Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 9,124,249 – 9,124,408 |
Length | 159 |
Max. P | 0.618295 |
Location | 9,124,249 – 9,124,368 |
---|---|
Length | 119 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 80.61 |
Mean single sequence MFE | -42.83 |
Consensus MFE | -25.67 |
Energy contribution | -26.65 |
Covariance contribution | 0.98 |
Combinations/Pair | 1.39 |
Mean z-score | -1.66 |
Structure conservation index | 0.60 |
SVM decision value | 0.02 |
SVM RNA-class probability | 0.544282 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 9124249 119 + 22224390 G-GGGAUGUUGAAGACCGUCUCCAUGAUCUGCUUGCGAUGACGCAGAGGAGCCGGCAGCUGCUCCUUGGUGGCUAUCAACUGGUUGCAGAUGCUGAGCAGCGUCUGCAGGAUCGCCGACA (-(.((((((((.(.(((.((((....(((((..........))))))))).))))(((..((....))..))).)))))...(((((((((((....))))))))))).))).)).... ( -50.40) >DroVir_CAF1 73 119 + 1 G-GGUAUACUGAAGACAGUUUCCAUGAUUUGCUUGCGAUGCUUGAGCGGAGCUGGCAGUUGUUCUUUGGUGACAAUUAGCUGAUUACAAAUACUAAGCAGCGUUUGUAGUAUGGCCGACA (-(.(((((((.((((.(((.(((.((.(((((.((..(((....)))..)).)))))....))..))).))).....((((.(((.......))).)))))))).))))))).)).... ( -37.80) >DroGri_CAF1 73 119 + 1 G-GGUAUGCUAAAUACGGUUUCCAUGAUCUGUUUGCGAAGCUUGAGCGGCGUUGGCAGUUGCUCUUUGGUAACAAUAAGCUGAUUACAAAUGCUGAGCAGCGUUUGUAGUAUGGCCGACA (-(.(((((......((((((........(((..(((..((....))..)))..)))((((((....))))))...))))))..((((((((((....))))))))))))))).)).... ( -38.50) >DroMoj_CAF1 73 119 + 1 G-GGUAUGUUAAACACCGUUUCCAUGAUUUGUUUGCGAUGCUUUAGCGAUGCUGGCAGCUGCUCUUUGGUGACAAUAAGCUGGUUGCAAAUGCUGAGCAGUGUCUGGAGUAUGGCGGACA (-((.(((........))).)))......(((((((.(((((((((((.((((.(((((((((..(((....)))..))).))))))........)))).)).))))))))).))))))) ( -43.50) >DroAna_CAF1 73 119 + 1 G-GGUAUACUGAAGACAGUCUCCAUGAUCUGCUUGCGGUGGCGCAGCGGCGACGGCAGCUGCUCCUUGGUGGCGAUCAACUGGUUGCAGAUGCUCAGCAACGUCUGCAGGAUGGCCGACA (-(.(((.(((.((((........(((((.(((.((.(.((.(((((.((....)).))))).)).).))))))))))....(((((.(.....).))))))))).))).))).)).... ( -44.20) >DroPer_CAF1 75 120 + 1 GGGGUAUGCUGAAGACCGUCUCCAUGAUCUGCUUACGAUACUUGAGUGGUGCCGGUAGCUGCUCCUUGGUCACGAUCAGCUGAUUGCAGAUGCUAAGCAGCGUCUGAAGAAUGGCCGACA ((((((.((((..(((((.(((....(((.......)))....)))))))..)..))))))))))((((((((((((....)))))((((((((....)))))))).....))))))).. ( -42.60) >consensus G_GGUAUGCUGAAGACCGUCUCCAUGAUCUGCUUGCGAUGCUUGAGCGGAGCCGGCAGCUGCUCCUUGGUGACAAUCAGCUGAUUGCAAAUGCUGAGCAGCGUCUGCAGUAUGGCCGACA ..(((..(((((.....(((.(((.((.(((((.(((.(((....))).))).)))))....))..))).)))..)))))...(((((((((((....)))))))))))....))).... (-25.67 = -26.65 + 0.98)
