Locus 3423

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	9,147,984 – 9,148,195
Length	211
Max. P	0.993631

overview

Window 7

Location	9,147,984 – 9,148,090
Length	106
Sequences	5
Columns	113
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	93.73
Mean single sequence MFE	-34.18
Consensus MFE	-29.94
Energy contribution	-29.98
Covariance contribution	0.04
Combinations/Pair	1.04
Mean z-score	-1.58
Structure conservation index	0.88
SVM decision value	1.25
SVM RNA-class probability	0.935581
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 9147984 106 - 22224390
AAUAGGGUCGCCACACCUGCGAGAGAUCGCCCACGUCCUCCUCCCUGGCGGAUUCCACUCCGCC---GGCACCACUGCCACCCACUUCGCCAGCGGAUUCCACCUGCUG----
...((((((((.......))))(((..((....))..)))..))))((((((......))))))---((((....))))...........((((((.......))))))---- ( -35.80)
>DroSec_CAF1 778 106 - 1
AAUAGGGUCGCCACACCUGCGAGAGAUCGCCCACGUCCUCCUCCCUGGCGGAUUCCACCCCGCC---GGCACCACUGCCACCCACUUCGCCAGCGGAUUCCACCUGCUG----
...((((((((.......))))(((..((....))..)))..))))(((((........)))))---((((....))))...........((((((.......))))))---- ( -34.40)
>DroSim_CAF1 390 106 - 1
AAUAGGGUCGCCACACCUGCGUGAGAUCGCCCACGUCUUCCUCCCUGGCGGAUUCCACCCCGCC---GGCACCACUGCCACCCACUUCGCCAGCGGAUUCCACCUGCUG----
....((((.((.......(((((........)))))........(((((((........)))))---)).......)).)))).......((((((.......))))))---- ( -33.60)
>DroEre_CAF1 777 110 - 1
AAUAGGGUCGCCACACCUGCGUGAGAUCGCCCACGUCCUCCUCCCUGGCGGAUUCCACCCCGCC---GGCACCACUGCCACCCACUUCGCCAGCGGACUCCACCUGCUGCUGC
....((((.((.......(((((........)))))........(((((((........)))))---)).......)).)))).....((.(((((.......)))))))... ( -34.40)
>DroYak_CAF1 785 113 - 1
AAUAGGGUCGCCACACCUGCGUGAGAUCGCCCACGUCCUCCUCCCUGGCGGAUUCCACACCGCCACCCGCCACACUGCCACCCACUUCGCCAGCGGAUUCCACCUGCUGCUGC
....((((.((.......(((.(((..((....))..))).....((((((........))))))..)))......)).)))).....((.(((((.......)))))))... ( -32.72)
>consensus
AAUAGGGUCGCCACACCUGCGUGAGAUCGCCCACGUCCUCCUCCCUGGCGGAUUCCACCCCGCC___GGCACCACUGCCACCCACUUCGCCAGCGGAUUCCACCUGCUG____
....((((.((......((((.(((..((....))..)))).....(((((........)))))....))).....)).)))).......((((((.......)))))).... (-29.94 = -29.98 +   0.04)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 8

