Locus 3418

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	9,131,748 – 9,131,850
Length	102
Max. P	0.987675

overview

Window 1

Location	9,131,748 – 9,131,850
Length	102
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	72.43
Mean single sequence MFE	-49.68
Consensus MFE	-26.99
Energy contribution	-26.33
Covariance contribution	-0.66
Combinations/Pair	1.36
Mean z-score	-2.28
Structure conservation index	0.54
SVM decision value	2.09
SVM RNA-class probability	0.987675
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 9131748 102 + 22224390
CAGCCGCU------------------GAGGUUUUGGCCGUUUCGAGUAGUGCCAGUGUUGGCAGCAGCUCGCCCACAGGUGGCGCCAGCAAUGGUACAGCCCAUAGUGGGCAUAGUGGAC
...(((((------------------(.(((....)))..........((((((.(((((((....((.((((....))))))))))))).)))))).((((.....)))).)))))).. ( -45.20)
>DroVir_CAF1 86 115 + 1
CCGCGGCGGCGGCUGCGGUCAUGUGCGAGGUGAUACCA---UCGAGCAGUGCCAGUGUUGGCAGCAGCUCGCCAACAGGUGGCGCCAGCAAUGGUACUGCCAAUAGUACACACAGUGG--
(((((((....)))))))...(((((..((((....))---))(.(((((((((.(((((((....((.((((....))))))))))))).))))))))))....)))))........-- ( -55.70)
>DroGri_CAF1 6085 114 + 1
-GGUGGCAGCGGCUGCGGUCAUGUGCGAGGUGCUGCCA---UCUAGCAGCGCCAGUGUUGGCAGCAGCUCGCCAACAGGUGGCGCCAGCAAUGGCACCGCCAAUAGUGCACACAGUGC--
-.((((((((((((((.((((.(..(..((((((((..---....)))))))).)..))))).))))).))).....(((((.((((....)))).))))).....))).))).....-- ( -61.60)
>DroEre_CAF1 3744 102 + 1
CGGUCGCU------------------GAGGUUAUGGCCGUUUCAAGUAGUGCCAGUGUGGGCAGCAGCUCGCCCACAGGUGGCGCCAGCAAUGGUACGGCCCACAGCGGGCACAGUGGAC
.(.(((((------------------(.((.....(((((..........((((.(((((((........)))))))..))))((((....))))))))))).)))))).)......... ( -44.40)
>DroWil_CAF1 95 120 + 1
CCGCUGCCACAGCAGUGGCCAUGUGCGAUGUCCUCCCCGUGUCCAGUAAUGCCAGUGUUGGCAGUAGCUCACCAACAGGUGGUGCUAGCAAUGGUACAGCAAAUAGUGGACACAGUGGCG
.((((((....))))))(((((....((.....))...(((((((.((.((((......))))...(((((((....))))((((((....)))))))))...)).))))))).))))). ( -49.40)
>DroYak_CAF1 1900 102 + 1
CAACCGCU------------------GAGGUUUUGGCCGUUUCCAGUAGCGCCAGUGUUGGCAGCAGCUCGCCCACAGGUGGCGCCAGCAAUGGUACGGCGCACAGUGGGCAUAGUGGAC
...(((((------------------(.(((....)))......(((.(((((......))).)).))).((((((..(((((((((....))))...)).))).)))))).)))))).. ( -41.80)
>consensus
CAGCCGCU__________________GAGGUUAUGCCCGUUUCCAGUAGUGCCAGUGUUGGCAGCAGCUCGCCAACAGGUGGCGCCAGCAAUGGUACAGCCAAUAGUGGACACAGUGGAC
.............................((((............((.((((((.(((((((....((.((((....))))))))))))).)))))).)).......))))......... (-26.99 = -26.33 +  -0.66)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 2

Location	9,131,748 – 9,131,850
Length	102
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	72.43
Mean single sequence MFE	-44.47
Consensus MFE	-20.60
Energy contribution	-21.02
Covariance contribution	0.42
Combinations/Pair	1.38
Mean z-score	-1.89
Structure conservation index	0.46
SVM decision value	0.68
SVM RNA-class probability	0.821086
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 9131748 102 - 22224390
GUCCACUAUGCCCACUAUGGGCUGUACCAUUGCUGGCGCCACCUGUGGGCGAGCUGCUGCCAACACUGGCACUACUCGAAACGGCCAAAACCUC------------------AGCGGCUG
((((((...((((.....)))).(..(((....)))..).....)))))).(((((((((((....))))............((......))..------------------))))))). ( -37.00)
>DroVir_CAF1 86 115 - 1
--CCACUGUGUGUACUAUUGGCAGUACCAUUGCUGGCGCCACCUGUUGGCGAGCUGCUGCCAACACUGGCACUGCUCGA---UGGUAUCACCUCGCACAUGACCGCAGCCGCCGCCGCGG
--.((.(((((((((((((((((((.(((....))).((((..((((((((......)))))))).))))))))).)))---)))))......)))))))).((((.((....)).)))) ( -48.00)
>DroGri_CAF1 6085 114 - 1
--GCACUGUGUGCACUAUUGGCGGUGCCAUUGCUGGCGCCACCUGUUGGCGAGCUGCUGCCAACACUGGCGCUGCUAGA---UGGCAGCACCUCGCACAUGACCGCAGCCGCUGCCACC-
--((((...)))).....(((((((((((....)))))))..(((((((((((.((((((((...(((((...))))).---)))))))).))))).)).....)))).....))))..- ( -53.70)
>DroEre_CAF1 3744 102 - 1
GUCCACUGUGCCCGCUGUGGGCCGUACCAUUGCUGGCGCCACCUGUGGGCGAGCUGCUGCCCACACUGGCACUACUUGAAACGGCCAUAACCUC------------------AGCGACCG
............(((((..((((((..((..(.(((.((((..((((((((......)))))))).)))).)))).))..)))))).......)------------------)))).... ( -40.80)
>DroWil_CAF1 95 120 - 1
CGCCACUGUGUCCACUAUUUGCUGUACCAUUGCUAGCACCACCUGUUGGUGAGCUACUGCCAACACUGGCAUUACUGGACACGGGGAGGACAUCGCACAUGGCCACUGCUGUGGCAGCGG
(.((.(((((((((.....(((((((....))).)))).((((....))))......(((((....)))))....))))))))))).).....(((.....(((((....))))).))). ( -44.40)
>DroYak_CAF1 1900 102 - 1
GUCCACUAUGCCCACUGUGCGCCGUACCAUUGCUGGCGCCACCUGUGGGCGAGCUGCUGCCAACACUGGCGCUACUGGAAACGGCCAAAACCUC------------------AGCGGUUG
........(((((((.((((((((((....))).)))).)))..)))))))(((((((((((....))))....(((....)))..........------------------))))))). ( -42.90)
>consensus
GUCCACUGUGCCCACUAUGGGCCGUACCAUUGCUGGCGCCACCUGUGGGCGAGCUGCUGCCAACACUGGCACUACUCGAAACGGCCAAAACCUC__________________AGCGGCCG
...................((((((.(((....))).((((..((((((((......)))))))).))))...........................................)))))). (-20.60 = -21.02 +   0.42)

alignment

secondary structure

dotplot

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