Locus 3532

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	9,453,533 – 9,453,666
Length	133
Max. P	0.998373

overview

Window 2

Location	9,453,533 – 9,453,626
Length	93
Sequences	5
Columns	109
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	77.07
Mean single sequence MFE	-30.08
Consensus MFE	-11.67
Energy contribution	-13.56
Covariance contribution	1.89
Combinations/Pair	1.08
Mean z-score	-2.23
Structure conservation index	0.39
SVM decision value	1.16
SVM RNA-class probability	0.924379
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 9453533 93 + 22224390
UUAGGGUAUUAGCAGACAAUGGAGAUGUUGCCACAAGGCUGUUAUAACCACGCAU---GGAUAUAUAUAUAUAUAUAUCC-------------AGCCUGGCCAACGGUG
...((....((((((....(((........))).....))))))...(((.((.(---(((((((((....)))))))))-------------))).)))))....... ( -26.20)
>DroSec_CAF1 2143 90 + 1
UU-GGGUAUUAGCCGACAAUGGAGAUGUUGCCACAAGGCUGUUCUAACCACGCAU---GGAUAUAUAU--GCAUAUAUCC-------------AGCCUGGCCAACGGUG
..-........((((....((((((....(((....)))...)))..(((.((.(---((((((((..--..))))))))-------------))).)))))).)))). ( -27.80)
>DroSim_CAF1 1835 90 + 1
UU-GGGUAUUAGCCGACAAUGGAGAUGUUGCCACAAGGCUGUUCUAACCACGCAU---GGAUAUAUAU--GCAUAUAUCC-------------AGCCUGGCCAACGGUG
..-........((((....((((((....(((....)))...)))..(((.((.(---((((((((..--..))))))))-------------))).)))))).)))). ( -27.80)
>DroEre_CAF1 1856 107 + 1
UU-GGGAAUUAGCAGGCAAUGGAGGUUCUACCACAAGGCUGUUAUAACCACGGAUUAUGUAUGUAUA-AUACAUGUAUCCAUGCAGUUGUGACAGCCUGGCCAACGGUG
..-...........(((......((.....))...(((((((((((((((.(((((((((((.....-))))))).)))).))..))))))))))))).)))....... ( -37.80)
>DroYak_CAF1 1865 98 + 1
UU-GGGUAAUAGCAGGCAAUGGAGGUAUUACCACAAGGCUGUUAUAACCACGGAUUAUAUACGAA----------UAUCCAGGCAGUUGUGACAGCCUGGCCAACGGUG
.(-((((((((.(..........).))))))).))(((((((((((((..(((((..........----------.)))).)...))))))))))))).(((...))). ( -30.80)
>consensus
UU_GGGUAUUAGCAGACAAUGGAGAUGUUGCCACAAGGCUGUUAUAACCACGCAU___GGAUAUAUAU__ACAUAUAUCC_____________AGCCUGGCCAACGGUG
....(((..((((((.(..(((........)))...).))))))..))).........((((((((......))))))))..............(((........))). (-11.67 = -13.56 +   1.89)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 3

