Locus 3868

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 10,310,960 – 10,311,157
Length 197
Max. P 0.742037
window6360 window6361 window6362

overview

Window 0

Location 10,310,960 – 10,311,077
Length 117
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 77.72
Mean single sequence MFE -60.62
Consensus MFE -36.20
Energy contribution -36.08
Covariance contribution -0.12
Combinations/Pair 1.36
Mean z-score -1.58
Structure conservation index 0.60
SVM decision value 0.27
SVM RNA-class probability 0.663198
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 10310960 117 - 22224390
UCUACGGUGGUCCGCCGCCGCAGGGCAAUGGU---GGAGCGCAGAGCUAUGGACUGGCCACCGCGGCCGGCAUGUAUGGCGGCCAUCAGGGCGGACCGCCCGGCUCCAAUGGGCCGCCGG
.....((((((((((((((....)))..((((---((..(((...((.(((..((((((.....)))))))))))...))).)))))).)))))))))))((((((....)))))).... ( -64.00)
>DroVir_CAF1 54362 120 - 1
ACUAUGGCGGACCGCCACCCCAGGGUGCCGGCGGUGGUGGCCAAAACUAUGGCCUGGCCACCGCGGCUGGCAUGUACGGCGGCCAUCAAGGUGGCCCGCCGGGUUCGAAUGGACCGCCGG
....((((((.(((..((((..(.((((((((.((((((((((...........)))))))))).)))))))).)..(((((((((....)))).))))))))).....))).)))))). ( -72.30)
>DroPse_CAF1 51825 117 - 1
UCUAUGGUGGACCCCCGCCGCAGGGCAACGGA---GGUGCGCAGAGCUACGGCCUGGCCACAGCCGCCGGCAUGUACGGGGGCCAUCAGGGCGGACCGCCCGGCUCCAAUGGGCCGCCAG
....((((((.((((((..(((..((..(((.---.((((.(((.((....)))))).)))..)))...)).))).))))))))))))(((((...)))))(((((....)))))..... ( -61.00)
>DroGri_CAF1 49285 120 - 1
UCUAUGGUGGCCCGCCGCCCCAAGGCGGCGGUGGCGGUGCCCAGAAUUAUGGCCUCGCCUCGGCGGCCGGCAUGUAUGGUGGGCAUCAGGGAGGUCCGCCUGGCUCGAAUGGACCACCGG
....(((((((((((((((....)))))))..(((((((((((..((....(((((((....))))..)))....))..))))))))..((....)))))..........)).)))))). ( -60.00)
>DroAna_CAF1 49858 99 - 1
UCUAUGGCGGACCACCGCCCCAAGGCAAUGGC---GGAGCGCAGAGCUAUGGGCU------------------GUAUGGCGGGCAUCAGGGCGGACCGCCCGGAUCCAAUGGGCCGCCGG
....((((((.((((((((....(((.(((((---..........)))))..)))------------------....)))))(.(((.(((((...))))).))).)..))).)))))). ( -45.40)
>DroPer_CAF1 53504 117 - 1
UCUAUGGUGGACCCCCGCCGCAGGGCAACGGA---GGUGCGCAGAGCUACGGCCUGGCCACAGCCGCCGGCAUGUACGGGGGCCAUCAGGGCGGACCGCCCGGCUCCAAUGGGCCGCCAG
....((((((.((((((..(((..((..(((.---.((((.(((.((....)))))).)))..)))...)).))).))))))))))))(((((...)))))(((((....)))))..... ( -61.00)
>consensus
UCUAUGGUGGACCGCCGCCCCAGGGCAACGGA___GGUGCGCAGAGCUAUGGCCUGGCCACAGCGGCCGGCAUGUACGGCGGCCAUCAGGGCGGACCGCCCGGCUCCAAUGGGCCGCCGG
....((((((.((((((((....))).....................((((..(((((.......)))))..)))).)))))))....(((((...)))))(((((....))))))))). (-36.20 = -36.08 +  -0.12)

