Locus 4040

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	10,683,090 – 10,683,229
Length	139
Max. P	0.999815

overview

Window 0

Location	10,683,090 – 10,683,196
Length	106
Sequences	5
Columns	111
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	73.88
Mean single sequence MFE	-30.70
Consensus MFE	-9.73
Energy contribution	-10.98
Covariance contribution	1.25
Combinations/Pair	1.19
Mean z-score	-2.49
Structure conservation index	0.32
SVM decision value	2.48
SVM RNA-class probability	0.994502
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 10683090 106 + 22224390
GGUCGAUGGCUAUCUAAUCGGACUGACUGCAUCGCAUCCAGACGUACAUACAUAUAUAUGUACGUACACAUGUGCGCCAUAUAU--AUGACCAUG---GUGCUAUGUGCUU
((.(((((.(..((..........))..))))))...))..(((((((((......))))))))).((((((.(((((((....--......)))---))))))))))... ( -33.00)
>DroSec_CAF1 8507 96 + 1
GGUCGAUGGCUAUCUAAUCGCACUGACUGCAUCGCAUCCAGACGUACA--------UAUGUACGUACGCAUUUGCGCCAUAUAU----GGCAAUG---GUGCUAUGUGCUU
((.(((((.(..((..........))..))))))...))..((((((.--------...))))))..((((..(((((((....----....)))---))))...)))).. ( -30.20)
>DroSim_CAF1 4023 100 + 1
GCUCGAUGGCUAUCUAAUCGCACUGACUGCAUCGCAUCCAGACGUACA--------UAUGUACGUGCACAUGUGCGCCAUAUAUGGAUGGCAAUG---GUGCUAUGUGCUU
...((((.........))))..(((..(((...)))..)))((((((.--------...))))))(((((((.(((((((............)))---))))))))))).. ( -31.60)
>DroEre_CAF1 9071 86 + 1
GCUCGAUGGCUAUCUAAUCGGACGGACUGCA-----UCCACAUGUACA--------UAUGUACGAACACAUAUGCGCCGUACAU----G-------GUGUACUAUGUGU-A
(..((((.........))))..)(((.....-----)))...(((((.--------...))))).((((((((((((((....)----)-------))))).)))))))-. ( -25.80)
>DroYak_CAF1 4595 85 + 1
UGUCGAUGGCUAUCUAAUCGGACUGAGUGCA-----UCCA--GGCACA--------UAU------ACACAUAUGAGCCAAUGAU----GGCUAUGUGUGUACUGUGUGC-A
....(((((((.(((....)))...))).))-----))..--.(((((--------(((------((((((((.(((((....)----))))))))))))).)))))))-. ( -32.90)
>consensus
GGUCGAUGGCUAUCUAAUCGGACUGACUGCAUCGCAUCCAGACGUACA________UAUGUACGUACACAUAUGCGCCAUAUAU____GGCAAUG___GUGCUAUGUGCUU
...((((.........)))).....................(((((((..........))))))).((((((.((((.....................))))))))))... ( -9.73 = -10.98 +   1.25)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 1

