Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 9,220,382 – 9,220,494 |
Length | 112 |
Max. P | 0.683652 |
Location | 9,220,382 – 9,220,494 |
---|---|
Length | 112 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 78.72 |
Mean single sequence MFE | -39.88 |
Consensus MFE | -28.08 |
Energy contribution | -28.08 |
Covariance contribution | 0.00 |
Combinations/Pair | 1.25 |
Mean z-score | -1.25 |
Structure conservation index | 0.70 |
SVM decision value | 0.31 |
SVM RNA-class probability | 0.683652 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 9220382 112 + 22224390 UUGUCGGCGCAGUCGUGGUAGCCAUCGCAAUGAAAGUUGUACGGUAUGCACAGUGCGUUCGUGCAACGGAACUGGGCGUGGUGGCAUGGCGGGAAGUCUAAAGUAAA--------CAUGG .....(((....((((.((.((((((((.......(((((((((.((((.....)))))))))))))(........))))))))))).))))...))).........--------..... ( -37.10) >DroVir_CAF1 2559 112 + 1 UCAUCGGCGCAAUCGUGAUAGCCGUCGCAGUGGAAGUUGUACGGAAUGCACAGCGCAUUCGUGCAGCGGAACUGCGCAUGGUGGCAGGGUGGGAAGUCUGCAG-----GCA---GCGAGG .......(((.(((.((...(((((((((((....((((((((.(((((.....)))))))))))))...)))))).)))))..)).))).....(((....)-----)).---)))... ( -45.60) >DroGri_CAF1 2755 116 + 1 UCAUCGGCGCAGUCGUGGUAGCCGUCGCAGUGGAAAUUGUAUGGAAUGCACAGCGCAUUCGUGCAGCGGAACUGCGCAUGAUGGCAGGGCGGGAAGUCUACAGUGAA-GCG---GCAAGU .....(.(((..(((..((.(((((((((((....)))))...((((((.....))))))((((((.....))))))..)))))).((((.....))))))..))).-)))---.).... ( -43.50) >DroWil_CAF1 2585 112 + 1 UCAUCGGCACAGUCGUGAUAGCCAUCGCAGUGAAAGUUAUACGGUAUGCACAGAGCAUUCGUACAACGGAACUGGGCAUGAUGGCAAGGCGGAAAGUCUGAAUUAUG--------CAAAG (((.((((...)))))))..(((((((((((....(((.(((((.((((.....))))))))).)))...))))....))))))).((((.....))))........--------..... ( -32.40) >DroMoj_CAF1 2774 120 + 1 UCGUCGGCGCAGUCGUUGUAGCCGUCGCAGUGGAAGUUGUACGGGAUGCACAGCGCGUUCGUGCAGCGGAAUUGCGCAUGGUGGCAAGGGGGGAAGUCUGCAAAGGAGGCAAUUGUGAAG .......(((((((.((((.(((((((((((....(((((((((.((((.....)))))))))))))...)))))).))))).)))).)......((((.(...).)))).))))))... ( -44.40) >DroAna_CAF1 2567 112 + 1 UUGUCCGCACAGUCGUGAUAGCCGUCGCAAUGGAAGUUGUACGGAAUGCACAGGGCAUUCGAGCACCGGAACUGGGCAUGAUGGCACUGCGGGAAGUCUGUUGGAGA--------CAAAA ...((((((..(((((.((...(((.(((((....))))))))((((((.....))))))..((.(((....))))))).)))))..))))))..((((.....)))--------).... ( -36.30) >consensus UCAUCGGCGCAGUCGUGAUAGCCGUCGCAGUGGAAGUUGUACGGAAUGCACAGCGCAUUCGUGCAGCGGAACUGCGCAUGAUGGCAAGGCGGGAAGUCUGCAGUAAA________CAAAG .....(((....((((..(.(((((((((((....(((((((((.((((.....)))))))))))))...))))....))))))))..))))...)))...................... (-28.08 = -28.08 + 0.00)
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