Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 10,099,287 – 10,099,396 |
Length | 109 |
Max. P | 0.744540 |
Location | 10,099,287 – 10,099,396 |
---|---|
Length | 109 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 80.12 |
Mean single sequence MFE | -44.82 |
Consensus MFE | -32.20 |
Energy contribution | -32.03 |
Covariance contribution | -0.16 |
Combinations/Pair | 1.29 |
Mean z-score | -1.48 |
Structure conservation index | 0.72 |
SVM decision value | 0.46 |
SVM RNA-class probability | 0.744540 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 10099287 109 - 22224390 --GGAGCGGGA---CAAUCGG------CGACAUUGGCGGGGCCGCCGGCAACGGCCGCAGCUGCCACAGCUGCGAUCAUACCGAUUCUGCCGCUCGGCGUUGCAACGCUGCGCGAUGAUU --.((((((.(---.((((((------.......(((...)))((((....))))((((((((...))))))))......)))))).).)))))).((((.((...)).))))....... ( -52.70) >DroGri_CAF1 12823 106 - 1 -----ACAGUA---UACACGG------CGGCAUUGGCGGGACCGCCAGCAACAGCUGCAGCUGCCACAGCUGCUAUAAUACCCAUACUACCGCUCGGCGUUGCGACGCUGCGCGAUGAUU -----..((((---(....((------(.((..(((((....)))))))....)))(((((((...)))))))..........)))))..(((.((((((....)))))).)))...... ( -40.90) >DroSim_CAF1 16941 109 - 1 --GGAGCGGGA---CAAUCGG------CGACAUUGGCGGGGCCUCCGGCAACGGCCGCAGCUGCCACAGCUGCGAUCAUACCGAUUCUGCCGCUCGGCGUUGCAACGCUGCGCGAUGAUU --.((((((.(---.((((((------.....(((.(((.....))).))).(..((((((((...))))))))..)...)))))).).)))))).((((.((...)).))))....... ( -49.80) >DroWil_CAF1 13075 111 - 1 ---AAACGGGAACUCUUUCUU------CAGCAACGGCGGGCCCACCAGCAACAGCUGCAGCUGCCACAGCUGCCAUAAUACCAAUACUACCGUUGGGCGUUGCGACUCUCCGCGAUGAUU ---....(((((....)))))------...((((((..(.......(((....)))(((((((...))))))).............)..))))))..(((((((......)))))))... ( -32.50) >DroMoj_CAF1 16681 106 - 1 -----AUAGCA---UACACGG------CGGCAUUGGCGGGACCGCCGGCAACAGCGGCAGCUGCAACAGCUGCUAUAAUACCCAUCCUACCGCUCGGCGUUGCCACGCUGCGCGAUGAUU -----......---..(((((------((((...((((....))))((((((...((((((((...))))))))...............((....)).))))))..))))).)).))... ( -43.80) >DroAna_CAF1 28205 117 - 1 CUGGAGCGGGA---CAAACGACGACGACGACAUUGGCGGGGCCGCCGGCAACGGCCGCAGCUGCCACAGCUGCCAUUAUCCCGAUCUUGCCGCUCGGCGUUGCCACGCUGCGCGAUGAUU ..(.((((((.---..((((.(((.(.((.((....(((((..((((....)))).(((((((...))))))).....)))))....)).)))))).)))).)).)))).)......... ( -49.20) >consensus ___GAACGGGA___CAAACGG______CGACAUUGGCGGGGCCGCCGGCAACAGCCGCAGCUGCCACAGCUGCCAUAAUACCGAUACUACCGCUCGGCGUUGCAACGCUGCGCGAUGAUU ......(((((.......................((((....))))(((....)))(((((((...)))))))...........))))).(((.((((((....)))))).)))...... (-32.20 = -32.03 + -0.16)
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