Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 10,597,154 – 10,597,336 |
Length | 182 |
Max. P | 0.975688 |
Location | 10,597,154 – 10,597,256 |
---|---|
Length | 102 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 89.19 |
Mean single sequence MFE | -34.54 |
Consensus MFE | -25.55 |
Energy contribution | -26.03 |
Covariance contribution | 0.48 |
Combinations/Pair | 1.03 |
Mean z-score | -3.02 |
Structure conservation index | 0.74 |
SVM decision value | 1.75 |
SVM RNA-class probability | 0.975688 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 10597154 102 + 22224390 UGUUUCGUGCGAUAAUAGCGAUAGUCGUACGGUGAUUUGAUUGCCGAUUA----------UGACUGCGCUGUAUCG------GUAUCGAUAGCAAUCGAAAUGCACCUAAAAC--UGAUC .((((.((((((((.(((((.(((((((((((..((...))..)))..))----------))))))))))))))).------...(((((....)))))...))))...))))--..... ( -35.40) >DroSec_CAF1 6029 102 + 1 UGUUUUGUGCGAUAAUAGCGAAAGUCGUACGGUGAUUUGAUUGCCGAUUA----------UGACUGCGCUGUAUCG------GUAUCGAUAGCAAUCGAAAUGCACCUAAAAC--UGAUC .(((((((((((((.(((((..((((((((((..((...))..)))..))----------))))).))))))))).------...(((((....)))))...))))..)))))--..... ( -34.20) >DroSim_CAF1 6525 102 + 1 UGUUUUGUGCGAUAAUAGCGAUAGUCGUACGGUGAUUUGAUUGCCGAUUA----------UGACUGCGCUGUAUCG------GUAUCGAUAGCAAUCGAAAUGCACCUAAAAC--UGAUC .(((((((((((((.(((((.(((((((((((..((...))..)))..))----------))))))))))))))).------...(((((....)))))...))))..)))))--..... ( -36.40) >DroEre_CAF1 6055 102 + 1 UGUUUCGUGCAAUAAUAGCGAUAGUCGUACGGUGAUUUGAUAGCCGAUUA----------UGACUGCGCUGUAUCG------GUAUCGAUAACAAUCGAAAUGCACCUAAAAC--UGAUC .((((.(((((...((((((.((((((((((((.........))))..))----------))))))))))))....------...(((((....)))))..)))))...))))--..... ( -32.00) >DroYak_CAF1 6177 120 + 1 UGUUUCGUGCGAUAAAAGCGAUAGUCGUACGGUGACUUGGUUGCCUGUUAUGACUUGUUAUGACUGCGCUGUAUCGGUAUCGGUAUCGAUAGCAAUCGAAAUGCACCUAAAAUCAUGAUC ......(((((((..........)))))))((((..((((((((..(((((((....))))))).......((((((((....))))))))))))))))....))))............. ( -34.70) >consensus UGUUUCGUGCGAUAAUAGCGAUAGUCGUACGGUGAUUUGAUUGCCGAUUA__________UGACUGCGCUGUAUCG______GUAUCGAUAGCAAUCGAAAUGCACCUAAAAC__UGAUC ......((((((((.(((((.((((((..(((..((...))..)))..............)))))))))))))))..........(((((....)))))...)))).............. (-25.55 = -26.03 + 0.48)
Location | 10,597,154 – 10,597,256 |
---|---|
Length | 102 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 89.19 |
Mean single sequence MFE | -24.20 |
Consensus MFE | -19.65 |
Energy contribution | -19.65 |
Covariance contribution | 0.00 |
Combinations/Pair | 1.07 |
Mean z-score | -1.47 |
Structure conservation index | 0.81 |
SVM decision value | 0.22 |
SVM RNA-class probability | 0.637969 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 10597154 102 - 22224390 GAUCA--GUUUUAGGUGCAUUUCGAUUGCUAUCGAUAC------CGAUACAGCGCAGUCA----------UAAUCGGCAAUCAAAUCACCGUACGACUAUCGCUAUUAUCGCACGAAACA .....--(((((..((((...(((((....)))))...------.((((.((((.((((.----------....(((...........)))...))))..))))..))))))))))))). ( -25.10) >DroSec_CAF1 6029 102 - 1 GAUCA--GUUUUAGGUGCAUUUCGAUUGCUAUCGAUAC------CGAUACAGCGCAGUCA----------UAAUCGGCAAUCAAAUCACCGUACGACUUUCGCUAUUAUCGCACAAAACA .....--((((...((((...(((((....)))))...------.((((.((((.((((.----------....(((...........)))...))))..))))