Location	9,148,050 – 9,148,163
Length	113
Sequences	5
Columns	113
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	93.81
Mean single sequence MFE	-38.54
Consensus MFE	-32.38
Energy contribution	-32.70
Covariance contribution	0.32
Combinations/Pair	1.09
Mean z-score	-1.28
Structure conservation index	0.84
SVM decision value	0.01
SVM RNA-class probability	0.539419
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 9148050 113 + 22224390
GAGGACGUGGGCGAUCUCUCGCAGGUGUGGCGACCCUAUUGACCCAACCGGAUCAUUCAGCGAUCAGCGCCGACCGGUAUCCACCUGCACCCACAUCUGAAUCUGAAUCCGAA
..(((.(((((.((....))(((((((.(((((.....))).))..(((((.....((.(((.....))).)))))))...))))))).))))).((.......)).)))... ( -35.80)
>DroSec_CAF1 844 113 + 1
GAGGACGUGGGCGAUCUCUCGCAGGUGUGGCGACCCUAUUGACCCAAUCGGAUCAUCCAGCGGUCAGCGCCGACCGGUAUCCACCUGCACCCACAUCUGAAUCUGAAUCCGAC
..(((.(((((.((....))(((((((.(((((((((..(((.((....)).)))...)).)))).))(((....)))..)))))))).))))).((.......)).)))... ( -39.70)
>DroSim_CAF1 456 113 + 1
GAAGACGUGGGCGAUCUCACGCAGGUGUGGCGACCCUAUUGACCCAAUCGGAUCAUCCAGCGGUCAGCGCCGACCGGUCUCCACCUGCACCCACAUCUGAAUCUGAAUCCGAA
..(((.(((((.(....)..(((((((.((.((((....(((.((....)).)))......((((......))))))))))))))))).))))).)))............... ( -39.40)
>DroEre_CAF1 847 113 + 1
GAGGACGUGGGCGAUCUCACGCAGGUGUGGCGACCCUAUUGACCCAAUCGGGUCAUCCAGAGGUCAGCGCCGACCAGUCUCCACCUGCACCCCCAUCUGAAUCUAAAUCCGAA
..(((.(((((....)))))(((((((.(((((((((..((((((....))))))...)).))))...)))((....))..)))))))...................)))... ( -42.30)
>DroYak_CAF1 858 113 + 1
GAGGACGUGGGCGAUCUCACGCAGGUGUGGCGACCCUAUUGACCCAAUCGGAUCAACCAGAGGUCAGCGCCGACCAGUCUCCAUCUGCACUCACAUCUGAAUCUAAAUCCGAA
..(((((((((....))))))((((((((((((((((.((((.((....)).))))..)).)))).))((.((..........)).))...))))))))........)))... ( -35.50)
>consensus
GAGGACGUGGGCGAUCUCACGCAGGUGUGGCGACCCUAUUGACCCAAUCGGAUCAUCCAGCGGUCAGCGCCGACCGGUCUCCACCUGCACCCACAUCUGAAUCUGAAUCCGAA
..(((.(((((.(....)..(((((((.(((((((((..(((.((....)).)))...)).)))).))(((....)))..)))))))).))))).)))............... (-32.38 = -32.70 +   0.32)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 9

Location	9,148,050 – 9,148,163
Length	113
Sequences	5
Columns	113
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	93.81
Mean single sequence MFE	-47.14
Consensus MFE	-43.72
Energy contribution	-44.16
Covariance contribution	0.44
Combinations/Pair	1.08
Mean z-score	-1.76
Structure conservation index	0.93
SVM decision value	2.41
SVM RNA-class probability	0.993631
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 9148050 113 - 22224390
UUCGGAUUCAGAUUCAGAUGUGGGUGCAGGUGGAUACCGGUCGGCGCUGAUCGCUGAAUGAUCCGGUUGGGUCAAUAGGGUCGCCACACCUGCGAGAGAUCGCCCACGUCCUC
...((((....)))).((((((((((((((((...(((..((((((.....)))))).((((((....))))))....))).....)))))))((....)))))))))))... ( -46.70)
>DroSec_CAF1 844 113 - 1
GUCGGAUUCAGAUUCAGAUGUGGGUGCAGGUGGAUACCGGUCGGCGCUGACCGCUGGAUGAUCCGAUUGGGUCAAUAGGGUCGCCACACCUGCGAGAGAUCGCCCACGUCCUC
...((((....)))).(((((((((((((((((((....)))(((...((((.(((..((((((....)))))).)))))))))).)))))))((....)))))))))))... ( -50.50)
>DroSim_CAF1 456 113 - 1
UUCGGAUUCAGAUUCAGAUGUGGGUGCAGGUGGAGACCGGUCGGCGCUGACCGCUGGAUGAUCCGAUUGGGUCAAUAGGGUCGCCACACCUGCGUGAGAUCGCCCACGUCUUC
...((((....))))(((((((((((((((((..(((((((((....))))).(((..((((((....)))))).)))))))....)))))))..(....))))))))))).. ( -51.70)
>DroEre_CAF1 847 113 - 1
UUCGGAUUUAGAUUCAGAUGGGGGUGCAGGUGGAGACUGGUCGGCGCUGACCUCUGGAUGACCCGAUUGGGUCAAUAGGGUCGCCACACCUGCGUGAGAUCGCCCACGUCCUC
...((((....)))).((((.(((((((((((..((....))(((...((((.(((..((((((....)))))).)))))))))).)))))))..(....))))).))))... ( -46.40)
>DroYak_CAF1 858 113 - 1
UUCGGAUUUAGAUUCAGAUGUGAGUGCAGAUGGAGACUGGUCGGCGCUGACCUCUGGUUGAUCCGAUUGGGUCAAUAGGGUCGCCACACCUGCGUGAGAUCGCCCACGUCCUC
...((((.......((((.((.(((((.((((....)..))).))))).)).))))((((((((....)))))))).((((..((((......))).)...))))..)))).. ( -40.40)
>consensus
UUCGGAUUCAGAUUCAGAUGUGGGUGCAGGUGGAGACCGGUCGGCGCUGACCGCUGGAUGAUCCGAUUGGGUCAAUAGGGUCGCCACACCUGCGUGAGAUCGCCCACGUCCUC
...((((....)))).((((((((((((((((..(((((((((....))))).(((..((((((....)))))).)))))))....)))))))(......))))))))))... (-43.72 = -44.16 +   0.44)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 0

