Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 136,992 – 137,103 |
Length | 111 |
Max. P | 0.991993 |
Location | 136,992 – 137,103 |
---|---|
Length | 111 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 86.67 |
Mean single sequence MFE | -34.95 |
Consensus MFE | -30.72 |
Energy contribution | -30.86 |
Covariance contribution | 0.14 |
Combinations/Pair | 1.14 |
Mean z-score | -3.25 |
Structure conservation index | 0.88 |
SVM decision value | 2.30 |
SVM RNA-class probability | 0.991993 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 136992 111 - 22224390 UGUGAAA-----UACGAAGUUGAUUGUAUGUCAGUUUUUCAUUUGGCCUGGCUAGCUUACUCCUUUUUAAAUAUUGCUAGCUGCCUUGUGAAGGGCUUACGUGUAAUUGCAGUUCG---- .......-----..((((.((((((((((((.((((((((((..(((..(((((((...................))))))))))..)))))))))).))))))))))).).))))---- ( -36.41) >DroSec_CAF1 10378 111 - 1 UGUGAAA-----UACGAAGUUGAUUGUAUGUCAGUUUUUCAUUUGGCGUGGCUAGCUCACUACUUUUUUAAUAUUGCUAGCUGCCUUGUGAAGGGCUUACGUGUAAUUGCAGUUCA---- .......-----...(((.((((((((((((.((((((((((..(((..(((((((...................))))))))))..)))))))))).))))))))))).).))).---- ( -35.51) >DroSim_CAF1 9739 111 - 1 UGUGAAA-----UACGAAGUUGAUUGUAUGUCAGUUUUUCAUUUGGCGUGGCUAGCUCACUACUUUUUUAAUAUUGCUAGCUGCCUUGUGAAGGGCUUACGUGUAAUUGCAGUUCA---- .......-----...(((.((((((((((((.((((((((((..(((..(((((((...................))))))))))..)))))))))).))))))))))).).))).---- ( -35.51) >DroEre_CAF1 8410 111 - 1 UGUGAAA-----UGUGAAGUUGAUUGUAUGUCAGUUUUUCAUUUGGCGUGCCUAGCUUACCUCUUUUUAAAUAUUGCUAGCUGCCUUGUGAAGGGCUUACGUGUAAUUGUAGUUCG---- .......-----...(((.((((((((((((.((((((((((..((((.((.((((...................))))))))))..)))))))))).))))))))))).).))).---- ( -32.31) >DroYak_CAF1 8571 115 - 1 UGUGAGA-----UGUGAAGUUGAUUGUAUGUCAGUUUUUCAUUUGGCGUGCCUAGCUUAGCUUUUUUUAAAUAUUGCUAGCUGCCUUGUGAAGGGCUUACGUGUAAUUGCAGUUCGACUC ...(((.-----..((((.((((((((((((.((((((((((..((((.((.((((...................))))))))))..)))))))))).))))))))))).).)))).))) ( -34.21) >DroAna_CAF1 33818 113 - 1 --AGAAAUGUCCUAGGAAGUAAUUUGUAUGUCAGCCUCUCAUUUGGCCUGCCUAGCUGACUU-UAAAUUAAUAUUGCUAGCUGCCUUGUGAAGGGCUUACGUGUGAUUGCGAUUCA---- --.(((...((....)).((((.(..(((((.((((..((((..(((..((.((((......-............)))))).)))..))))..)))).)))))..)))))..))).---- ( -35.77) >consensus UGUGAAA_____UACGAAGUUGAUUGUAUGUCAGUUUUUCAUUUGGCGUGCCUAGCUUACUUCUUUUUAAAUAUUGCUAGCUGCCUUGUGAAGGGCUUACGUGUAAUUGCAGUUCA____ ...............(((.((((((((((((.((((((((((..((((.(.(((((...................))))))))))..)))))))))).))))))))))).).)))..... (-30.72 = -30.86 + 0.14)
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