Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 11,047,752 – 11,047,845 |
Length | 93 |
Max. P | 0.513228 |
Location | 11,047,752 – 11,047,845 |
---|---|
Length | 93 |
Sequences | 6 |
Columns | 108 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 81.09 |
Mean single sequence MFE | -36.17 |
Consensus MFE | -21.73 |
Energy contribution | -21.87 |
Covariance contribution | 0.14 |
Combinations/Pair | 1.28 |
Mean z-score | -1.67 |
Structure conservation index | 0.60 |
SVM decision value | -0.04 |
SVM RNA-class probability | 0.513228 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 11047752 93 + 22224390 GGCAUGGGUGACAUUCGCCAGAUGAGCUGUCCC---AUGCCGA---ACUACUGUCCUCAAUUCCGG---------GAGCCCGGAUUGGACGAUGUGGAUGCCUUUUAC ((((((((..(((((((.....)))).))))))---)))))..---.(((((((((.....(((((---------....)))))..)))))..))))........... ( -36.40) >DroSec_CAF1 156 93 + 1 GGCAUGGGUGACAUUCGCCAGAUGAGCUGUCCC---AUGCCGA---ACUACUGUCCUCAUUUCCGG---------GAGCCCGGAUUGGACGAUGUGGAUGCCUUCUAC ((((((((..(((((((.....)))).))))))---)))))..---.(((((((((.....(((((---------....)))))..)))))..))))........... ( -36.40) >DroSim_CAF1 154 93 + 1 GGCAUGGGUGACAUUCGCCAGAUGAGCUGUCCC---AUGCCGA---ACUACUGUCCUCAUUUCCGG---------GAGCCCGGAUUGGACGAUGUGGAUGCCUUCUAC ((((((((..(((((((.....)))).))))))---)))))..---.(((((((((.....(((((---------....)))))..)))))..))))........... ( -36.40) >DroEre_CAF1 2633 93 + 1 GGCAUGGGCGAUAUUCGUCAGAUGAGCUGUCCC---AUGCCGA---ACUACUGUCCUCAAUUCCGG---------GAGCCCGGACUGGACGACGUGGAUGCCUUCUAC ((((((((((...(((((...))))).)).)))---)))))..---.((((.(((.((...(((((---------....)))))...)).)))))))........... ( -35.30) >DroYak_CAF1 178 93 + 1 GGCAUGGGCGACAUUCGCCAGAUGAGCUGUCCC---AUGCCAA---ACUACUGUCCUCAUUUCCGG---------GAGCCCGGAUUGGAUGAUGUAGAUGCCUUCUAU ((((((((((.....)))(((.....)))..))---)))))..---.((((.(((.((...(((((---------....)))))...)).)))))))........... ( -35.60) >DroAna_CAF1 15543 108 + 1 GGGAUGGGCGAUUUCCGGCAUCUGAACUGCCCCACCAUGGCGAUGGGCUAUUUUGGUCAGCCCCAGAGCCAGUAUGAGCCGUGCAUCGAGAAUGGAGAGGCCUUCUGC .(((.((((..((((((((.((((...((((.......))))..(((((.........)))))))))))).(((((...))))).........))))).))))))).. ( -36.90) >consensus GGCAUGGGCGACAUUCGCCAGAUGAGCUGUCCC___AUGCCGA___ACUACUGUCCUCAUUUCCGG_________GAGCCCGGAUUGGACGAUGUGGAUGCCUUCUAC (((((.((.((((((((.....)))).))))))...)))))......(((((((((.....(((((.............)))))..)))))..))))........... (-21.73 = -21.87 + 0.14)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 11:19:22 2006