Location	9,148,090 – 9,148,195
Length	105
Sequences	5
Columns	111
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	86.08
Mean single sequence MFE	-41.20
Consensus MFE	-28.50
Energy contribution	-30.10
Covariance contribution	1.60
Combinations/Pair	1.17
Mean z-score	-2.26
Structure conservation index	0.69
SVM decision value	0.69
SVM RNA-class probability	0.823224
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 9148090 105 - 22224390
GCAGCGGUGGGUGGCUGGG------AUUCAGAUUUGGAUUCGGAUUCAGAUUCAGAUGUGGGUGCAGGUGGAUACCGGUCGGCGCUGAUCGCUGAAUGAUCCGGUUGGGUC
.(((((((.((((.((((.------(((((.((((((((..(....)..)))))))).))))).).(((....)))...))))))).)))))))...(((((....))))) ( -40.20)
>DroSec_CAF1 884 105 - 1
GCAGCGGUGGGUGGCUGGG------AUUCGGAUUUGGAGUCGGAUUCAGAUUCAGAUGUGGGUGCAGGUGGAUACCGGUCGGCGCUGACCGCUGGAUGAUCCGAUUGGGUC
.(((((((.(((((((((.------(((((((((((((......)))))))))...(((....)))...)))).))))))...))).)))))))...(((((....))))) ( -41.80)
>DroSim_CAF1 496 105 - 1
GCAGCGGUGGGUGGCUGGG------AUUCGGAUUUGGAUUCGGAUUCAGAUUCAGAUGUGGGUGCAGGUGGAGACCGGUCGGCGCUGACCGCUGGAUGAUCCGAUUGGGUC
.(((((((.(((((((((.------.(((((((((((((....))))))))))...(((....)))...)))..))))))...))).)))))))...(((((....))))) ( -43.20)
>DroEre_CAF1 887 111 - 1
GCAGCGGUGGGUGGCUGGGAUUCGCAUUUGGAUUCGGAUUCGGAUUUAGAUUCAGAUGGGGGUGCAGGUGGAGACUGGUCGGCGCUGACCUCUGGAUGACCCGAUUGGGUC
.(((.(((.((((.((((.((((.((((((((((..(((....)))..)))))))))).)))).)....(....)....))))))).))).)))...(((((....))))) ( -43.20)
>DroYak_CAF1 898 102 - 1
GCAGCGGUG---------GAUUUGGAUUCGGAUACGGAUUCGGAUUUAGAUUCAGAUGUGAGUGCAGAUGGAGACUGGUCGGCGCUGACCUCUGGUUGAUCCGAUUGGGUC
.((((..((---------((((((((((((....))))))))))))))....((((.((.(((((.((((....)..))).))))).)).))))))))((((....)))). ( -37.60)
>consensus
GCAGCGGUGGGUGGCUGGG______AUUCGGAUUUGGAUUCGGAUUCAGAUUCAGAUGUGGGUGCAGGUGGAGACCGGUCGGCGCUGACCGCUGGAUGAUCCGAUUGGGUC
.(((((((.((((.(..........(((((.(((((((((........))))))))).)))))((.(((....))).)).).)))).)))))))...(((((....))))) (-28.50 = -30.10 +   1.60)

alignment

secondary structure

dotplot

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 10:59:00 2006