Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 9,101,855 – 9,101,969 |
Length | 114 |
Max. P | 0.561850 |
Location | 9,101,855 – 9,101,969 |
---|---|
Length | 114 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 81.07 |
Mean single sequence MFE | -53.55 |
Consensus MFE | -35.33 |
Energy contribution | -35.00 |
Covariance contribution | -0.33 |
Combinations/Pair | 1.35 |
Mean z-score | -1.45 |
Structure conservation index | 0.66 |
SVM decision value | 0.06 |
SVM RNA-class probability | 0.561850 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 9101855 114 - 22224390 CGAUUGGGCCUGGCUGGGCUCCAGCUGGGGCU------CCUCGCGUUCCUCCUGUUUAAGCUCGUCCGGCGUGGCUGGCAGCUUUAGUGAGCCGGCCUCAAUCCUAGCCAGCUUCAGCAG (((..((.((..(((((...)))))..)).))------..)))........(((((.(((((.((..((.(.(((((((.((....))..))))))).)...))..)).))))).))))) ( -48.70) >DroPse_CAF1 9021 120 - 1 CGACUGGGCCAAGCUGGGCUGCUCCUGUAGCUGCAGCUGACCUUCCUCCUGCUGCUUGAGCUCGUCGGGGGUGGCUGGCAGCUUGAGGGAGCUGGCCUCGACGCGGGCCAGCCUAAGCAG ............((((((((((((((..((((((((((.((((((..(..(((.....)))..)..)))))))))).))))))...)))))).(((((......)))))))))).))).. ( -58.40) >DroSec_CAF1 8880 114 - 1 CGAUUGGGCCUGGCUGGGCUCCAGCUGGGGCU------CCUUGCUUUCCUGCUGUUUAAGCUCGUCCGGUGUGGCUGGCAGCUUCAGUGAGCCGACUUCAAUCCUAGCCAGUUUCAGCAG .(.((((..((((((((((((..(((((((((------((..(((..((.(((.....)))......))...))).)).))))))))))))))(....).....)))))))..))))).. ( -43.80) >DroEre_CAF1 8589 114 - 1 CGAUUGGGCCUGGCUGGGCUCCAGCUGGGGCU------CCUCGCGUUCCUGCUGCUUGAGCUCGUCCGGCGUGGCUGGCAGCUUCAGGGAGCUGGCCUCAAUUCUGGCCAGCUUCAGCAG (((..((.((..(((((...)))))..)).))------..))).....((((((((((((((.(.(((((...))))))))).)))))(((((((((........))))))))))))))) ( -60.20) >DroYak_CAF1 8996 114 - 1 CGAUUGCGCCUGGCUGGGCUCCUGCUGGGGCU------CUUCGCGUUCCUGCUGCUUAAGCUCGUCCGGCGUGGCGGGCAGCUUCAGUGAGCCGGCCUCAAUCCUGGCCAGCUUCAGCAG .......((((....))))..(((((((((((------....(.(((((((..(((...(((((((......))))))))))..))).)))))((((........))))))))))))))) ( -51.80) >DroPer_CAF1 9860 120 - 1 CGACUGGGCCAAGCUGGGCUGCUCCUGUAGCUGCAGCUGACCUUCCUCCUGCUGCUUGAGCUCGUCGGGGGUGGCUGGCAGCUUGAGGGAGCUGGCCUCGACGCGGGCCAGCCUAAGCAG ............((((((((((((((..((((((((((.((((((..(..(((.....)))..)..)))))))))).))))))...)))))).(((((......)))))))))).))).. ( -58.40) >consensus CGAUUGGGCCUGGCUGGGCUCCAGCUGGGGCU______CCUCGCGUUCCUGCUGCUUAAGCUCGUCCGGCGUGGCUGGCAGCUUCAGGGAGCCGGCCUCAAUCCUGGCCAGCUUCAGCAG .(((((((((.((((.((((((....))))))...........((((...((((((..((((((.....)).))))))))))...)))))))))))).))))).......((....)).. (-35.33 = -35.00 + -0.33)
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