Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 9,124,805 – 9,124,925 |
Length | 120 |
Max. P | 0.527124 |
Location | 9,124,805 – 9,124,925 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 80.83 |
Mean single sequence MFE | -48.80 |
Consensus MFE | -26.54 |
Energy contribution | -26.52 |
Covariance contribution | -0.02 |
Combinations/Pair | 1.38 |
Mean z-score | -1.99 |
Structure conservation index | 0.54 |
SVM decision value | -0.01 |
SVM RNA-class probability | 0.527124 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 9124805 120 + 22224390 GCCUGCAGGAGCAUGCCUCGCUCGGCGCUAAGGUCAGGCAAAUGCCACUCGGAGUGGGGCAGUUGCAUGGGAUACAAGUACAUCUGGUCCGCCAGCUUACUGGCCAGCCGCUGGGCAAAG ((((((.((.((((((((((((((((......))).(((....))).....))))))))))..))).((((((...((.....)).))))(((((....))))))).)))).)))).... ( -50.70) >DroVir_CAF1 623 120 + 1 GACUGCAGCAGCAUGCCCCGCUCGGCGCUCAGAUCCGGCAGCUGCCACUCUGAGUGCGGCAACUGCAUGGGAUACAAAUACAUUUGAUCGCCCAGCUUGAUGGCCAAGCGCUGCGGAAAC ..(((((((.(((((((.(....)(((((((((...(((....)))..)))))))))))))..))).((((...((((....))))....))))(((((.....)))))))))))).... ( -52.60) >DroGri_CAF1 623 120 + 1 GACUGCAGCAGCAUACCUCUCUCGGCGCUCAGAUCCGGCAGCUGCCACUCUGAGUGGGGCAAUUGCAUCGGAUACAAAUACAUUUGAUCGGCCAGCUUGCUGGCCAAGCGCUGAGCAAAG ...(((....))).......(((((((((...(((((((((.((((.((......)))))).))))..)))))................((((((....)))))).)))))))))..... ( -46.10) >DroWil_CAF1 1289 120 + 1 GCUUGCAGCAACAUGCCACGUUCGGCGGAUAGGUCUGGUAGAUGCCAUUCAGAAUGUGGCAUUUGCAUGGGAUACAAGUACAUUUGAUCUGCCAGCUUAAUGGUCAAACGUUGGGCAAAA ....((.((((.((((((((((((((......)))((((....))))....)))))))))))))))...((((.((((....))))))))))..((((((((......)))))))).... ( -41.70) >DroMoj_CAF1 623 120 + 1 GAUUGCAGCAGCAUGCCGCGCUCGGCGCUCAGAUCGGGCAGCUGCCACUCCGAGUGCGGCAAUUGCAUGGGAUAUAAAUACAUUUGAUCUGCUAGCUUGACUGCCAGGCGUUGGGGGAAU .(((.((((((..((((((((((((((.......))(((....)))...)))))))))))).)))).)).)))..............(((.((((((((.....)))))..))).))).. ( -44.60) >DroAna_CAF1 629 120 + 1 GCCUGCAGGAGCAUGCCCCGCUCGGCGCUCAGAUCGGGCAGCUGCCACUCGGAGUGCGGCAGGGUGAUGGGGUACAAGUAUAUCUGGUCGGCCAGCUUGCUGGCCAUGCGCUGGGCAAAG (((..(((..((((((((.(((..((((((.((...(((....)))..)).))))))))).))))(((.(((((......))))).)))((((((....)))))))))).)))))).... ( -57.10) >consensus GACUGCAGCAGCAUGCCCCGCUCGGCGCUCAGAUCCGGCAGCUGCCACUCGGAGUGCGGCAAUUGCAUGGGAUACAAAUACAUUUGAUCGGCCAGCUUGAUGGCCAAGCGCUGGGCAAAG ....(((......)))....((((((((...((((..((((.((((.(.......).)))).))))...((((........)))))))).((((......))))...))))))))..... (-26.54 = -26.52 + -0.02)
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