Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 1,187,653 – 1,187,813 |
Length | 160 |
Max. P | 0.810062 |
Location | 1,187,653 – 1,187,773 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 4 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 90.14 |
Mean single sequence MFE | -51.30 |
Consensus MFE | -42.79 |
Energy contribution | -43.10 |
Covariance contribution | 0.31 |
Combinations/Pair | 1.21 |
Mean z-score | -1.77 |
Structure conservation index | 0.83 |
SVM decision value | 0.65 |
SVM RNA-class probability | 0.810062 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 1187653 120 + 22224390 UGCAGCUGGCUUUCGAGCUGUUGCGACAGCUCGUGGGGCAGAGCGACGCCUAGCUUCUGCAACUGUUGGGUAUUGUAGAGCAGUUUCUGCAGCUCCUCCAGAUCCCCCUUUCGGGGCCCA ((((((((.((..((((((((....))))))))..)).)))(((........))).))))).(((..(((..((((((((....))))))))..))).)))...((((....)))).... ( -48.80) >DroSec_CAF1 23530 120 + 1 UGCAGCUGGCUUUCGAGCUGCUGCGACAGCUCGUGGGGCAGAGCGACGCCUAACUUCUGCAGCUGUUGGGUGUUGUAGAGCAGUUUCUGCAGCUCCUCCAGAUCCGCCUUUCGGGGUCCC .(((((.((((....)))))))))(((..((((..((((.((((((((((((((..(....)..)))))))))))).((((.((....)).)))).......)).))))..))))))).. ( -51.00) >DroEre_CAF1 22880 120 + 1 UGCAGCUGGCUUUCGAGCUGCUGCGACAACUCGUGGGGCAGAGCAACGCCUAGCUUCUGCAGCUGUUGGGUGUUGUAGAGCAGUUUCUGCAGCUCCUCCAGAUCCGCCUUUCUGGGCCCA .(((((.((((....)))))))))...........((((.((((((((((((((..(....)..))))))))))((((((....)))))).))))..(((((........))))))))). ( -52.30) >DroAna_CAF1 8135 120 + 1 UGCAGCUGGCUCUCCAAUUGCUGGGAGAGCUCGUGGGGCAGGGCCACGCCCAGCUUCUGCAGCUGCUGGGUGUUGUAGAGCAGCUUCUGAAGCUCCUCCAGAUCCGCCUUCCGGGGACCC .((((((((((((((........)))))))....(((((.((((...)))).)))))..))))))).((((......((((..(....)..))))((((.((.......)).)))))))) ( -53.10) >consensus UGCAGCUGGCUUUCGAGCUGCUGCGACAGCUCGUGGGGCAGAGCGACGCCUAGCUUCUGCAGCUGUUGGGUGUUGUAGAGCAGUUUCUGCAGCUCCUCCAGAUCCGCCUUUCGGGGCCCA ((((((.((((....))))))))))....((((..((((.((((((((((((((..........)))))))))))).((((.((....)).)))).......)).))))..))))..... (-42.79 = -43.10 + 0.31)
Location | 1,187,653 – 1,187,773 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 4 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 90.14 |
Mean single sequence MFE | -49.10 |
Consensus MFE | -34.25 |
Energy contribution | -34.88 |
Covariance contribution | 0.62 |
Combinations/Pair | 1.14 |
Mean z-score | -2.21 |
Structure conservation index | 0.70 |
SVM decision value | 0.27 |
SVM RNA-class probability | 0.660738 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 1187653 120 - 22224390 UGGGCCCCGAAAGGGGGAUCUGGAGGAGCUGCAGAAACUGCUCUACAAUACCCAACAGUUGCAGAAGCUAGGCGUCGCUCUGCCCCACGAGCUGUCGCAACAGCUCGAAAGCCAGCUGCA ((((((((....))))....((..(((((..........))))).))...)))).....(((((..(((.((((......))))...((((((((....))))))))..)))...))))) ( -49.00) >DroSec_CAF1 23530 120 - 1 GGGACCCCGAAAGGCGGAUCUGGAGGAGCUGCAGAAACUGCUCUACAACACCCAACAGCUGCAGAAGUUAGGCGUCGCUCUGCCCCACGAGCUGUCGCAGCAGCUCGAAAGCCAGCUGCA (((.