Location	9,453,533 – 9,453,626
Length	93
Sequences	5
Columns	109
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	77.07
Mean single sequence MFE	-28.68
Consensus MFE	-17.82
Energy contribution	-19.00
Covariance contribution	1.18
Combinations/Pair	1.19
Mean z-score	-2.87
Structure conservation index	0.62
SVM decision value	3.08
SVM RNA-class probability	0.998373
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 9453533 93 - 22224390
CACCGUUGGCCAGGCU-------------GGAUAUAUAUAUAUAUAUAUCC---AUGCGUGGUUAUAACAGCCUUGUGGCAACAUCUCCAUUGUCUGCUAAUACCCUAA
....((((((((.(((-------------(((((((((....)))))))))---).)).))))..)))).......((((((((.......))).)))))......... ( -28.30)
>DroSec_CAF1 2143 90 - 1
CACCGUUGGCCAGGCU-------------GGAUAUAUGC--AUAUAUAUCC---AUGCGUGGUUAGAACAGCCUUGUGGCAACAUCUCCAUUGUCGGCUAAUACCC-AA
.....(((((((.(((-------------((((((((..--..))))))))---).)).)))))))...((((..((((........))))....)))).......-.. ( -29.50)
>DroSim_CAF1 1835 90 - 1
CACCGUUGGCCAGGCU-------------GGAUAUAUGC--AUAUAUAUCC---AUGCGUGGUUAGAACAGCCUUGUGGCAACAUCUCCAUUGUCGGCUAAUACCC-AA
.....(((((((.(((-------------((((((((..--..))))))))---).)).)))))))...((((..((((........))))....)))).......-.. ( -29.50)
>DroEre_CAF1 1856 107 - 1
CACCGUUGGCCAGGCUGUCACAACUGCAUGGAUACAUGUAU-UAUACAUACAUAAUCCGUGGUUAUAACAGCCUUGUGGUAGAACCUCCAUUGCCUGCUAAUUCCC-AA
....((.(((.(((((((.(.(((..(((((((..((((((-.....)))))).)))))))))).).))))))).((((........)))).))).))........-.. ( -30.60)
>DroYak_CAF1 1865 98 - 1
CACCGUUGGCCAGGCUGUCACAACUGCCUGGAUA----------UUCGUAUAUAAUCCGUGGUUAUAACAGCCUUGUGGUAAUACCUCCAUUGCCUGCUAUUACCC-AA
....((.(((.(((((((.(.(((..(..(((((----------(......)).)))))..))).).))))))).((((........)))).))).))........-.. ( -25.50)
>consensus
CACCGUUGGCCAGGCU_____________GGAUAUAUGC__AUAUAUAUCC___AUGCGUGGUUAUAACAGCCUUGUGGCAACAUCUCCAUUGUCUGCUAAUACCC_AA
....((((((.((((..............(((((((((....))))))))).......((((........(((....))).......)))).))))))))))....... (-17.82 = -19.00 +   1.18)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 4

Location	9,453,562 – 9,453,666
Length	104
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	81.75
Mean single sequence MFE	-35.84
Consensus MFE	-20.03
Energy contribution	-21.16
Covariance contribution	1.13
Combinations/Pair	1.10
Mean z-score	-2.47
Structure conservation index	0.56
SVM decision value	0.97
SVM RNA-class probability	0.891790
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 9453562 104 + 22224390
GCCACAAGGCUGUUAUAACCACGCAU---GGAUAUAUAUAUAUAUAUAUCC-------------AGCCUGGCCAACGGUGCGUAUUAGUAACCCACAGUUUGGUCUGCUUGCUUGGCUCC
((((....((((((....(((.((.(---(((((((((....)))))))))-------------))).)))..))))))(((....((((..(((.....)))..))))))).))))... ( -33.60)
>DroSec_CAF1 2171 102 + 1
GCCACAAGGCUGUUCUAACCACGCAU---GGAUAUAUAU--GCAUAUAUCC-------------AGCCUGGCCAACGGUGCGUAUGAGUAACCCACAGUUUGGUCUGCUUGCUUGGCUCC
((((....((((((....(((.((.(---((((((((..--..))))))))-------------))).)))..))))))((....(((((..(((.....)))..))))))).))))... ( -32.70)
>DroSim_CAF1 1863 102 + 1
GCCACAAGGCUGUUCUAACCACGCAU---GGAUAUAUAU--GCAUAUAUCC-------------AGCCUGGCCAACGGUGCGUAUGAGUAACCCACAGUUUGGUCUGCUUGCUUGGCUCC
((((....((((((....(((.((.(---((((((((..--..))))))))-------------))).)))..))))))((....(((((..(((.....)))..))))))).))))... ( -32.70)
>DroEre_CAF1 1884 119 + 1
ACCACAAGGCUGUUAUAACCACGGAUUAUGUAUGUAUA-AUACAUGUAUCCAUGCAGUUGUGACAGCCUGGCCAACGGUGCGUAUGAGUAACCCACAGUUUGGUUUGCUUGCUUGGCUGC
......(((((((((((((((.(((((((((((.....-))))))).)))).))..)))))))))))))((((((....((....((((((.(((.....))).)))))))))))))).. ( -44.70)
>DroYak_CAF1 1893 110 + 1
ACCACAAGGCUGUUAUAACCACGGAUUAUAUACGAA----------UAUCCAGGCAGUUGUGACAGCCUGGCCAACGGUGCGUAUGAGUAACCCACAGUUUGGUCUGCUUGCUUGGCUGC
......(((((((((((((..(((((..........----------.)))).)...)))))))))))))((((((....((....(((((..(((.....)))..))))))))))))).. ( -35.50)
>consensus
GCCACAAGGCUGUUAUAACCACGCAU___GGAUAUAUAU__ACAUAUAUCC_____________AGCCUGGCCAACGGUGCGUAUGAGUAACCCACAGUUUGGUCUGCUUGCUUGGCUCC
((((..(((((((.......)).......((((((((......)))))))).............)))))((((((..(((.((.......)).)))...))))))........))))... (-20.03 = -21.16 +   1.13)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 5