alignment

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secondary structure

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Window 1

Location 10,311,040 – 10,311,157
Length 117
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 79.90
Mean single sequence MFE -58.45
Consensus MFE -36.25
Energy contribution -37.87
Covariance contribution 1.61
Combinations/Pair 1.27
Mean z-score -1.57
Structure conservation index 0.62
SVM decision value 0.14
SVM RNA-class probability 0.604353
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 10311040 117 + 22224390
GCUCC---ACCAUUGCCCUGCGGCGGCGGACCACCGUAGAACUGUGGUCCGCUCGGACCGCCUGGCGCCGAAUUCGAGUAGAAACUGUUCGACUGCAGCUGAUGGGCACCCGGCGGUGGU
...((---(((...(((..(((((((((((((((.(.....).))))))))).))..))))..)))((((...((((((((...)))))))).....(((....)))...))))))))). ( -55.50)
>DroVir_CAF1 54442 120 + 1
CCACCACCGCCGGCACCCUGGGGUGGCGGUCCGCCAUAGUACUGGGGACCGCUGGGGCCGGCGGGCGCUGAAUUCGAGUAGUAGCUGUUCGACUGCAGCUGAUGGGCGCCUGGUGGAUGU
((((((.(((((((.(((......((((((((.(((......)))))))))))))))))))))(((((((....)......(((((((......)))))))...)))))))))))).... ( -68.60)
>DroGri_CAF1 49365 120 + 1
GCACCGCCACCGCCGCCUUGGGGCGGCGGGCCACCAUAGAACUGGGGACCGCUGGGUCCGCCGGGUGCCGAAUUCGAGUAGUAACUGUUCGACUGCAACUGAUGUGCGCCGGGCGGUGGU
.(((((((..(((((((....)))))))((((((..(((..(((((((((....))))).)))).(((.(...((((((((...))))))))).))).)))..))).))).))))))).. ( -62.00)
>DroMoj_CAF1 66565 117 + 1
GCCGCGCCCCCAGCGCCCUGAGGUGGC---CCGCCAUAGUACUGUGGACCGCUCGGACCUCCGGGUGCGGAAUUCGAGUAGUAGCUGUUCGACUGCAGCUGAUGGGCACCAGGCGGCGGU
(((((((((((.((((((.((((((((---...(((((....)))))...)))...))))).))))))))...........(((((((......)))))))..)))).....)))))... ( -56.10)
>DroAna_CAF1 49920 117 + 1
GCUCC---GCCAUUGCCUUGGGGCGGUGGUCCGCCAUAGAACUGGGGUCCACUGGGUCCGCCCGGCGCCGAAUUCGAGUAAUAGCUGUUCGAUUGCAGCUGAUGGGCGCCCGGCGGCGGU
.....---(((((((((....)))))))))(((((.........((..((...))..))(((.(((((((....)......(((((((......)))))))...)))))).)))))))). ( -60.10)
>DroPer_CAF1 53584 117 + 1
GCACC---UCCGUUGCCCUGCGGCGGGGGUCCACCAUAGAACUGAGGGCCACUGGGACCGCCUGGCGCCGAAUUCGAGUAGUAGCUGUUGGACUGGAGCUGAUGGGCGACCGGCGGGGGG
..(((---((((((((...)))))))))))((.((......((.((.....)).)).(((((.(((((((....)......(((((.(......).)))))...)))).))))))))))) ( -48.40)
>consensus
GCACC___ACCAUCGCCCUGGGGCGGCGGUCCACCAUAGAACUGGGGACCGCUGGGACCGCCGGGCGCCGAAUUCGAGUAGUAGCUGUUCGACUGCAGCUGAUGGGCGCCCGGCGGCGGU
.........((.(((((....))))).)).(((((..........((.((....)).))(((.(((((((....)......(((((((......)))))))...)))))).)))))))). (-36.25 = -37.87 +   1.61)