Location	10,683,090 – 10,683,196
Length	106
Sequences	5
Columns	111
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	73.88
Mean single sequence MFE	-28.68
Consensus MFE	-8.47
Energy contribution	-10.16
Covariance contribution	1.69
Combinations/Pair	1.13
Mean z-score	-2.24
Structure conservation index	0.30
SVM decision value	1.80
SVM RNA-class probability	0.978020
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 10683090 106 - 22224390
AAGCACAUAGCAC---CAUGGUCAU--AUAUAUGGCGCACAUGUGUACGUACAUAUAUAUGUAUGUACGUCUGGAUGCGAUGCAGUCAGUCCGAUUAGAUAGCCAUCGACC
..((((((.((.(---((((.....--...))))).))..))))))((((((((((....))))))))))..((...((((((.(((..........))).).))))).)) ( -32.00)
>DroSec_CAF1 8507 96 - 1
AAGCACAUAGCAC---CAUUGCC----AUAUAUGGCGCAAAUGCGUACGUACAUA--------UGUACGUCUGGAUGCGAUGCAGUCAGUGCGAUUAGAUAGCCAUCGACC
..((((...((((---((..(((----(....))))......((((((((....)--------))))))).))).)))(((...))).)))).....(((....))).... ( -26.70)
>DroSim_CAF1 4023 100 - 1
AAGCACAUAGCAC---CAUUGCCAUCCAUAUAUGGCGCACAUGUGCACGUACAUA--------UGUACGUCUGGAUGCGAUGCAGUCAGUGCGAUUAGAUAGCCAUCGAGC
..((((...((..---((((((.(((((......((((....))))((((((...--------.)))))).)))))))))))..))..)))).....(((....))).... ( -31.20)
>DroEre_CAF1 9071 86 - 1
U-ACACAUAGUACAC-------C----AUGUACGGCGCAUAUGUGUUCGUACAUA--------UGUACAUGUGGA-----UGCAGUCCGUCCGAUUAGAUAGCCAUCGAGC
.-.(((((.(((((.-------.----(((((((((((....))).)))))))).--------))))))))))((-----(((.(((.(......).))).).)))).... ( -28.00)
>DroYak_CAF1 4595 85 - 1
U-GCACACAGUACACACAUAGCC----AUCAUUGGCUCAUAUGUGU------AUA--------UGUGCC--UGGA-----UGCACUCAGUCCGAUUAGAUAGCCAUCGACA
.-(((((..(((((((.((((((----(....))))).)).)))))------)).--------))))).--((((-----(.......)))))....(((....))).... ( -25.50)
>consensus
AAGCACAUAGCAC___CAUUGCC____AUAUAUGGCGCACAUGUGUACGUACAUA________UGUACGUCUGGAUGCGAUGCAGUCAGUCCGAUUAGAUAGCCAUCGACC
..((.....))......................((((((.((.((.(((((((..........))))))).)).))....)))((((.....)))).....)))....... ( -8.47 = -10.16 +   1.69)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 2

Location	10,683,130 – 10,683,229
Length	99
Sequences	5
Columns	108
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	75.44
Mean single sequence MFE	-30.54
Consensus MFE	-12.57
Energy contribution	-14.02
Covariance contribution	1.45
Combinations/Pair	1.17
Mean z-score	-3.41
Structure conservation index	0.41
SVM decision value	4.15
SVM RNA-class probability	0.999815
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 10683130 99 + 22224390
GACGUACAUACAUAUAUAUGUACGUACACAUGUGCGCCAUAUAU--AUGACCAUG---GUGCUAUGUGCUUCAGAGAUUCACUGGAAU----AAGUGGUAGGUAAUUC
.(((((((((......))))))))).((((((.(((((((....--......)))---))))))))))..........(((((.....----.))))).......... ( -29.60)
>DroSec_CAF1 8547 89 + 1
GACGUACA--------UAUGUACGUACGCAUUUGCGCCAUAUAU----GGCAAUG---GUGCUAUGUGCUUCAGAGAUUCACUGGAAU----CAGUGGUAGGUAAUUC
.((((((.--------...))))))..((((..(((((((....----....)))---))))...)))).........((((((....----)))))).......... ( -28.50)
>DroSim_CAF1 4063 93 + 1
GACGUACA--------UAUGUACGUGCACAUGUGCGCCAUAUAUGGAUGGCAAUG---GUGCUAUGUGCUUCAGAGAUUCACUGGAAU----CAGUGGUAGGUAAUUC
.((((((.--------...))))))(((((((.(((((((............)))---))))))))))).........((((((....----)))))).......... ( -32.00)
>DroEre_CAF1 9106 84 + 1
CAUGUACA--------UAUGUACGAACACAUAUGCGCCGUACAU----G-------GUGUACUAUGUGU-ACAGAGAAUCACUGGAAU----CAGUGGUAGGUAAUUC
...((((.--------...))))(.((((((((((((((....)----)-------))))).)))))))-.).....(((((((....----)))))))......... ( -27.10)
>DroYak_CAF1 4630 87 + 1
--GGCACA--------UAU------ACACAUAUGAGCCAAUGAU----GGCUAUGUGUGUACUGUGUGC-ACAGAGAAUCACUGGAAUCCAUCAGUGGUAGGUAAUUC
--.(((((--------(((------((((((((.(((((....)----))))))))))))).)))))))-.......((((((((......))))))))......... ( -35.50)
>consensus
GACGUACA________UAUGUACGUACACAUAUGCGCCAUAUAU____GGCAAUG___GUGCUAUGUGCUUCAGAGAUUCACUGGAAU____CAGUGGUAGGUAAUUC
.(((((((..........))))))).((((((.((((.....................))))))))))..........((((((........)))))).......... (-12.57 = -14.02 +   1.45)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 3

