Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 10,756,702 – 10,756,794 |
Length | 92 |
Max. P | 0.604891 |
Location | 10,756,702 – 10,756,794 |
---|---|
Length | 92 |
Sequences | 6 |
Columns | 94 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 79.74 |
Mean single sequence MFE | -24.42 |
Consensus MFE | -15.87 |
Energy contribution | -16.65 |
Covariance contribution | 0.78 |
Combinations/Pair | 1.27 |
Mean z-score | -1.42 |
Structure conservation index | 0.65 |
SVM decision value | 0.14 |
SVM RNA-class probability | 0.604891 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 10756702 92 + 22224390 UGUGAGUGUGUGGGCUCUCUGAAGAGUUUAAUAUGCAUUUAGUGUGUGUAACAAGUUUGCCGAGCACGUUGCAUAACACACAGACAGUUAGC-- (((..(((((((((((((....)))))))..((((((....((((..((((.....))))...))))..))))))))))))..)))......-- ( -27.60) >DroPse_CAF1 14095 84 + 1 UCUCGGGGUUUGUCCUCUCUGAAGAGUUUAAUAUGCAUUUAGUGGAUGUAACAAGUUUACUGAAGGCGUUGCAUGGUCCACAG--------C-- ....((((.....)))).(((..((.(.....((((.((((((((((.......)))))))))).)))).....).))..)))--------.-- ( -19.70) >DroSim_CAF1 3788 92 + 1 UGUGAGUGUGUGGGCUCUCUGAAGAGUUUAAUAUGCAUUUAGUGUGUGUAACAAGUUUGCCGAGCACGUUGCAUAACACACAGACAGUUAGC-- (((..(((((((((((((....)))))))..((((((....((((..((((.....))))...))))..))))))))))))..)))......-- ( -27.60) >DroEre_CAF1 5354 92 + 1 UGUGUGUGUGCGGGCUCUCUGAAGAGUUUAAUAUGCAUUUAGUGUGUGUAACAAGUUUGCCGAGCACGUUGCAUAACACACAGACAGUUAGC-- (((.((((((.(((((((....)))))))..((((((....((((..((((.....))))...))))..)))))).)))))).)))......-- ( -29.80) >DroMoj_CAF1 2831 78 + 1 UGUAGGUGUGUUGGC--UCUCAAGAGUUUAAUAUGCAUUUAGUGUAUGUAACAAGUUUACCAAACGCGUUGCAUAACCCA-------------- ..(((((((((.(((--((....)))))....)))))))))...((((((((..(((.....)))..)))))))).....-------------- ( -19.10) >DroAna_CAF1 4191 92 + 1 CGCGAGUGUGUGUGCCCUCUGAAGAGUUUAAUAUGCAUUUAGUGUGUGUAACAAGUUUACCGAGCA--UUGCAUAACACACGGCCAGCUAUCCU .((((((((((((...(((....)))....)))))))))).((((((....(((((((...)))).--)))....)))))).....))...... ( -22.70) >consensus UGUGAGUGUGUGGGCUCUCUGAAGAGUUUAAUAUGCAUUUAGUGUGUGUAACAAGUUUACCGAGCACGUUGCAUAACACACAGACAGUUAGC__ .....((((.((((((((....)))))))).((((((....((((..((((.....))))...))))..))))))))))............... (-15.87 = -16.65 + 0.78)
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