Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 1,121,063 – 1,121,174 |
Length | 111 |
Max. P | 0.721128 |
Location | 1,121,063 – 1,121,174 |
---|---|
Length | 111 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 81.39 |
Mean single sequence MFE | -27.84 |
Consensus MFE | -19.21 |
Energy contribution | -20.60 |
Covariance contribution | 1.39 |
Combinations/Pair | 1.06 |
Mean z-score | -1.73 |
Structure conservation index | 0.69 |
SVM decision value | 0.40 |
SVM RNA-class probability | 0.721128 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 1121063 111 - 22224390 --GAGA----UAGAGCAGCGUAUGUAUGUACAUACAUAUAAUUCCGACGUAUCUAUUUCUGCUGCAUUGUCAGCAUUAAUUUGCAACUGAAAAGCGGCGACAUUGAAGCGACAACUG--- --((((----((((...((((.(((((((....)))))))......)))).)))))))).......(((((.((.(((((((((..((....))..)))).))))).)))))))...--- ( -31.90) >DroSec_CAF1 17794 109 - 1 --GAGA----UAGAGCAGCGUAUGUA--CACAUACAUAUAAUUUCGACGUAUCUAUUUCUGCUGCAUUGUCAGCAUUAAUUUGCAACUGAAAAGCGGCGACAUUGAAGCGACAACUG--- --....----....((((((((((..--..)))))..........((.((....)).)).))))).(((((.((.(((((((((..((....))..)))).))))).)))))))...--- ( -29.90) >DroSim_CAF1 18422 107 - 1 --GAGA----UAGAGCAGCGUAUGUA--C--AUACAUAUAAUUUCGACGUAUCUAUUUCUGCUGCAUUGUCAGCAUUAAUUUGCAACUGAAAAGCGGCGACAUUGAAGCGACAACUG--- --....----....(((((((((((.--.--..))))))......((.((....)).)).))))).(((((.((.(((((((((..((....))..)))).))))).)))))))...--- ( -28.40) >DroEre_CAF1 18926 101 - 1 UACAGA----UAGGGCAGCGU------------ACAUAAAAUUCCGACGUAUCUAUUUCUGCUGCAUUGUCAGCAUUAAUUUGCAACUGAAAAGCGGCGACAUUGAAGCGACAACUG--- ..(((.----....(((((((------------((.............))))........))))).(((((.((.(((((((((..((....))..)))).))))).))))))))))--- ( -25.22) >DroYak_CAF1 18086 105 - 1 GACAGAGACAGAGAGCAGAGU------------ACAUGUAGUGCCGACGUAUCUAUUUCUGCUGCAUUGUCGGCAUUAAUUUGCAACUGAAAAGCGGCGACAUUGAAGCGACAACUG--- ..(((.(((((.((((((((.------------....(((((((....))).))))))))))).).))))).((.(((((((((..((....))..)))).))))).)).....)))--- ( -29.70) >DroAna_CAF1 40130 94 - 1 ----------------CGGGU----A----UAUGCCUGUAAUUCUA--GUAUCCAUUUCUGUUGCAUUGUCAGCAUUAAUUUGCAACUGAAAAGCGGCGACAUUGAAGCGACAACUACAC ----------------.((((----.----...))))(((((...(--((....)))...))))).(((((.((.(((((((((..((....))..)))).))))).)))))))...... ( -21.90) >consensus __GAGA____UAGAGCAGCGU____A_____AUACAUAUAAUUCCGACGUAUCUAUUUCUGCUGCAUUGUCAGCAUUAAUUUGCAACUGAAAAGCGGCGACAUUGAAGCGACAACUG___ ..............(((((((((........))))..........((.((....)).)).))))).(((((.((.(((((((((..((....))..)))).))))).)))))))...... (-19.21 = -20.60 + 1.39)
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