Location	10,683,130 – 10,683,229
Length	99
Sequences	5
Columns	108
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	75.44
Mean single sequence MFE	-25.44
Consensus MFE	-8.31
Energy contribution	-9.48
Covariance contribution	1.17
Combinations/Pair	1.22
Mean z-score	-3.35
Structure conservation index	0.33
SVM decision value	3.95
SVM RNA-class probability	0.999724
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 10683130 99 - 22224390
GAAUUACCUACCACUU----AUUCCAGUGAAUCUCUGAAGCACAUAGCAC---CAUGGUCAU--AUAUAUGGCGCACAUGUGUACGUACAUAUAUAUGUAUGUACGUC
...........((((.----.....))))..........((((((.((.(---((((.....--...))))).))..))))))((((((((((....)))))))))). ( -27.50)
>DroSec_CAF1 8547 89 - 1
GAAUUACCUACCACUG----AUUCCAGUGAAUCUCUGAAGCACAUAGCAC---CAUUGCC----AUAUAUGGCGCAAAUGCGUACGUACAUA--------UGUACGUC
...........(((((----....)))))..........(((....((.(---(((....----....)))).))...)))..((((((...--------.)))))). ( -21.60)
>DroSim_CAF1 4063 93 - 1
GAAUUACCUACCACUG----AUUCCAGUGAAUCUCUGAAGCACAUAGCAC---CAUUGCCAUCCAUAUAUGGCGCACAUGUGCACGUACAUA--------UGUACGUC
...........(((((----....)))))..........((((((.((.(---(((............)))).))..))))))((((((...--------.)))))). ( -26.40)
>DroEre_CAF1 9106 84 - 1
GAAUUACCUACCACUG----AUUCCAGUGAUUCUCUGU-ACACAUAGUACAC-------C----AUGUACGGCGCAUAUGUGUUCGUACAUA--------UGUACAUG
...........(((((----....))))).........-...(((.(((((.-------.----(((((((((((....))).)))))))).--------)))))))) ( -24.00)
>DroYak_CAF1 4630 87 - 1
GAAUUACCUACCACUGAUGGAUUCCAGUGAUUCUCUGU-GCACACAGUACACACAUAGCC----AUCAUUGGCUCAUAUGUGU------AUA--------UGUGCC--
(((((((...(((....)))......))))))).....-(((((..(((((((.((((((----(....))))).)).)))))------)).--------))))).-- ( -27.70)
>consensus
GAAUUACCUACCACUG____AUUCCAGUGAAUCUCUGAAGCACAUAGCAC___CAUUGCC____AUAUAUGGCGCACAUGUGUACGUACAUA________UGUACGUC
...........(((((........)))))..........((.....)).......................((((....))))(((((((..........))))))). ( -8.31 =  -9.48 +   1.17)

alignment

secondary structure

dotplot

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