alignment

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Window 2

Location 10,311,040 – 10,311,157
Length 117
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 79.90
Mean single sequence MFE -54.38
Consensus MFE -30.33
Energy contribution -31.67
Covariance contribution 1.34
Combinations/Pair 1.23
Mean z-score -2.10
Structure conservation index 0.56
SVM decision value 0.45
SVM RNA-class probability 0.742037
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 10311040 117 - 22224390
ACCACCGCCGGGUGCCCAUCAGCUGCAGUCGAACAGUUUCUACUCGAAUUCGGCGCCAGGCGGUCCGAGCGGACCACAGUUCUACGGUGGUCCGCCGCCGCAGGGCAAUGGU---GGAGC
.((((((((((((.......(((((........))))).........)))))))(((..((((..((.(((((((((.(.....).)))))))))))))))..)))...)))---))... ( -57.39)
>DroVir_CAF1 54442 120 - 1
ACAUCCACCAGGCGCCCAUCAGCUGCAGUCGAACAGCUACUACUCGAAUUCAGCGCCCGCCGGCCCCAGCGGUCCCCAGUACUAUGGCGGACCGCCACCCCAGGGUGCCGGCGGUGGUGG
....(((((((((((.....(((((........))))).......(....).)))))((((((((((.((((((((((......))).))))))).......))).))))))).)))))) ( -61.30)
>DroGri_CAF1 49365 120 - 1
ACCACCGCCCGGCGCACAUCAGUUGCAGUCGAACAGUUACUACUCGAAUUCGGCACCCGGCGGACCCAGCGGUCCCCAGUUCUAUGGUGGCCCGCCGCCCCAAGGCGGCGGUGGCGGUGC
..(((((((....((.(((((...((.((((((.(((....)))....))))))....((.(((((....))))))).))....)))))))((((((((....)))))))).))))))). ( -57.70)
>DroMoj_CAF1 66565 117 - 1
ACCGCCGCCUGGUGCCCAUCAGCUGCAGUCGAACAGCUACUACUCGAAUUCCGCACCCGGAGGUCCGAGCGGUCCACAGUACUAUGGCGG---GCCACCUCAGGGCGCUGGGGGCGCGGC
.(((((.((..((((((...(((((........)))))....((((..(((((....)))))...)))).(((((.((......))..))---)))......))))))..)).).)))). ( -54.70)
>DroAna_CAF1 49920 117 - 1
ACCGCCGCCGGGCGCCCAUCAGCUGCAAUCGAACAGCUAUUACUCGAAUUCGGCGCCGGGCGGACCCAGUGGACCCCAGUUCUAUGGCGGACCACCGCCCCAAGGCAAUGGC---GGAGC
.((((((((.((((((....(((((........))))).......(....)))))))((((((......(((.(((((......))).)).)))))))))...)))...)))---))... ( -53.40)
>DroPer_CAF1 53584 117 - 1
CCCCCCGCCGGUCGCCCAUCAGCUCCAGUCCAACAGCUACUACUCGAAUUCGGCGCCAGGCGGUCCCAGUGGCCCUCAGUUCUAUGGUGGACCCCCGCCGCAGGGCAACGGA---GGUGC
....(((((((.((((....((((..........)))).......(....))))))).)))))........((((((.(((((.((((((....)))))).)))))....))---)).)) ( -41.80)
>consensus
ACCACCGCCGGGCGCCCAUCAGCUGCAGUCGAACAGCUACUACUCGAAUUCGGCGCCCGGCGGUCCCAGCGGUCCCCAGUUCUAUGGCGGACCGCCGCCCCAGGGCAACGGC___GGUGC
....(((((.(((((.....(((((........)))))......((....))))))).))))).((..((((.(((((......))).)).)))).(((....)))...))......... (-30.33 = -31.67 +   1.34)

alignment

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