Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 9,119,939 – 9,120,034 |
Length | 95 |
Max. P | 0.883744 |
Location | 9,119,939 – 9,120,034 |
---|---|
Length | 95 |
Sequences | 6 |
Columns | 95 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 83.16 |
Mean single sequence MFE | -35.42 |
Consensus MFE | -28.29 |
Energy contribution | -28.68 |
Covariance contribution | 0.39 |
Combinations/Pair | 1.25 |
Mean z-score | -2.44 |
Structure conservation index | 0.80 |
SVM decision value | 0.93 |
SVM RNA-class probability | 0.883744 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 9119939 95 + 22224390 CAGGGCAGUCUGCUCCCAGUGUCUGAACUGAAACGGUGGUCAGAUACAAGGGUGCGAUUUGGGGCUGCCCCAGAUCAAAGCAGUCAGUAACAGGU ...(((.....((.(((.((((((((((((...))))..))))))))..))).))(((((((((...)))))))))......))).......... ( -36.10) >DroPse_CAF1 463 90 + 1 AAGGGCAGCCUGGUC-AAAUGUUUGUCCCAGAGUUAUGGCCAGA----AUGUGACCACCAGCGGCUGCCCAAGAGUAAACCAGUUAGCAACAGGU ..(((((((((((((-(....((((..(((......))).))))----...)))))).....))))))))........(((.((.....)).))) ( -32.80) >DroSec_CAF1 1206 95 + 1 CAGGGCAGUCUGCUCCCAGUGUCUGAACUGAAAUGGUGGUCAGAUACAAGGGUGCGAUUUGGGGCUGCCCCAGAUCAAAAUAGUCAGGAACAGGU (..(((.....((.(((.(((((((((((.....)))..))))))))..))).))(((((((((...)))))))))......)))..)....... ( -35.60) >DroSim_CAF1 1205 95 + 1 CAGGGCAGUCUGCUCCCAGUGUCUGAACUGAAAUGGUGGUCAGAUACAAGGGUGCGAUUUGGGGCUGCCCCAGAUCAAAACAGUCAGGAACAGGU (..(((.....((.(((.(((((((((((.....)))..))))))))..))).))(((((((((...)))))))))......)))..)....... ( -35.60) >DroEre_CAF1 1278 95 + 1 CGGGGCAGUCUGCUCCCAGUGUCUGAACUGAAGUGGUGGUCAGAUACAAGGGUGCGAUGUGAGGCUGCCCCAGAUCAAAGCAGUCAGGAACAGGU .((((((((((((.(((.(((((((((((.....)))..))))))))..))).))......))))))))))........................ ( -37.80) >DroYak_CAF1 1280 95 + 1 AAGGGCAGUCUGCUCCCAGUGUCUGAUCUGAAAUGGUGGUCAGGUACAGGGGUGCAACGUGUGGCUGCCCCAGAUCAAAGCAGUCAGGAACAGGU ..(((((((((((((((.((..((((((.........))))))..)).)))).)))......))))))))......................... ( -34.60) >consensus CAGGGCAGUCUGCUCCCAGUGUCUGAACUGAAAUGGUGGUCAGAUACAAGGGUGCGAUUUGGGGCUGCCCCAGAUCAAAGCAGUCAGGAACAGGU ..(((((((((((.(((.((((((((.((........))))))))))..))).)))......))))))))......................... (-28.29 = -28.68 + 0.39)
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