Locus 3407

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	9,122,454 – 9,122,650
Length	196
Max. P	0.844889

overview

Window 2

Location	9,122,454 – 9,122,574
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	77.17
Mean single sequence MFE	-52.10
Consensus MFE	-27.29
Energy contribution	-27.88
Covariance contribution	0.59
Combinations/Pair	1.39
Mean z-score	-2.07
Structure conservation index	0.52
SVM decision value	0.77
SVM RNA-class probability	0.844889
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 9122454 120 + 22224390
GCGGACUUCCCAGCUGCAGCUGUUGACCUAGACCGAUGGCCAUCGGUGUCAGCAAUUCGAUGUAGUUGUGCCAGUCCGCGCUGCUCGCCAGUUGCGUAUUCACAGUCAGCACGCUGGCAA
(((((((..(((((((((..(((((((....((((((....)))))))))))))......)))))))).)..))))))).......(((((((((.............))).)))))).. ( -51.32)
>DroVir_CAF1 4825 120 + 1
CUGGGCUGGUUAGCUGCAGCUGAUUGGCCAGGCCAAUGGCCAUCGGGGUCAAUAGCUCAAUGUAACUGUGCCAGUCCGUGCUGGCAGCCAGUUGGGUAUUAACCGUCAGCACGGUGGCAA
...(((..((((((....))))))..))).((((...))))....((((.....))))..........(((((..((((((((((...(....)(((....)))))))))))))))))). ( -52.80)
>DroPse_CAF1 3013 120 + 1
GUGGACUCCCCAGCUGCAGCUGGUGGCCCAGACCGAUGGCCAUGGGCGUCAGAAGCUCGAUGUAGCUGUGCCAGUCCGCACUGCUGGCUAGGUUGCUUGUCACGGUCAGCACAUUGGCGA
(((((((..((((((((.(((.((((((.........)))))).)))(((........)))))))))).)..)))))))..((((((((..(........)..))))))))......... ( -50.20)
>DroGri_CAF1 5725 120 + 1
ACGGGCUGCUCAGCUGCAGCUGAUUGGCCAUUCCAAUGGCCAUUGGGGUCAGCAACUCAAUGUAGCUGUGCCAAUCCGUGCUGGCAGCCAGUUGUGGAUUAAUCGUUAGCACGGUGGCAA
...(((((((((((....)))))..((((((....))))))((((((........)))))))))))).(((((..((((((((((..(((....))).......))))))))))))))). ( -52.60)
>DroAna_CAF1 3720 120 + 1
GGGGACUGCCCAGCUGGAGCUGCUGGCCCAGGCCAAUGGCCAUGGGCGUGAGCAGUUCGAUGUAGCUGUGCCAGUCCACACUGCACGCCAGUUGCGAGUUGACGCUCAACACUCCGGCGA
..(((((((.((((((((((((((.(((((((((...)))).)))))...))))))))....)))))).).))))))........(((((((...((((....))))...)))..)))). ( -56.50)
>DroPer_CAF1 4088 120 + 1
GAGGACUCCCCAGCUGCAGCUGGUGGCCCAGACCGAUGGCCAUGGGCGUCAGCAGCUCGAUGUAGCUGUGCCAGUCCGCACUGCUGGCUAGGUUGCUUGUCACGGUCAGCACAUUGGCGA
..(((((..(((((((((((((.(((((((..((...))...)))))..)).))))....)))))))).)..)))))((..((((((((..(........)..)))))))).....)).. ( -49.20)
>consensus
GCGGACUGCCCAGCUGCAGCUGAUGGCCCAGACCAAUGGCCAUGGGCGUCAGCAGCUCGAUGUAGCUGUGCCAGUCCGCACUGCUAGCCAGUUGGGUAUUCACGGUCAGCACGCUGGCAA
(((((((..(((((....)))))(((.(((......))))))..((((.((((.((.....)).))))))))))))))).......(((((......................))))).. (-27.29 = -27.88 +   0.59)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 3

