Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 10,625,551 – 10,625,671 |
Length | 120 |
Max. P | 0.568414 |
Location | 10,625,551 – 10,625,671 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 82.39 |
Mean single sequence MFE | -47.43 |
Consensus MFE | -27.49 |
Energy contribution | -28.13 |
Covariance contribution | 0.65 |
Combinations/Pair | 1.33 |
Mean z-score | -2.24 |
Structure conservation index | 0.58 |
SVM decision value | 0.07 |
SVM RNA-class probability | 0.568414 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 10625551 120 - 22224390 UCAUGAUGGGCGGCGUUUCAGCUGCCAUAGCCAAAACGGCAGUGGCUCCUAUCGAGCGCGUGAAGCUCAUUCUGCAGGUGCAGGAGGUUUCCAAGCAGAUCGCGGCAGAUCAGCGCUACA ...(((((((.(((......)))(((((.(((.....))).))))).)))))))((((((.((((((..((((((....))))))))))))).....((((......)))).)))))... ( -50.10) >DroVir_CAF1 21707 120 - 1 UCAUGAUGGGCGGCGUAUCGGCCGCCAUUGCCAAAACCGCGGUGGCGCCCAUCGAGCGCGUUAAACUGAUUCUCCAGGUGCAGGAGGUAUCCAAACAGAUAGCACAGGAUCAACGCUACA ...(((((((((((......)))((((((((.......))))))))))))))))...(((((...(((..(((((.......)))))((((......))))...)))....))))).... ( -47.80) >DroGri_CAF1 15007 120 - 1 UUAUGAUGGGCGGCGUGUCGGCUGCCAUUGCCAAAACAGCGGUGGCACCCAUUGAGCGCGUCAAGCUGAUUCUUCAGGUGCAGGAGGUAUCGAAGCAGAUACCAACGGAUCAGCGCUAUA ........((((((((((.((.(((((((((.......))))))))).)).....)))))))..(((((((((((.......)))((((((......))))))...)))))))))))... ( -49.00) >DroWil_CAF1 10072 120 - 1 UUAUGAUGGGCGGCGUAUCGGCAGCUAUAGCCAAGACGGCGGUGGCGCCCAUCGAGCGUGUGAAGCUGAUAUUGCAAGUGCAGGAGGUAUCCAAGCAGAUACCGCAGGAUCAACGAUAUA ...((((((((.((......)).(((((.(((.....))).)))))))))))))..(((.(((..(((...((((....))))..((((((......)))))).)))..))))))..... ( -44.90) >DroMoj_CAF1 9439 120 - 1 UUAUGAUGGGCGGCGUAUCGGCGGCCAUUGCAAAAACGGCGGUGGCGCCUAUCGAGCGUGUCAAAUUGAUUCUCCAAGUGCAGGAGGUAUCGAAACAAAUUCAAUCGGAUAAGCGCUACA ...((((((((..(((....)))((((((((.......))))))))))))))))((((((((..(((((..((((.......))))((......))....)))))..)))..)))))... ( -43.20) >DroAna_CAF1 10606 120 - 1 UCAUGAUGGGCGGUGUGUCGGCGGCCGUGGCCAAGACGGCGGUCGCUCCCAUCGAGCGUGUCAAGCUGCUCCUGCAGGUCCAGGAGGUCUCCAAGCAGAUAUCGCAGGAUCAGCGCUACA ...(((((.((...(((..(((((((((.(......).)))))))))..)))...)).))))).((((.((((((..(((..(((....))).....)))...)))))).))))...... ( -49.60) >consensus UCAUGAUGGGCGGCGUAUCGGCGGCCAUUGCCAAAACGGCGGUGGCGCCCAUCGAGCGCGUCAAGCUGAUUCUGCAGGUGCAGGAGGUAUCCAAGCAGAUACCACAGGAUCAGCGCUACA ...(((((((..((......)).((((..((.......))..)))).)))))))(((((..........((((........))))((((((......)))))).........)))))... (-27.49 = -28.13 + 0.65)
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