Locus 3578

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 9,599,949 – 9,600,144
Length 195
Max. P 0.978739
window5855 window5856 window5857

overview

Window 5

Location 9,599,949 – 9,600,054
Length 105
Sequences 4
Columns 108
Reading direction forward
Mean pairwise identity 97.65
Mean single sequence MFE -48.08
Consensus MFE -47.05
Energy contribution -47.05
Covariance contribution 0.00
Combinations/Pair 1.00
Mean z-score -2.91
Structure conservation index 0.98
SVM decision value 1.82
SVM RNA-class probability 0.978739
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 9599949 105 + 22224390
AUCGGGAUCGGUGACCACCGGAGCGGGAGCUGGAUCCGGUACGG---GUAGCUCCAAUUCCAAUUCCAAUUCCGGUGGCUCAAGCGGUUCCGUUAGCGGUUCCGUAUC
..((((((((.((((((((((((..((((.((((...((..(..---...)..))...)))).))))..))))))))).)))..))))))))...(((....)))... ( -47.40)
>DroSec_CAF1 58609 105 + 1
AUCGGGAUCGGUGACCACCGGAGCGGGAGCUGGAUCCGGUACGG---GUAGCUCCAAUUCCAAUUCCAAUUCCGGUGGCUCAAGCGGUUCCGUUAGCGGUUCCGUAUC
..((((((((.((((((((((((..((((.((((...((..(..---...)..))...)))).))))..))))))))).)))..))))))))...(((....)))... ( -47.40)
>DroEre_CAF1 63468 105 + 1
AUCGGGAUCGGUGACCACCGGAGCGGGAGCUGGAACCGGUACGG---GUAGCUCCAAUUCCAAUUCCAAUUCCGGUGGCUCAAGCGGUUCCGUUAGCGGUUCCGUAUC
..((((((((.((((((((((((..((((.(((((..((..(..---...)..))..))))).))))..))))))))).)))..))))))))...(((....)))... ( -48.20)
>DroYak_CAF1 62227 108 + 1
AUCGGGAUCGGUGACCACCGGAGCGGGAUCUGGAUCCGGUACGGGGGGUAGCUCCAAUUCCAAUUCCAAUUCCGGUGGCUCAAGCGGUUCCGUUAGCGGUUCCGUAUC
..((((((((.((((((((((((..(((..((((.(((...)))((((...))))...))))..)))..))))))))).)))..))))))))...(((....)))... ( -49.30)
>consensus
AUCGGGAUCGGUGACCACCGGAGCGGGAGCUGGAUCCGGUACGG___GUAGCUCCAAUUCCAAUUCCAAUUCCGGUGGCUCAAGCGGUUCCGUUAGCGGUUCCGUAUC
..((((((((.((((((((((((..(((..((((...((..(........)..))...))))..)))..))))))))).)))..))))))))...(((....)))... (-47.05 = -47.05 +   0.00)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 6

Location 9,599,949 – 9,600,054
Length 105
Sequences 4
Columns 108
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 97.65
Mean single sequence MFE -41.90
Consensus MFE -40.90
Energy contribution -40.90
Covariance contribution -0.00
Combinations/Pair 1.00
Mean z-score -2.36
Structure conservation index 0.98
SVM decision value 1.39
SVM RNA-class probability 0.949285
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 9599949 105 - 22224390
GAUACGGAACCGCUAACGGAACCGCUUGAGCCACCGGAAUUGGAAUUGGAAUUGGAGCUAC---CCGUACCGGAUCCAGCUCCCGCUCCGGUGGUCACCGAUCCCGAU
(((.(((..(((....))).......(((.((((((((...(((.(((((.((((.((...---..)).)))).))))).)))...)))))))))))))))))..... ( -40.90)
>DroSec_CAF1 58609 105 - 1
GAUACGGAACCGCUAACGGAACCGCUUGAGCCACCGGAAUUGGAAUUGGAAUUGGAGCUAC---CCGUACCGGAUCCAGCUCCCGCUCCGGUGGUCACCGAUCCCGAU
(((.(((..(((....))).......(((.((((((((...(((.(((((.((((.((...---..)).)))).))))).)))...)))))))))))))))))..... ( -40.90)
>DroEre_CAF1 63468 105 - 1
GAUACGGAACCGCUAACGGAACCGCUUGAGCCACCGGAAUUGGAAUUGGAAUUGGAGCUAC---CCGUACCGGUUCCAGCUCCCGCUCCGGUGGUCACCGAUCCCGAU
(((.(((..(((....))).......(((.((((((((...(((.((((((((((.((...---..)).)))))))))).)))...)))))))))))))))))..... ( -44.90)
>DroYak_CAF1 62227 108 - 1
GAUACGGAACCGCUAACGGAACCGCUUGAGCCACCGGAAUUGGAAUUGGAAUUGGAGCUACCCCCCGUACCGGAUCCAGAUCCCGCUCCGGUGGUCACCGAUCCCGAU
(((.(((..(((....))).......(((.((((((((...(((.(((((.((((.((........)).)))).))))).)))...)))))))))))))))))..... ( -40.90)
>consensus
GAUACGGAACCGCUAACGGAACCGCUUGAGCCACCGGAAUUGGAAUUGGAAUUGGAGCUAC___CCGUACCGGAUCCAGCUCCCGCUCCGGUGGUCACCGAUCCCGAU
(((.(((..(((....))).......(((.((((((((...(((.(((((.((((.((........)).)))).))))).)))...)))))))))))))))))..... (-40.90 = -40.90 +  -0.00)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 7

