Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 10,983,847 – 10,983,991 |
Length | 144 |
Max. P | 0.821585 |
Location | 10,983,847 – 10,983,951 |
---|---|
Length | 104 |
Sequences | 6 |
Columns | 113 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 76.39 |
Mean single sequence MFE | -39.45 |
Consensus MFE | -17.61 |
Energy contribution | -18.94 |
Covariance contribution | 1.34 |
Combinations/Pair | 1.35 |
Mean z-score | -2.22 |
Structure conservation index | 0.45 |
SVM decision value | 0.68 |
SVM RNA-class probability | 0.821585 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 10983847 104 + 22224390 CCCUCCACCUCGCCCGUGGUGGUGACCACCCAAACUUCGGCCAAUAUCACCACGCCGCUGACCUCCACGGCCAGCCUGCCCUCAGUGGG---------CCCGGGCAAUGGGCU ...........(((((((((((((....((........))....)))))))))(((((((.((.....)).))))..((((.....)))---------)...)))...)))). ( -42.40) >DroVir_CAF1 10514 113 + 1 CCAUCGACCUCGCCGGUGGUUGUUACCACACAGACAUCGGCGAAUAUAACAACGCCGCUGACCUCCACUGCCAAUCUGCCGACAGCGGGCAGCAUGGUCGGUGGCAAUGGGCU ((((.....(((((((((.((((......)))).)))))))))..........((((((((((....(((((...(((....)))..)))))...)))))))))).))))... ( -52.30) >DroPse_CAF1 7076 113 + 1 CCGUCCACAUCGCCGGUGGUGGUGACCACCCAGACAUCAGCAAACAUAACCACACCCCUCACAUCCACAGCCAACCUGCCGACGGUGGGCAGCCUGAGCACCGGCAAUGGCCU .......(((.((((((((((((.........................)))))..............(((.(..((..((...))..))..).)))..))))))).))).... ( -32.51) >DroGri_CAF1 8874 113 + 1 CCAUCAACAUCGCCUGCGAUCGUCACCACACAGACAUCGGCGAAUAUAACAACGCCACUGACAUCCACUGCCAAUCUGCCGACAGUUGGCAGUCUGUCCGUUGGCAACGGUUU ((.......(((((...(((.(((........)))))))))))..........(((((.((((...((((((((.(((....))))))))))).)))).).))))...))... ( -38.10) >DroAna_CAF1 11273 104 + 1 CCGUCCACAUCGCCGGUGGUGGUGACCACCCAGACGUCGGCCAACAUUACCACGCCGCUCACCUCCACGGCCAGCUUACCGGCUCUGGG---------GCCCGGCAACGGUCU ..((((.((..((((((((((((((....((.......))......)))))))((((..........)))).....)))))))..))))---------))(((....)))... ( -38.90) >DroPer_CAF1 7054 113 + 1 CCGUCCACAUCGCCGGUGGUGGUGACCACCCAGACAUCAGCAAACAUAACCACACCCCUCACAUCCACAGCCAACCUGCCGACGGUGGGCAGCCUGAGCACCGGCAAUGGCCU .......(((.((((((((((((.........................)))))..............(((.(..((..((...))..))..).)))..))))))).))).... ( -32.51) >consensus CCGUCCACAUCGCCGGUGGUGGUGACCACCCAGACAUCGGCAAACAUAACCACGCCGCUCACAUCCACAGCCAACCUGCCGACAGUGGGCAGCCUG__CACCGGCAAUGGCCU ...........((((((((((((.........................)))))......................(((((.......)))))......)))))))........ (-17.61 = -18.94 + 1.34)
Location | 10,983,847 – 10,983,951 |
---|---|
Length | 104 |
Sequences | 6 |
Columns | 113 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 76.39 |
Mean single sequence MFE | -48.36 |
Consensus MFE | -27.38 |
Energy contribution | -27.72 |
Covariance contribution | 0.34 |
Combinations/Pair | 1.41 |
Mean z-score | -1.59 |
Structure conservation index | 0.57 |
SVM decision value | 0.18 |
SVM RNA-class probability | 0.621681 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 10983847 104 - 22224390 AGCCCAUUGCCCGGG---------CCCACUGAGGGCAGGCUGGCCGUGGAGGUCAGCGGCGUGGUGAUAUUGGCCGAAGUUUGGGUGGUCACCACCACGGGCGAGGUGGAGGG ...((((((((((.(---------(((.....))))..(((((((.....))))))).(.((((((((....(((........))).))))))))).))))))..)))).... ( -50.90) >DroVir_CAF1 10514 113 - 1 AGCCCAUUGCCACCGACCAUGCUGCCCGCUGUCGGCAGAUUGGCAGUGGAGGUCAGCGGCGUUGUUAUAUUCGCCGAUGUCUGUGUGGUAACAACCACCGGCGAGGUCGAUGG ...((((((((...(((.(((((((((((((((((....))))))))))......))))))).)))....((((((.((..(((......)))..)).)))))))).)))))) ( -48.10) >DroPse_CAF1 7076 113 - 1 AGGCCAUUGCCGGUGCUCAGGCUGCCCACCGUCGGCAGGUUGGCUGUGGAUGUGAGGGGUGUGGUUAUGUUUGCUGAUGUCUGGGUGGUCACCACCACCGGCGAUGUGGACGG ...