Location | 9,124,288 – 9,124,408 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 81.56 |
Mean single sequence MFE | -46.82 |
Consensus MFE | -29.90 |
Energy contribution | -29.35 |
Covariance contribution | -0.55 |
Combinations/Pair | 1.34 |
Mean z-score | -1.75 |
Structure conservation index | 0.64 |
SVM decision value | 0.17 |
SVM RNA-class probability | 0.618295 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 9124288 120 + 22224390 ACGCAGAGGAGCCGGCAGCUGCUCCUUGGUGGCUAUCAACUGGUUGCAGAUGCUGAGCAGCGUCUGCAGGAUCGCCGACAUAAUUGUUUGGUCCUUGUGCACGGCCAGCUGUUGGAUGAG .(((.(((((((.(....).))))))).))).(((.((.(((((((((((((((....)))))))))(((((((..((((....))))))))))).......)))))).)).)))..... ( -50.30) >DroVir_CAF1 112 120 + 1 CUUGAGCGGAGCUGGCAGUUGUUCUUUGGUGACAAUUAGCUGAUUACAAAUACUAAGCAGCGUUUGUAGUAUGGCCGACAUAAUGGUCUGAUCCUUGUGACCGGCCAGUUGUAUCAUUAA ..(((..(.(((((((.((((....(((....)))...((((((((((((..((....))..)))))))).))))))))....(((((..........)))))))))))).).))).... ( -36.20) >DroPse_CAF1 112 120 + 1 CUUGAGUGGUGCCGGUAGCUGCUCCUUGGUCACGAUCAGCUGAUUGCAGAUGCUAAGCAGCGUCUGAAGGAUGGCCGACAUGAUGGUCUGGUCCUUGUGACCGGCCAGCUGCUGCAUGAG ......(.((((.((((((((..((..((((((((((....)))).((((((((....))))))))(((((((((((......)))))..)))))))))))))).)))))))))))).). ( -50.80) >DroMoj_CAF1 112 120 + 1 CUUUAGCGAUGCUGGCAGCUGCUCUUUGGUGACAAUAAGCUGGUUGCAAAUGCUGAGCAGUGUCUGGAGUAUGGCGGACAUAAUGGUUUGGUCCUUGUGGCCGGCCAGCUGUAUCAUUAG .......((((...(((((((....(((....)))...((((((..(((..((..(((.(((((((........)))))))....)))..))..)))..)))))))))))))..)))).. ( -48.50) >DroAna_CAF1 112 120 + 1 GCGCAGCGGCGACGGCAGCUGCUCCUUGGUGGCGAUCAACUGGUUGCAGAUGCUCAGCAACGUCUGCAGGAUGGCCGACAUGAUGGUCUGGUCCUUGUGCAUGGCCAGCUGCUGCAUGAG ..((((((((((((...((((..(.((....((((((....)))))).)).)..))))..))))((((.((.(((((((......))).)))).)).))))......))))))))..... ( -49.50) >DroPer_CAF1 115 120 + 1 CUUGAGUGGUGCCGGUAGCUGCUCCUUGGUCACGAUCAGCUGAUUGCAGAUGCUAAGCAGCGUCUGAAGAAUGGCCGACAUGAUGGUCUGGUCCUUGUGCCCGGCCAGCUGCUGCAUGAG ......(.((((.(((((((.....((((((((((((....)))))((((((((....)))))))).....)))))))......((((.(((......))).))))))))))))))).). ( -45.60) >consensus CUUGAGCGGUGCCGGCAGCUGCUCCUUGGUGACGAUCAGCUGAUUGCAGAUGCUAAGCAGCGUCUGAAGGAUGGCCGACAUAAUGGUCUGGUCCUUGUGCCCGGCCAGCUGCUGCAUGAG ............((((((((((...(..((........))..)..))(((((((....))))))).......(((((.(((((.((......)))))))..)))))))))))))...... (-29.90 = -29.35 + -0.55)
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