Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 10,342,959 – 10,343,079 |
Length | 120 |
Max. P | 0.579422 |
Location | 10,342,959 – 10,343,079 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 80.39 |
Mean single sequence MFE | -59.05 |
Consensus MFE | -36.92 |
Energy contribution | -36.87 |
Covariance contribution | -0.05 |
Combinations/Pair | 1.43 |
Mean z-score | -1.56 |
Structure conservation index | 0.63 |
SVM decision value | 0.09 |
SVM RNA-class probability | 0.579422 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 10342959 120 + 22224390 UUUAAGUGGUUCCGAGUGUCUUUGGCUGGCGUGUAACAUUUGACUGCGAUGCUGGCGACGCAAGAUGGCCGUGGCUGCGCUGGUCAGGCCCGCCUGACGCAGUGCAUCCGCUGGUUCCGC .....((((..(((.(((((....((..(((((((.........))).))))..))))))).........((((.(((((((((((((....)))))).))))))).)))))))..)))) ( -54.50) >DroVir_CAF1 7603 120 + 1 CUUGAGCGGCUCCGAGUGCCGUUGAUUGGCGGGCAGCAGCUGGCUGCGUUGUUGUCGCCGCAAUAUGGCCGCCGCAGCGCUGGUGAAGCCAGCCUGACGCAGUGCGUCUGCCGGCUCAGC .(((((((((.......)))......((((((((.((.....(((((((((((((.((.((......)).)).)))))(((((.....)))))..)))))))))))))))))))))))). ( -57.30) >DroPse_CAF1 6716 120 + 1 CUUGAGCGGCUCCGAGUGUCGCUGGUUGGCGUGCAUCACCUGGCUGCGAUGCUGGCGCCGCAGUAUGGCCGUGGCCGCACUGGUCACGCCCGCCUGUCGCAGUGCAUCCGCCGGCUCCGC .....(((((.((.((((((((.(((..(.(((...))))..))))))))))))).))))).((..((((((((..(((((((.((.(....).)).).))))))..))).)))))..)) ( -56.90) >DroWil_CAF1 6376 120 + 1 CUUCAGGGGCUCCGAAUGCCUUUGGGUGGCGGGUAGCAAUUGAUUGCGCUGCUGUCGCCUCAAUAUGGCCGCAGCGGCAUUGGUCAGGCCAGCCUGACGCAGUGCAUCCGCCGGUUCGGC .(((((((((.......)))))))))((((((((.(((.....((((((((((((.(((.......))).))))))))....((((((....)))))))))))))))))))))....... ( -61.10) >DroMoj_CAF1 7045 120 + 1 CUUGAGCGGCUCCGAGUGCCGCUGAUUGGCGGGCAGCAGCUGGCUGCGCUGUUGCCUGCGCAAGAUCGCCGCCGCAGCAUUGGUCAGACCCGCCUGACGCAGUGCAUCCGCUGGCUCUGC ((((((((((.......)))))).....((((((((((((.......)))))))))))).))))...((((.((..(((((((((((......))))).))))))...)).))))..... ( -60.40) >DroAna_CAF1 7614 120 + 1 CUUCAGGGGCUCCGAGUGCCGCUGGCUGGCGUGCAGCAUCUGGUUGCGGUGCUGGCGGCGCAGUAUGGCGGUGGCGCCACUCGUCAGGCCCGCCUGACGCAGUGCAUCCGCCGGCUCGGC ......(((((....(((((((..((..((.((((((.....))))))))))..))))))).....(((((..((((....(((((((....)))))))..))))..))))))))))... ( -64.10) >consensus CUUGAGCGGCUCCGAGUGCCGCUGGUUGGCGGGCAGCAGCUGGCUGCGAUGCUGGCGCCGCAAUAUGGCCGCGGCAGCACUGGUCAGGCCCGCCUGACGCAGUGCAUCCGCCGGCUCCGC ....((((((.......)))))).(((((((((((((.....))))).))))))))...........((((..((.((((((((((((....)))))).))))))....))))))..... (-36.92 = -36.87 + -0.05)
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