Location 9,600,054 – 9,600,144
Length 90
Sequences 6
Columns 103
Reading direction forward
Mean pairwise identity 80.97
Mean single sequence MFE -39.27
Consensus MFE -33.08
Energy contribution -33.80
Covariance contribution 0.72
Combinations/Pair 1.21
Mean z-score -1.46
Structure conservation index 0.84
SVM decision value 0.45
SVM RNA-class probability 0.741561
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 9600054 90 + 22224390
----CGGUUCUGGCAGCCAUCCCGGCACCCCGACCUCGCUGCACGCGCACAGCGCCAAUGGCACGUCCAGCAGC---------CUGCUGGGCGGCGGUCUGCA
----........((((((.....))).....((((.(((((........)))))......((.((((((((...---------..))))))))))))))))). ( -37.90)
>DroVir_CAF1 88203 93 + 1
-CAACAGAGCUGGUAGCCAUCCCGGCACCCCAACCUCGCUGCAUGCGCAUAGCGCCUCCAGCACGUCCAGCAGU---------CUGCUGGGCGGCGGUCUGCA
-...(((((((((........))))).((((......((((...((((...))))...))))..(((((((...---------..))))))))).)))))).. ( -39.70)
>DroGri_CAF1 71322 94 + 1
GCAAUCGAGCUGGCAGCCAUCCCGGCACCCCAACCUCGCUGCAUGGGCACAGCGCCUCCGGCACGUCCAGCAGC---------CUGCUGGGCGGCGGUCUGCA
(((((((.(((((((((......((....))......)))))..((((.....)))).)))).((((((((...---------..)))))))).)))).))). ( -40.30)
>DroSim_CAF1 45925 90 + 1
----AGAUUACAGAAUCCAUCCCGGCACCCCGACCUCGCUGCACGCGCACAGCGCCAAUGGCACGUCCAGCAGC---------CUGCUGGGCGGCGGUCUGCA
----.((((....)))).......(((..(((.((..((((...((((...))))...))))..(((((((...---------..))))))))))))..))). ( -33.60)
>DroWil_CAF1 97980 99 + 1
----CAGCUCUGGCAGCCAUCCCGGCACCCCGACUUCGCUGCAUGGCCUAAAUGCCACAAGCACGCCCAGCAGCACUAGUUUGCUGGUGGGUGGCGGUCUGCA
----........((((((.....))).....((((.((((...((((......))))..))).((((((.(((((......))))).))))))).))))))). ( -40.70)
>DroMoj_CAF1 84242 94 + 1
GCAAUCGAGCUGGCAGCCAUCCCGGCACCCCGACCUCGCUGCAUGCGCAUAGCGCCUCCAGCACGUCCAGCAGC---------CUGCUGGGCGGCGGUCUGCA
(((((((.(((((((((.....(((....))).....)))))..((((...))))...)))).((((((((...---------..)))))))).)))).))). ( -43.40)
>consensus
____CAGAGCUGGCAGCCAUCCCGGCACCCCGACCUCGCUGCAUGCGCACAGCGCCACCAGCACGUCCAGCAGC_________CUGCUGGGCGGCGGUCUGCA
............((((((.....))).....((((.(((((...((((...))))...)))).((((((((((..........))))))))))).))))))). (-33.08 = -33.80 +   0.72)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 11:02:54 2006