Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 10,918,849 – 10,918,963 |
Length | 114 |
Max. P | 0.519226 |
Location | 10,918,849 – 10,918,963 |
---|---|
Length | 114 |
Sequences | 6 |
Columns | 114 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 78.89 |
Mean single sequence MFE | -50.42 |
Consensus MFE | -31.06 |
Energy contribution | -32.28 |
Covariance contribution | 1.23 |
Combinations/Pair | 1.31 |
Mean z-score | -1.40 |
Structure conservation index | 0.62 |
SVM decision value | -0.03 |
SVM RNA-class probability | 0.519226 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 10918849 114 + 22224390 GUGCUCCAAUUGUGGCUUGCCCGGCUGACUGGGCGCAUCUCCCAGAGUUUCGUACACCUCUGCAGUGCCAUGGUACAGUGGAGCUCCCGGCGUCGCCGCAUAGCCCAGGAGCAG .((((((.((..((((..((((((....))))))........(((((..........)))))....))))..))....(((.(((..((((...))))...)))))))))))). ( -46.80) >DroVir_CAF1 3573 114 + 1 AUGCUCCAGCUGCGGCCGACCCGGCGCGCUGGGCGCAUCACCCAGCGUUUCGUACUCAUGACUGGGACCAAAGUAAAUGGGUGCGCCCGGCGUGGCGGCAUACGCCAGGGCCAG ..((.......))((((.....(.((((((((((((((..((((((((.........))).))))).(((.......))))))))))))))))).)(((....)))..)))).. ( -57.00) >DroSec_CAF1 1895 114 + 1 GUGCUCCAAUUGCGGUUUGCCCGGCUGACUGGGGGCAUCUCCCAGAGUCUCGUACUCCUCUGCUGUGCCAUGGUACAGUGGAGCUCCCGGAGUCGCCGCAUAGCCCAGGAGCAG .((((((...((.(((((((.(((((..((((((((........((((.....)))).((..((((((....))))))..)))))))))))))))..))).)))))))))))). ( -54.30) >DroEre_CAF1 1895 114 + 1 GUGCUCCAGCUGCGGCUUGCCCGGCUGACUGGGCGCAUCCCCCAGAGUCUCGUACACCUCUGCUGUUCCAUGGUACAGUGGAGCUCCUGGCGUGGCCGCAUAGCCCAGGAGCAG .((((((.(((((((((((((.((((..(((((.......)))))))))........(((..((((.(....).))))..))).....)))).))))))..)))...)))))). ( -51.00) >DroYak_CAF1 1943 114 + 1 GUGCUCCAAUUGCGGUUUUCCCGGCUGACUGGGCGCAUCUCCCAGAGUCUCGUACACCUCGGCCGUUCCAUGGUACAGUGGAGCACCUGGCGUGGCCGCAUAGCCCAGGAGCAG .((((((...(((((((...(((((((((((((.......))))).((.....))...))))))(((((((......)))))))....))...))))))).......)))))). ( -47.20) >DroAna_CAF1 1925 114 + 1 GUGCUCCAGCUGGGGCCGCCCGGGCUGACUAGGUGCAUCCCCCAGGGUCUCAUACUCCUCGAUCGGACCGUGGUACGGCGAUGAUCCGAGUGUGGUGGCAUAACCGAGCAGCAG .(((((...((((((.((((..(.....)..))))....)))))).(((((((((((...(((((..(((.....)))...))))).)))))))).)))......))))).... ( -46.20) >consensus GUGCUCCAACUGCGGCUUGCCCGGCUGACUGGGCGCAUCUCCCAGAGUCUCGUACACCUCUGCCGUACCAUGGUACAGUGGAGCUCCCGGCGUGGCCGCAUAGCCCAGGAGCAG .((((((...(((((((...((((....(((((.......)))))...................(((((((......)))))))..))))...))))))).......)))))). (-31.06 = -32.28 + 1.23)
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