((((....)).))...((..(((((..........))))).))...)))..(((((((........((((......))))...((((((((....))))))))...).)))))).. ( -45.60) >DroEre_CAF1 22880 120 - 1 UGGGCCCAGAAAGGCGGAUCUGGAGGAGCUGCAGAAACUGCUCUACAACACCCAACAGCUGCAGAAGCUAGGCGUUGCUCUGCCCCACGAGUUGUCGCAGCAGCUCGAAAGCCAGCUGCA ((((.(((((........))))).(((((..........)))))......)))).((((((((((.((........)))))))....((((((((....))))))))......))))).. ( -43.50) >DroAna_CAF1 8135 120 - 1 GGGUCCCCGGAAGGCGGAUCUGGAGGAGCUUCAGAAGCUGCUCUACAACACCCAGCAGCUGCAGAAGCUGGGCGUGGCCCUGCCCCACGAGCUCUCCCAGCAAUUGGAGAGCCAGCUGCA ((((((((....)).)))..(((((.((((.....)))).))))).....))).(((((((.....((.((((...)))).)).......(((((((.(....).)))))))))))))). ( -58.30) >consensus GGGGCCCCGAAAGGCGGAUCUGGAGGAGCUGCAGAAACUGCUCUACAACACCCAACAGCUGCAGAAGCUAGGCGUCGCUCUGCCCCACGAGCUGUCGCAGCAGCUCGAAAGCCAGCUGCA (((.((((....)).))...((..(((((..........))))).))...)))..((((((.....(((.((((......))))...((((((((....))))))))..))))))))).. (-34.25 = -34.88 + 0.62)
Location | 1,187,693 – 1,187,813 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 4 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 85.56 |
Mean single sequence MFE | -51.78 |
Consensus MFE | -35.79 |
Energy contribution | -37.73 |
Covariance contribution | 1.94 |
Combinations/Pair | 1.06 |
Mean z-score | -1.55 |
Structure conservation index | 0.69 |
SVM decision value | 0.07 |
SVM RNA-class probability | 0.570348 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 1187693 120 + 22224390 GAGCGACGCCUAGCUUCUGCAACUGUUGGGUAUUGUAGAGCAGUUUCUGCAGCUCCUCCAGAUCCCCCUUUCGGGGCCCAGAGCUGGGCGUAGUGGGAGCCCUCCUUGCGGGCACGAAAC ..((.((((((((((.(((...(((..(((..((((((((....))))))))..))).)))...((((....))))..))))))))))))).))....((((.......))))....... ( -49.80) >DroSec_CAF1 23570 120 + 1 GAGCGACGCCUAACUUCUGCAGCUGUUGGGUGUUGUAGAGCAGUUUCUGCAGCUCCUCCAGAUCCGCCUUUCGGGGUCCCGAGCUGGGCGUGGUGGGAGCCCUCCUUGCGGGCACGAAAC ((((((((((((((..(....)..))))))))))((((((....)))))).)))).(((..(((((((((((((....)))))..))))).))).)))((((.......))))....... ( -51.80) >DroEre_CAF1 22920 120 + 1 GAGCAACGCCUAGCUUCUGCAGCUGUUGGGUGUUGUAGAGCAGUUUCUGCAGCUCCUCCAGAUCCGCCUUUCUGGGCCCAGAGCUGGGCGUAGUGGGUGCCCUCCGCGCGGGCACGAAAC ..((.((((((((((.(((..((....(((.(((((((((....))))))))).)))(((((........))))))).))))))))))))).))..((((((.......))))))..... ( -56.70) >DroAna_CAF1 8175 117 + 1 GGGCCACGCCCAGCUUCUGCAGCUGCUGGGUGUUGUAGAGCAGCUUCUGAAGCUCCUCCAGAUCCGCCUUCCGGGGACCCGAGCUCAGAGGCGU---CACCUUCUUGGAGGGCACAAAGC ..((.(((((((((..(....)..))))))))).))...((.((((((((.((((((((.((.......)).))))....))))))))))))..---..((((....))))))....... ( -48.80) >consensus GAGCGACGCCUAGCUUCUGCAGCUGUUGGGUGUUGUAGAGCAGUUUCUGCAGCUCCUCCAGAUCCGCCUUUCGGGGCCCAGAGCUGGGCGUAGUGGGAGCCCUCCUUGCGGGCACGAAAC ..((.(((((((((((..((..(((..(((.(((((((((....))))))))))))..))).....((.....))))...))))))))))).))....((((.......))))....... (-35.79 = -37.73 + 1.94)
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