Location	9,453,562 – 9,453,666
Length	104
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	81.75
Mean single sequence MFE	-34.15
Consensus MFE	-23.76
Energy contribution	-24.98
Covariance contribution	1.22
Combinations/Pair	1.12
Mean z-score	-1.88
Structure conservation index	0.70
SVM decision value	0.56
SVM RNA-class probability	0.782448
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 9453562 104 - 22224390
GGAGCCAAGCAAGCAGACCAAACUGUGGGUUACUAAUACGCACCGUUGGCCAGGCU-------------GGAUAUAUAUAUAUAUAUAUCC---AUGCGUGGUUAUAACAGCCUUGUGGC
...(((..((((((......(((.(((.((.......)).))).)))(((((.(((-------------(((((((((....)))))))))---).)).)))))......).)))))))) ( -35.60)
>DroSec_CAF1 2171 102 - 1
GGAGCCAAGCAAGCAGACCAAACUGUGGGUUACUCAUACGCACCGUUGGCCAGGCU-------------GGAUAUAUGC--AUAUAUAUCC---AUGCGUGGUUAGAACAGCCUUGUGGC
...(((((((..((((......))))..)))........((....(((((((.(((-------------((((((((..--..))))))))---).)).)))))))....))....)))) ( -34.50)
>DroSim_CAF1 1863 102 - 1
GGAGCCAAGCAAGCAGACCAAACUGUGGGUUACUCAUACGCACCGUUGGCCAGGCU-------------GGAUAUAUGC--AUAUAUAUCC---AUGCGUGGUUAGAACAGCCUUGUGGC
...(((((((..((((......))))..)))........((....(((((((.(((-------------((((((((..--..))))))))---).)).)))))))....))....)))) ( -34.50)
>DroEre_CAF1 1884 119 - 1
GCAGCCAAGCAAGCAAACCAAACUGUGGGUUACUCAUACGCACCGUUGGCCAGGCUGUCACAACUGCAUGGAUACAUGUAU-UAUACAUACAUAAUCCGUGGUUAUAACAGCCUUGUGGU
((......))......(((.(((.(((.((.......)).))).))).((.(((((((.(.(((..(((((((..((((((-.....)))))).)))))))))).).))))))).))))) ( -34.30)
>DroYak_CAF1 1893 110 - 1
GCAGCCAAGCAAGCAGACCAAACUGUGGGUUACUCAUACGCACCGUUGGCCAGGCUGUCACAACUGCCUGGAUA----------UUCGUAUAUAAUCCGUGGUUAUAACAGCCUUGUGGU
...(((..((((((......(((..(((((((...(((((.........((((((.((....)).))))))...----------..))))).)))))))..)))......).)))))))) ( -31.84)
>consensus
GGAGCCAAGCAAGCAGACCAAACUGUGGGUUACUCAUACGCACCGUUGGCCAGGCU_____________GGAUAUAUGC__AUAUAUAUCC___AUGCGUGGUUAUAACAGCCUUGUGGC
..(((((.((((((...((((...(((.((.......)).)))..))))....))).............(((((((((....)))))))))....))).)))))......(((....))) (-23.76 = -24.98 +   1.22)

alignment

secondary structure

dotplot

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 11:01:47 2006