Locus 4174

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	10,959,802 – 10,959,901
Length	99
Max. P	0.920241

overview

Window 1

Location	10,959,802 – 10,959,901
Length	99
Sequences	6
Columns	111
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	82.98
Mean single sequence MFE	-49.63
Consensus MFE	-38.00
Energy contribution	-39.25
Covariance contribution	1.25
Combinations/Pair	1.18
Mean z-score	-3.07
Structure conservation index	0.77
SVM decision value	1.13
SVM RNA-class probability	0.920241
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 10959802 99 + 22224390
GAUCUUCGCCAUUCCGGGCACCACAC---UGGGACCCGGAA---GCAGUGCCG---CAGAUGGAGCCAUCACUGGCGCCG---CCUUGGCACUGCUGGCGUGCUUAAAUAU
......((((((((((((..((....---.))..)))))))---(((((((((---.((.(((.((((....)))).)))---.))))))))))))))))........... ( -52.20)
>DroSec_CAF1 4602 99 + 1
AAUCUUAGCCAUCCCGGGCACCACAC---UGGGACCCGGAA---GCAGUGCCG---CCGAUGGAGCCAUCACUGGCGCCG---CCUUGGCACUGCUGGCAUGCUUGAAUAU
.......(((...(((((..((....---.))..))))).(---(((((((((---..(.(((.((((....)))).)))---)..)))))))))))))............ ( -47.40)
>DroSim_CAF1 4733 99 + 1
GAUCUUCGCCAUUCCGGGCACCACAC---UGGGACCCGGAA---GCAGUGCCG---CCGAUGGAGCCAUCACUGGCGCCG---CCUUGGCACUGCUGGCGUGCUUGAAUAU
......((((((((((((..((....---.))..)))))))---(((((((((---..(.(((.((((....)))).)))---)..))))))))))))))........... ( -50.50)
>DroEre_CAF1 4509 99 + 1
GAUCUUCGCCAUACCUGGCACCACAC---UGGGACCCGGAA---GCAGUGCCG---CCGAUGGAGGCGCCGCUGGCGCCG---CCUUGGCACUGCUGGCAUGCUUGAAUAU
.......(((...((.((..((....---.))..)).)).(---(((((((((---.....((.((((((...)))))).---)).)))))))))))))............ ( -46.00)
>DroYak_CAF1 4525 99 + 1
GAUCUUCGCCAUUCCGGGCACCACAC---UGGGACCCGGGA---GCAGGGCCG---CCGAGGGUGCCAUCGCUGGCGCGG---CCUUGGCACUGCUGGCGUGCUUGAAAAU
......((((((((((((..((....---.))..)))))))---((((....(---((((((((((((....))))))..---))))))).)))))))))........... ( -49.70)
>DroAna_CAF1 5535 111 + 1
GAUCUUGGCCAGGCUGGGCACUGGAUUACCCGCUCCCGGUACCGGCAUGGCCGCAGCCGCAGGCGUCACCACCGGGGCCGAGUGCUUGGCACUGCUGGCGUGCUUGAAGAU
.((((((((((.(((((..(((((...........))))).))))).)))))((((((((((..((((.(((((....)).)))..)))).)))).))).)))...))))) ( -52.00)
>consensus
GAUCUUCGCCAUUCCGGGCACCACAC___UGGGACCCGGAA___GCAGUGCCG___CCGAUGGAGCCAUCACUGGCGCCG___CCUUGGCACUGCUGGCGUGCUUGAAUAU
.......((((.((((((..(((......)))..))))))....(((((((((.......(((.(((......))).)))......)))))))))))))............ (-38.00 = -39.25 +   1.25)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 2

Location	10,959,802 – 10,959,901
Length	99
Sequences	6
Columns	111
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	82.98
Mean single sequence MFE	-50.13
Consensus MFE	-36.25
Energy contribution	-37.95
Covariance contribution	1.70
Combinations/Pair	1.11
Mean z-score	-3.08
Structure conservation index	0.72
SVM decision value	0.97
SVM RNA-class probability	0.892494
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 10959802 99 - 22224390
AUAUUUAAGCACGCCAGCAGUGCCAAGG---CGGCGCCAGUGAUGGCUCCAUCUG---CGGCACUGC---UUCCGGGUCCCA---GUGUGGUGCCCGGAAUGGCGAAGAUC
...........(((((((((((((.((.---.((.((((....)))).))..)).---.))))))))---(((((((..((.---....))..))))))))))))...... ( -56.40)
>DroSec_CAF1 4602 99 - 1
AUAUUCAAGCAUGCCAGCAGUGCCAAGG---CGGCGCCAGUGAUGGCUCCAUCGG---CGGCACUGC---UUCCGGGUCCCA---GUGUGGUGCCCGGGAUGGCUAAGAUU
............((((((((((((..(.---.((.((((....)))).))..)..---.))))))))---(((((((..((.---....))..)))))))))))....... ( -51.20)
>DroSim_CAF1 4733 99 - 1
AUAUUCAAGCACGCCAGCAGUGCCAAGG---CGGCGCCAGUGAUGGCUCCAUCGG---CGGCACUGC---UUCCGGGUCCCA---GUGUGGUGCCCGGAAUGGCGAAGAUC
...........(((((((((((((..(.---.((.((((....)))).))..)..---.))))))))---(((((((..((.---....))..))))))))))))...... ( -54.50)
>DroEre_CAF1 4509 99 - 1
AUAUUCAAGCAUGCCAGCAGUGCCAAGG---CGGCGCCAGCGGCGCCUCCAUCGG---CGGCACUGC---UUCCGGGUCCCA---GUGUGGUGCCAGGUAUGGCGAAGAUC
...(((...(((((((((((((((..((---.((((((...)))))).)).....---.))))))))---)....((..((.---....))..)).))))))..))).... ( -45.00)
>DroYak_CAF1 4525 99 - 1
AUUUUCAAGCACGCCAGCAGUGCCAAGG---CCGCGCCAGCGAUGGCACCCUCGG---CGGCCCUGC---UCCCGGGUCCCA---GUGUGGUGCCCGGAAUGGCGAAGAUC
...........(((((((((.(((...(---(((.((((....)))).....)))---)))).))))---..(((((..((.---....))..)))))..)))))...... ( -45.30)
>DroAna_CAF1 5535 111 - 1
AUCUUCAAGCACGCCAGCAGUGCCAAGCACUCGGCCCCGGUGGUGACGCCUGCGGCUGCGGCCAUGCCGGUACCGGGAGCGGGUAAUCCAGUGCCCAGCCUGGCCAAGAUC
(((((...(((.(((.(((((((...))))........((((....)))))))))))))(((((.((.(((((..(((........))).)))))..)).)))))))))). ( -48.40)
>consensus
AUAUUCAAGCACGCCAGCAGUGCCAAGG___CGGCGCCAGUGAUGGCUCCAUCGG___CGGCACUGC___UUCCGGGUCCCA___GUGUGGUGCCCGGAAUGGCGAAGAUC
...........(((((((((((((........((.((((....)))).)).........)))))))).....(((((..(((......)))..)))))..)))))...... (-36.25 = -37.95 +   1.70)

alignment

secondary structure

dotplot

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