Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 10,611,678 – 10,611,778 |
Length | 100 |
Max. P | 0.793605 |
Location | 10,611,678 – 10,611,778 |
---|---|
Length | 100 |
Sequences | 5 |
Columns | 107 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 85.55 |
Mean single sequence MFE | -28.82 |
Consensus MFE | -18.62 |
Energy contribution | -20.02 |
Covariance contribution | 1.40 |
Combinations/Pair | 1.08 |
Mean z-score | -2.42 |
Structure conservation index | 0.65 |
SVM decision value | 0.59 |
SVM RNA-class probability | 0.793605 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 10611678 100 - 22224390 CA--AACCAGUUUGCCAAUAAUUUGGCUAAGGCUAACUAAUGAGCCCCUGGCUAGAACGGAUCG-----UCUAGUCUAGGCCAGCUAGCAAUUAUUCCAGAGCCAAG ..--.........(((((....)))))...((((....(((((((..(((((((((..((....-----.))..)))).)))))...))..)))))....))))... ( -28.70) >DroSec_CAF1 983 104 - 1 CA--AACUAGUUUGUCAAUAAUUUGGCUAAGGCUAACUAAUGAGCCCCUGGCUAGAACGGAUCGCCUAGUCUAGUCUAGGCUAGCUAGCA-UUAUUCCAGAGCCAAG ..--.....((((...(((((((((((((.((((........))))((((((((((..((....))...))))).))))).))))))).)-)))))...)))).... ( -30.80) >DroSim_CAF1 992 105 - 1 CA--AACCAGUUUGUCAAUAAUUUGGCUAAGGCUAACUAAUGAGCCCCUGGCUAGAACGGAUCGCCCAGUCUAGUCUAGGCUAGCUAGCAAUUAUUCCAGAGCCAAG ..--.....((((...(((((((((((((.((((........))))((((((((((..((.....))..))))).))))).))))))..)))))))...)))).... ( -30.80) >DroEre_CAF1 866 95 - 1 CA--AACCAGUUUGUCUAUCAUUUGGCAAAGGCUAACUUAUAAGCCCCUGGCUAGAAUGGAUCU----------UCUAGGCCAGCUGGCAAUAAUUCUAGACUCAAU ..--.........(((((....(((((....))))).......(((.((((((((((......)----------)))).)))))..)))........)))))..... ( -25.40) >DroYak_CAF1 1011 97 - 1 CAAAAACCAGUUUGUCAAUAAUUUGGCUAAGGCUAACUUAUUAGCCCCUGGCUAGAACGGAUCG----------UCUAGGCCAGCUAGCAAUUAUUCCAGACUCAAU ........((((((..((((((...((((.((((((....)))))).(((((((((.((...))----------)))).))))).)))).)))))).)))))).... ( -28.40) >consensus CA__AACCAGUUUGUCAAUAAUUUGGCUAAGGCUAACUAAUGAGCCCCUGGCUAGAACGGAUCG_____UCUAGUCUAGGCCAGCUAGCAAUUAUUCCAGAGCCAAG ......................((((((..((((........)))).(((((((((..(((........)))..)))))((......)).......)))))))))). (-18.62 = -20.02 + 1.40)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 11:14:09 2006