Location	9,122,534 – 9,122,650
Length	116
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	81.66
Mean single sequence MFE	-34.44
Consensus MFE	-21.19
Energy contribution	-21.28
Covariance contribution	0.09
Combinations/Pair	1.30
Mean z-score	-1.72
Structure conservation index	0.62
SVM decision value	-0.00
SVM RNA-class probability	0.533033
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 9122534 116 + 22224390
CUGCUCGCCAGUUGCGUAUUCACAGUCAGCACGCUGGCAAUCUGCUCCAUUUCUAGAUUGGUCAGGAAGGCCUAA--AAAUUAAGGCAAUAGGCUAUUAUAGAGAAUUAUAGAGUAUU--
.((((((((((((((.............))).))))))...........((((((...(((((......((((..--......))))....)))))...))))))......)))))..-- ( -33.72)
>DroSec_CAF1 3774 116 + 1
CUGCUCGCCAGUUGCGUAUUCACAGUCAGCACGCUGGCAAUUUGCUCCAUUUCUAGAUUGGUCAGGAAGGCCUAC--AAAUUAAGGCAAUUGGCUAUUAUAGAGGAUUAUAGAGUAUU--
.((((((((((((((.............))).)))))).......(((...((((...(((((((....((((..--......))))..)))))))...))))))).....)))))..-- ( -37.02)
>DroSim_CAF1 3770 116 + 1
CUGCUCGCCAGUUGUGUAUUCACAGUCAGCACGCUGGCAAUUUGCUCCAUUUCUAGAUUGGUCAGGAAGGCCUAA--AAAUUAAGGCAAUUGGCUAUUAUAGAGGAUUAUAGAGUAUU--
.(((((((((((.((((...........)))))))))).......(((...((((...(((((((....((((..--......))))..)))))))...))))))).....)))))..-- ( -37.60)
>DroEre_CAF1 3893 111 + 1
CUGCUCGCCAGUUUGGUAUUCACAGUCAGCACGCUGGCAAUCUGCUCCAUUUCUAGGUUGGUCAGAAAGGCCUA---AAAUUGGGGCAAUAGGCU---GUAGAGGGUUAUAGAGU-UA--
...(((..(((((((.........(((((....)))))....(((((((.((.((((((.........))))))---.)).))))))).))))))---)..)))...........-..-- ( -34.50)
>DroYak_CAF1 3907 112 + 1
CUGCUCGCCAGUUGGGUAUUUACAGUCAGCACGCUGGCAAUCUGCUCCAUUUCUAGGUUGGUCAGAAAGGCCUG---AAAUGGGGGCAAUAGGCU---AUAGAGGGUUAUGGGGUAUU--
.((((((((.((((..........(((((....)))))......(((((((((.(((((.........))))))---)))))))).)))).)))(---((((....))))))))))..-- ( -35.70)
>DroPer_CAF1 4168 111 + 1
CUGCUGGCUAGGUUGCUUGUCACGGUCAGCACAUUGGCGAUCUGCUCCAUUUCGAGAUUGGUGAGAAAGGCCUAUUGAAAGAAAGGGAAA--AA------AGAAAGUCA-ACAGUAGUCC
(((((((((.(..((.......))..))))...(((((..(((..(((.((((..(((.(((.......))).)))....)))).)))..--..------)))..))))-)))))))... ( -28.10)
>consensus
CUGCUCGCCAGUUGGGUAUUCACAGUCAGCACGCUGGCAAUCUGCUCCAUUUCUAGAUUGGUCAGAAAGGCCUA___AAAUUAAGGCAAUAGGCU___AUAGAGGAUUAUAGAGUAUU__
.(((((((((((...((...........))..))))))...........((((((....((((......((((..........))))....))))....))))))......))))).... (-21.19 = -21.28 +   0.09)

alignment

secondary structure

dotplot

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