..)))))))).)))). ( -24.80) >DroSim_CAF1 6525 102 - 1 GAUCA--GUUUUAGGUGCAUUUCGAUUGCUAUCGAUAC------CGAUACAGCGCAGUCA----------UAAUCGGCAAUCAAAUCACCGUACGACUAUCGCUAUUAUCGCACAAAACA .....--((((...((((...(((((....)))))...------.((((.((((.((((.----------....(((...........)))...))))..))))..)))))))).)))). ( -24.80) >DroEre_CAF1 6055 102 - 1 GAUCA--GUUUUAGGUGCAUUUCGAUUGUUAUCGAUAC------CGAUACAGCGCAGUCA----------UAAUCGGCUAUCAAAUCACCGUACGACUAUCGCUAUUAUUGCACGAAACA .....--(((((..(((((..(((((....)))))...------......((((.((((.----------....(((...........)))...))))..)))).....)))))))))). ( -22.90) >DroYak_CAF1 6177 120 - 1 GAUCAUGAUUUUAGGUGCAUUUCGAUUGCUAUCGAUACCGAUACCGAUACAGCGCAGUCAUAACAAGUCAUAACAGGCAACCAAGUCACCGUACGACUAUCGCUUUUAUCGCACGAAACA ..............((((...(((((....)))))..........((((.((((.((((.......((....)).(((......))).......))))..))))..))))))))...... ( -23.40) >consensus GAUCA__GUUUUAGGUGCAUUUCGAUUGCUAUCGAUAC______CGAUACAGCGCAGUCA__________UAAUCGGCAAUCAAAUCACCGUACGACUAUCGCUAUUAUCGCACGAAACA .......(((((..((((...(((((....)))))..........((((.((((.((((...............(((...........)))...))))..))))..))))))))))))). (-19.65 = -19.65 + 0.00)
Location | 10,597,220 – 10,597,336 |
---|---|
Length | 116 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 94.73 |
Mean single sequence MFE | -31.50 |
Consensus MFE | -26.70 |
Energy contribution | -27.02 |
Covariance contribution | 0.32 |
Combinations/Pair | 1.09 |
Mean z-score | -1.27 |
Structure conservation index | 0.85 |
SVM decision value | -0.02 |
SVM RNA-class probability | 0.524984 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 10597220 116 - 22224390 AUCGCUUAUCGAAAAGAUCGCAGUCUGUCAAUCGGAAUCUGAUAGCCACAGUCUGUCAGGCGGUUUCCCUAAUGUUUGAUGAUCA--GUUUUAGGUGCAUUUCGAUUGCUAUCGAUAC-- ...((..((((((((((((((..((((.....))))..((((((((....).)))))))))))))).(((((...(((.....))--)..)))))....))))))).)).........-- ( -31.80) >DroSec_CAF1 6095 116 - 1 AUCGCUUAUCGAAAAGAUCGCAGUCUGUCAAUCGGAAUCUGAUAGCCACAGUCUGUCAGGCGGUUUCCCUAAUGUUUGAUGAUCA--GUUUUAGGUGCAUUUCGAUUGCUAUCGAUAC-- ...((..((((((((((((((..((((.....))))..((((((((....).)))))))))))))).(((((...(((.....))--)..)))))....))))))).)).........-- ( -31.80) >DroSim_CAF1 6591 116 - 1 AUCGCUUAUCGAAAAGAUCGCAGUCUGUCAAUCGGAAUCUGAUAGCCACAGUCUGUCAGGCGGUUUCCCUAAUGUUUGAUGAUCA--GUUUUAGGUGCAUUUCGAUUGCUAUCGAUAC-- ...((..((((((((((((((..((((.....))))..((((((((....).)))))))))))))).(((((...(((.....))--)..)))))....))))))).)).........-- ( -31.80) >DroEre_CAF1 6121 116 - 1 AUCGCUUAUCGAAAAGAUCGCAGUCUGUGAAUCGGAAUCUGAUAGCCACAGUCUUUCAGGCGGUUUACCUAAUGUUUGAUGAUCA--GUUUUAGGUGCAUUUCGAUUGUUAUCGAUAC-- ((((...((((((((((((((((.(((((.(((((...)))))...))))).)).....)))))))((((((...(((.....))--)..))))))...)))))))......))))..-- ( -31.20) >DroYak_CAF1 6257 120 - 1 AUCGCUUAUCGAAAAGAAUGCAGUCUGUGCAUCGGAAUCUGAUAGCCACAGUCCGUCAGGUGGUUUCCCUAAUGUUUAAUGAUCAUGAUUUUAGGUGCAUUUCGAUUGCUAUCGAUACCG ......((((((.......((((((.(((((((((((((((((((((((..........))))))................)))).)))))).)))))))...))))))..))))))... ( -30.89) >consensus AUCGCUUAUCGAAAAGAUCGCAGUCUGUCAAUCGGAAUCUGAUAGCCACAGUCUGUCAGGCGGUUUCCCUAAUGUUUGAUGAUCA__GUUUUAGGUGCAUUUCGAUUGCUAUCGAUAC__ ...((..((((((((((((((..((((.....))))..((((((((....).)))))))))))))).(((((....((.....)).....)))))....))))))).))........... (-26.70 = -27.02 + 0.32)
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