Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 10,631,349 – 10,631,460 |
Length | 111 |
Max. P | 0.807850 |
Location | 10,631,349 – 10,631,460 |
---|---|
Length | 111 |
Sequences | 6 |
Columns | 117 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 81.30 |
Mean single sequence MFE | -27.03 |
Consensus MFE | -18.18 |
Energy contribution | -18.13 |
Covariance contribution | -0.05 |
Combinations/Pair | 1.33 |
Mean z-score | -2.06 |
Structure conservation index | 0.67 |
SVM decision value | 0.64 |
SVM RNA-class probability | 0.807850 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 10631349 111 - 22224390 AAGAGAAUUGCACUUCUCUAGAAUCAAAUUGGCCUGCA--UUUGCACAAAUAUA----UUAUUAUAUACACCAAAUGCAGGCUAUUCUAUAGUAAAACGCGUGGCAAUUGAUUGUUC .((((((......))))))..((((((..(((((((((--((((.....(((((----....)))))....)))))))))))))..((((.(.....)..))))...)))))).... ( -30.70) >DroSec_CAF1 12936 109 - 1 AAGAGAAUUGCACUGCUCUA--AUCAAAUUGGCCUGCA--UUUGCACAGAUAUA----CUAUUAUAUACACUAAAUGCGGGCUAUUCUAUAGCAAAAAGCGUGGCAAUUGAUUGUUC .....((((((..(((((((--.......(((((((((--((((.....(((((----....)))))....))))))))))))).....))).....))))..))))))........ ( -27.60) >DroSim_CAF1 13032 111 - 1 AAGGGAAUCGCACUGCUCUAGAAUCAAAUUGGCCUGCA--UUUGCACAGAUAUA----CUAUUAUAUACACUAAAUGCGGGCUAUUCUAUAGUAAAAAGCGUGGCAAUUGAUUGUUC ....(...(((..((((.((((((......((((((((--((((.....(((((----....)))))....)))))))))))))))))).))))....)))...)............ ( -27.80) >DroEre_CAF1 12819 111 - 1 AAGAGAAUUGCACUGCUCUAGAGUCAAAUUGACCUGCA--UUUGCACUGAUAUA----CUAUUGUAUAGACUAAAUGCGGGUUAUUCUAUAGUAAAAAGCGUGGCAAUUGAUUGUUC .....((((((((((((.((((((......((((((((--((((......((((----(....)))))...)))))))))))))))))).))))......)).))))))........ ( -28.70) >DroYak_CAF1 13679 110 - 1 UAGAGAA-UGCACUGCUCUUGAGUCAAAUUGGCCUGCA--UUUGCACAGAUAUA----CUAUUAAAUAGAUUAAAUGCGGGCUAUUCUAUAGUGAAAAGCGUGGCAAUUGAUUGUUC .......-(((..((((.((.(.(.....(((((((((--((((......(((.----.......)))...)))))))))))))......).).)).))))..)))........... ( -23.30) >DroAna_CAF1 21163 107 - 1 ---AAAAUUGCAAGGCUCUUGAGUACAAUUGGGUUGCAAGUAUGCACAUAUAGAUGCAAAAUUCUAUA---UCAGAGCGAAUUAU----UUGCGAAAAGUGUGGCAAUUGAUGAUUC ---..((((((.(.(((((..(......)..))((((((((((((.((((((((........))))))---)..).)))...)))----))))))..))).).))))))........ ( -24.10) >consensus AAGAGAAUUGCACUGCUCUAGAAUCAAAUUGGCCUGCA__UUUGCACAGAUAUA____CUAUUAUAUACACUAAAUGCGGGCUAUUCUAUAGUAAAAAGCGUGGCAAUUGAUUGUUC .....((((((...(((............(((((((((..((((.....(((((........)))))....))))))))))))).............)))...))))))........ (-18.18 = -18.13 + -0.05)
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