Locus 387

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 1,150,672 – 1,150,789
Length 117
Max. P 0.725343
window587

overview

Window 7

Location 1,150,672 – 1,150,789
Length 117
Sequences 6
Columns 117
Reading direction forward
Mean pairwise identity 82.51
Mean single sequence MFE -51.54
Consensus MFE -35.57
Energy contribution -36.74
Covariance contribution 1.17
Combinations/Pair 1.17
Mean z-score -2.07
Structure conservation index 0.69
SVM decision value 0.41
SVM RNA-class probability 0.725343
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 1150672 117 + 22224390
CUCCACGAAUCGGAGAACAAAACUGUGGGUGGAUGUGCGUAGCGCCGUCUUCAAAGCGUCCACAAAGGCGGCAUGGCCAUCCAAUCGAUUGCCCAGCUCAUGGCUGGGCGAGUCUUC
((((.......))))...........(..((((((.((.((..((((((((.............)))))))).))))))))))..)(((((((((((.....))))))).))))... ( -45.62)
>DroVir_CAF1 57911 117 + 1
CUCCACAAAGCGCAGCACAAAGCUGUGCGUCGAGGUGCGCAGCGCGGUCUUGAGCGCAUCGACAAAUGCGGCAUGAUUAUCCAGGCGCGUGCUCAGCUCAUGGCUGGGCGAAUCCUC
.........(((((((.....)))))))(((((.((((.(((.......))).)))).)))))..(((((.(.((......))).)))))(((((((.....)))))))........ ( -47.60)
>DroGri_CAF1 45849 117 + 1
CUCAACGAAGCGCAGCACAAAGCUGUGCGUUGAGGUGCGCAGCGCCGUCUUUAAUGCAUCGACAAAUGCGGCAUGGUUGUCCAUGCGGUUGCUCAGCUCGUGGCUGGGCGAAUCCUC
.(((((...(((((((.....))))))))))))(((((...)))))........(((((......)))))((((((....))))))(((((((((((.....)))))))))..)).. ( -50.40)
>DroEre_CAF1 10701 117 + 1
CUCCACAAAUCGGAGUACGAAACUGUGGGUGGAUGUCCGCAGCGCCGUCUUGAGGGCGUCCACAAAGGCGGCGUGGCCAUCGAGGCGAUUGCCCAGCUCAUGGCUGGGCGAGUCUUC
..(((((..(((.....)))...)))))((((....)))).((((((((((...((...))...)))))))))).(((.....)))(((((((((((.....))))))).))))... ( -55.30)
>DroMoj_CAF1 58682 117 + 1
CUCCACGAAGCGCAGCACAAAGCUGUGCGUGGAGGUGCGCAACGCCGUCUUCAGUGCGUCCACAAAGGCGGCGUGAUUGUCCAUGCGCGUGUUCAGCUCGUGGCUGGGCGAGUCCUC
((((((...(((((((.....)))))))))))))..(((((((((((((((..(((....))).))))))))))(......).))))).((((((((.....))))))))....... ( -55.70)
>DroAna_CAF1 3733 117 + 1
CUCCACGAACCGCAGCACAAAGCUGUGCGUGGAGGUCCUCAGGGCGGUCUUCAGGGCGUCCACGAAGGCGGCAUGGCUGUCCAGACGGUUGCCCAGCUCGUGGCUGGGAGAGUCCUC
(((((((...((((((.....)))))))))))))(..(((.((((((((.....(.((((......)))).)..)))))))).........((((((.....)))))).)))..).. ( -54.60)
>consensus
CUCCACGAAGCGCAGCACAAAGCUGUGCGUGGAGGUGCGCAGCGCCGUCUUCAGGGCGUCCACAAAGGCGGCAUGGCUAUCCAGGCGAUUGCCCAGCUCAUGGCUGGGCGAGUCCUC
((((((...(((((((.....))))))))))))).........((((((((.............))))))))................(((((((((.....)))))))))...... (-35.57 = -36.74 +   1.17)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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