((((((((((((....(((..((((.((((((((..(((((..(.............)..)))).)..))))))))..))))..))).....))))))))))).)..... ( -48.22) >DroGri_CAF1 8874 113 - 1 AAACCGUUGCCAACGGACAGACUGCCAACUGUCGGCAGAUUGGCAGUGGAUGUCAGUGGCGUUGUUAUAUUCGCCGAUGUCUGUGUGGUGACGAUCGCAGGCGAUGUUGAUGG ....(((..((((((((((.(((((((((((....))).)))))))).........(((((..........))))).))))))).)))..)))((((....))))........ ( -46.00) >DroAna_CAF1 11273 104 - 1 AGACCGUUGCCGGGC---------CCCAGAGCCGGUAAGCUGGCCGUGGAGGUGAGCGGCGUGGUAAUGUUGGCCGACGUCUGGGUGGUCACCACCACCGGCGAUGUGGACGG ...((((((((((((---------((((..(((((....)))))..))).)))....((((((((.......))).)))))..(((((...))))).))))))))).)..... ( -48.70) >DroPer_CAF1 7054 113 - 1 AGGCCAUUGCCGGUGCUCAGGCUGCCCACCGUCGGCAGGUUGGCUGUGGAUGUGAGGGGUGUGGUUAUGUUUGCUGAUGUCUGGGUGGUCACCACCACCGGCGAUGUGGACGG ...((((((((((((....(((..((((.((((((((..(((((..(.............)..)))).)..))))))))..))))..))).....))))))))))).)..... ( -48.22) >consensus AGACCAUUGCCGGCG__CAGGCUGCCCACUGUCGGCAGGUUGGCAGUGGAGGUCAGCGGCGUGGUUAUAUUCGCCGAUGUCUGGGUGGUCACCACCACCGGCGAUGUGGACGG ....(((((((..............((((.(((((....))))).)))).......(((((..........))))).......((((((....)))))))))))))....... (-27.38 = -27.72 + 0.34)
Location | 10,983,884 – 10,983,991 |
---|---|
Length | 107 |
Sequences | 6 |
Columns | 116 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 77.59 |
Mean single sequence MFE | -46.27 |
Consensus MFE | -28.47 |
Energy contribution | -27.81 |
Covariance contribution | -0.66 |
Combinations/Pair | 1.55 |
Mean z-score | -1.43 |
Structure conservation index | 0.62 |
SVM decision value | 0.15 |
SVM RNA-class probability | 0.608857 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 10983884 107 - 22224390 CAUCUCCUCAAUGACGGCCAGCAGCUGGGCGUACUUGGUCAGCCCAUUGCCCGGG---------CCCACUGAGGGCAGGCUGGCCGUGGAGGUCAGCGGCGUGGUGAUAUUGGCCG .((((((......(((((((((..(((((((....(((.....))).)))))))(---------(((.....))))..)))))))))))))))...((((............)))) ( -50.70) >DroVir_CAF1 10551 116 - 1 CAUUUCCUCAAUAACCGCCAGCAGCUGGGCAUAUUUGCUCAGCCCAUUGCCACCGACCAUGCUGCCCGCUGUCGGCAGAUUGGCAGUGGAGGUCAGCGGCGUUGUUAUAUUCGCCG ..........(((((((((.((.((((((((....))))))))((((((((((((((...((.....)).))))).....)))))))))......))))))..)))))........ ( -47.50) >DroPse_CAF1 7113 116 - 1 CAUCUCCUCGAUGACGGCCAAUAGCUGGGCGUAUUUGGUCAGGCCAUUGCCGGUGCUCAGGCUGCCCACCGUCGGCAGGUUGGCUGUGGAUGUGAGGGGUGUGGUUAUGUUUGCUG ((((((((((.(.(((((((((..(((((((...((((.(((....)))))))))))))).(((((.......)))))))))))))).)...))))))).)))............. ( -45.60) >DroGri_CAF1 8911 116 - 1 CAUCUCCUCGAUGACGGCCAAGAGUUGAGCAUAUUUGGUCAAACCGUUGCCAACGGACAGACUGCCAACUGUCGGCAGAUUGGCAGUGGAUGUCAGUGGCGUUGUUAUAUUCGCCG ((((.....)))).((((...(..((((.((....)).))))..)...((((...((((.(((((((((((....))).))))))))...))))..))))............)))) ( -42.60) >DroAna_CAF1 11310 107 - 1 CAUCUCCUCGAUAACGGCCAGUAGCUGAGCGUAUUUGGUCAGACCGUUGCCGGGC---------CCCAGAGCCGGUAAGCUGGCCGUGGAGGUGAGCGGCGUGGUAAUGUUGGCCG (((((((......(((((((((..((((.((....)).))))....(((((((.(---------......))))))))))))))))))))))))..((((((....)))))).... ( -45.60) >DroPer_CAF1 7091 116 - 1 CAUCUCCUCGAUGACGGCCAAUAGCUGGGCGUAUUUGGUCAGGCCAUUGCCGGUGCUCAGGCUGCCCACCGUCGGCAGGUUGGCUGUGGAUGUGAGGGGUGUGGUUAUGUUUGCUG ((((((((((.(.(((((((((..(((((((...((((.(((....)))))))))))))).(((((.......)))))))))))))).)...))))))).)))............. ( -45.60) >consensus CAUCUCCUCGAUGACGGCCAAUAGCUGGGCGUAUUUGGUCAGACCAUUGCCGGCG__CAGGCUGCCCACUGUCGGCAGGUUGGCAGUGGAGGUCAGCGGCGUGGUUAUAUUCGCCG ....(((......(((((((((..((((.((....)).))))....(((((((((..............))))))))))))))))))))).......((((..........)))). (-28.47 = -27.81 + -0.66)
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