Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 1,204,246 – 1,204,366 |
Length | 120 |
Max. P | 0.742765 |
Location | 1,204,246 – 1,204,366 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 81.67 |
Mean single sequence MFE | -40.30 |
Consensus MFE | -28.86 |
Energy contribution | -29.03 |
Covariance contribution | 0.17 |
Combinations/Pair | 1.37 |
Mean z-score | -1.77 |
Structure conservation index | 0.72 |
SVM decision value | 0.45 |
SVM RNA-class probability | 0.742765 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 1204246 120 + 22224390 CUUCAACGACUGGCUGCGCAUCCUGGAGGCACAGUCCUUCUACAUCGGCGUGUACGUGCUCAUCGGCAUCAGCAUUGUAAUGAUGGCCGUCAGCUUCCUCGGCUGCCUGAGCGCGCUCAU .......((((((((.(........).))).))))).............(((..((((((((.((((((((.........)))).)))).(((((.....)))))..))))))))..))) ( -37.90) >DroVir_CAF1 27997 120 + 1 CUUCAAUGACUGGCUGCGCAUAUUGGAGGCUCAGUCGUUUUACAUUGGCGUCUAUGUGCUGAUUGCCAUUAGCAUUAUCAUGAUGGCGGUCAGCUUUCUGGGCUGCCUUAGUGCCCUCAU ....(((((((((((.(........).))).)))))))).(((...((((((((...((((((((((((((.........))))))))))))))....))))).)))...)))....... ( -44.30) >DroGri_CAF1 19170 120 + 1 CUUCAAUGACUGGUUGCGCAUAUUGGAGGCGCAGUCGUUUUAUAUUGGCGUCUAUGUGCUAAUUGCCAUCAGCAUCAUUAUGAUGGCAAUUAGCUUCUUGGGCUGCCUCAGCGCACUCAU ..........((..(((((......(((((...((((........))))(((((...((((((((((((((.........))))))))))))))....))))).))))).)))))..)). ( -48.50) >DroWil_CAF1 5710 120 + 1 UUUCAAUGAUUGGCUACGGAUUCUGGAAGCUCAGUCGUUCUACAUUGGCGUUUAUAUAUUGAUUGGCAUCAGUAUCAUCAUGAUGGCGGUUACAUUUUUGGGCUGUCUAAGUGCCUUGAU ....(((((((((((.(((...)))..))).))))))))...((..((((((((.((((((((....)))))))).........(((((((.((....))))))))))))))))).)).. ( -29.30) >DroMoj_CAF1 28925 120 + 1 CUUCAAUGACUGGUUGCGCAUCCUGGAGGCGCAGGCCUUUUACAUUGGCGUCUAUGUGCUGAUCGCCAUCAGCAUCAUCAUGAUGGCCGUCAGCUUUCUGGGCUGUCUCAGUGCGCUCAU ...............((((((....(((((....(((.........)))(((((...((((((.(((((((.........))))))).))))))....))))).))))).)))))).... ( -45.90) >DroAna_CAF1 12937 120 + 1 CUUCAACGACUGGCUCAAGAUCCUGGAGGCUCAGUCCUUCUACAUUGGCGUCUAUGUGCUCAUCGGCAUCAGCAUCGUGAUGAUGGCGGUCAGCUUCCUGGGCUGUCUGAGUGCCUUGAU ..............(((((....((((.((.((((........)))))).)))).(..((((.((.(((((.(.....).))))).))(.(((((.....))))).)))))..)))))). ( -35.90) >consensus CUUCAAUGACUGGCUGCGCAUCCUGGAGGCUCAGUCCUUCUACAUUGGCGUCUAUGUGCUGAUCGCCAUCAGCAUCAUCAUGAUGGCGGUCAGCUUCCUGGGCUGCCUCAGUGCCCUCAU .......((((((((.(........).))).)))))..........((((((((...((((((((.(((((.........))))).))))))))....))))).)))............. (-28.86 = -29.03 + 0.17)
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