RNA-class probability 0.794408
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 11174219 120 + 22224390
AGUUUGUGAAGAGCUUGCAACAGAGUUGGGCGCUAUUUCCCAGCUCUCUUAGAUGGCUACUCCAAACACUGAGCCAACAGCUCCGGCAGUCGUUGCGCCACGAGGAGCAGGAGAUCCGCC
.(((((.((..((((......(((((((((........))))))))).......))))..)))))))...((((.....)))).(((.(((.((((.((....)).))))..)))..))) ( -41.42)
>DroVir_CAF1 1373 120 + 1
CAUUCGUGCGCUGCUUGCAACAGAGCUGGGCGCUCUUUCCCAGCUCGCUGCGCUGGCUGCUUCAGACGCUCGGCCAGCAACUGCGUCAGACGCAACGUUACAGCGACUAUGAGAUACGUC
..(((((((((((...(((...((((((((........))))))))..)))(((((((((.......))..)))))))...((((.....))))......))))).).)))))....... ( -47.70)
>DroPse_CAF1 3657 120 + 1
UGUUCGUGAAGAGUCUGCAGCAGAGCUGGGCGCUGUUUCCCAGCUCCCUGCGCUGGCUCCUGCAGACGCUCAGCCAGCAGCUGCGGCAGACGCAUCGCCACAAAGAGCAGGAGAUCCGGC
(((((((((.(.((((((.((((.((.(((.((((.....)))).))).))(((((((...((....))..)))))))..)))).)))))).).))))......)))))((....))... ( -56.50)
>DroMoj_CAF1 2121 120 + 1
GCUUUGUGCGCAGCCUGCAGCAGAGCUGGGCCUUGUUUCCCAGCUCGCUGCGCUGGCUGCUGCAGACGCUCGGGCAGCAGCUGCGGCAGACGCAGCGCCACAGCGACCACGAGAUACGCC
((..(.(((((((((((((((.((((((((........))))))))))))))..)))))).))).)..((((((..((.((((((.....))))))......))..)).))))....)). ( -62.80)
>DroAna_CAF1 952 120 + 1
AGUUCGUCAAGAGCCUGCAACAGAGCUGGGUCCUCUUUCCCAGCUCCCUGCGAUGGCUGCUGCAGACGCUGAGCCAACAGCUCCGGCAGAGCUUGCGCUACGAGGAGCAGGAGAUACGGC
...((((......(((((....((((((((........))))))))((((((..((((.((((.((.((((......))))))..))))))))..)))....))).)))))....)))). ( -50.00)
>DroPer_CAF1 3539 120 + 1
UGUUCGUGAAGAGUUUGCAGCAGAGCUGGGCGCUGUUUCCCAGCUCCCUGCGCUGGCUCCUGCAGACGCUCAGCCAGCAGCUGCGGCAGACGCAUCGCCACAAAGAGCAGGAGAUCCGGC
(((((((((.(.((((((.((((.((.(((.((((.....)))).))).))(((((((...((....))..)))))))..)))).)))))).).))))......)))))((....))... ( -53.90)
>consensus
AGUUCGUGAAGAGCCUGCAACAGAGCUGGGCGCUGUUUCCCAGCUCCCUGCGCUGGCUGCUGCAGACGCUCAGCCAGCAGCUGCGGCAGACGCAGCGCCACAAAGAGCAGGAGAUACGGC
.((((.....((((..(((...((((((((........))))))))..)))(((((((...((....))..))))))).)))).(((.........))).....))))............ (-32.10 = -33.35 +   1.25)

alignment

Postscript

secondary structure

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dotplot

Postscript

Window 0

Location 11,174,219 – 11,174,339
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 80.28
Mean single sequence MFE -54.55
Consensus MFE -33.48
Energy contribution -33.73
Covariance contribution 0.26
Combinations/Pair 1.37
Mean z-score -2.25
Structure conservation index 0.61
SVM decision value 0.85
SVM RNA-class probability 0.865908
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 11174219 120 - 22224390
GGCGGAUCUCCUGCUCCUCGUGGCGCAACGACUGCCGGAGCUGUUGGCUCAGUGUUUGGAGUAGCCAUCUAAGAGAGCUGGGAAAUAGCGCCCAACUCUGUUGCAAGCUCUUCACAAACU
(((((.((...(((.((....)).)))..))))))).((((.....))))...((((((((.(((....(((.((((.((((........)))).)))).)))...))).))).))))). ( -43.10)
>DroVir_CAF1 1373 120 - 1
GACGUAUCUCAUAGUCGCUGUAACGUUGCGUCUGACGCAGUUGCUGGCCGAGCGUCUGAAGCAGCCAGCGCAGCGAGCUGGGAAAGAGCGCCCAGCUCUGUUGCAAGCAGCGCACGAAUG
.............((((((((....(((((.....)))))..((((((...((.......)).))))))(((((((((((((........)))))))).)))))..)))))).))..... ( -52.40)
>DroPse_CAF1 3657 120 - 1
GCCGGAUCUCCUGCUCUUUGUGGCGAUGCGUCUGCCGCAGCUGCUGGCUGAGCGUCUGCAGGAGCCAGCGCAGGGAGCUGGGAAACAGCGCCCAGCUCUGCUGCAGACUCUUCACGAACA
((.((....)).))..(((((((.((...((((((.((.((.(((((((..((....))...)))))))))..(((((((((........))))))))))).)))))))).))))))).. ( -56.70)
>DroMoj_CAF1 2121 120 - 1
GGCGUAUCUCGUGGUCGCUGUGGCGCUGCGUCUGCCGCAGCUGCUGCCCGAGCGUCUGCAGCAGCCAGCGCAGCGAGCUGGGAAACAAGGCCCAGCUCUGCUGCAGGCUGCGCACAAAGC
(((((.((..(..((.(((((((((.......))))))))).))..)..)))))))(((.((((((...(((((((((((((........)))))))).))))).)))))))))...... ( -67.30)
>DroAna_CAF1 952 120 - 1
GCCGUAUCUCCUGCUCCUCGUAGCGCAAGCUCUGCCGGAGCUGUUGGCUCAGCGUCUGCAGCAGCCAUCGCAGGGAGCUGGGAAAGAGGACCCAGCUCUGUUGCAGGCUCUUGACGAACU
((((...(....(((((.((.(((....))).))..))))).).))))((((.(((((((((.((....))..(((((((((........)))))))))))))))))).).)))...... ( -53.50)
>DroPer_CAF1 3539 120 - 1
GCCGGAUCUCCUGCUCUUUGUGGCGAUGCGUCUGCCGCAGCUGCUGGCUGAGCGUCUGCAGGAGCCAGCGCAGGGAGCUGGGAAACAGCGCCCAGCUCUGCUGCAAACUCUUCACGAACA
((.((..(((((((((.....)).(((((.((.(((((....)).))).))))))).))))))))).))(((((((((((((........))))))))).))))................ ( -54.30)
>consensus
GCCGGAUCUCCUGCUCCUUGUGGCGCUGCGUCUGCCGCAGCUGCUGGCUGAGCGUCUGCAGCAGCCAGCGCAGGGAGCUGGGAAACAGCGCCCAGCUCUGCUGCAAGCUCUUCACGAACA
................((((((((.......(((.(((.(((((((............)))))))..))))))(((((((((........)))))))))))))))))............. (-33.48 = -33.73 +   0.26)

alignment

Postscript

secondary structure

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