Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 9,072,988 – 9,073,145 |
Length | 157 |
Max. P | 0.860115 |
Location | 9,072,988 – 9,073,108 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 74.83 |
Mean single sequence MFE | -42.50 |
Consensus MFE | -21.83 |
Energy contribution | -21.03 |
Covariance contribution | -0.80 |
Combinations/Pair | 1.42 |
Mean z-score | -1.94 |
Structure conservation index | 0.51 |
SVM decision value | 0.82 |
SVM RNA-class probability | 0.860115 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 9072988 120 - 22224390 AUUUCGCGUUCCAAGCCGGUCAGCUGCUCCCUGAGCAGCUCCAAGUGCAGUACGAACUGCAGAUUGCGCAGAUACGUCAGCCACACGAGCGGCUCAUAGGUGCUCCAAAAGAGCAACAUA .....((((.....(((((((((((((((...)))))))).....((((((....))))))))))).))....)))).((((.(....).))))....(.(((((.....))))).)... ( -40.30) >DroVir_CAF1 4053 120 - 1 AGCUCGCAUUCCAAUUGCACCAGCUGUUGCCGCAACAGCUCCAGGUGCAGCAAAAAUUGCGUGUUGCGCAAAUGCACCAGAAACACAAACGGCUGAAAGGUGCUCCAAAAGAGCAGAAUA .((((((((.....(((((((((((((((...))))))))...)))))))......(((((.....)))))))))................(((....))).........))))...... ( -38.90) >DroPse_CAF1 499 120 - 1 AGCUCCCGUUCGAGCUGGGCCAGCUGCUGGCGGAGCAGCUCCAUGUGCAGCACAAACUGUACGUUCCGCAUGUACAUGAGGAAAACGAGCGGCUCGAAUGUGCUCCAGAAGAGUAUCAAG ......(((((((((((((..(((((((.....)))))))))((((((((......))))))))(((.(((....))).))).......)))))))))))(((((.....)))))..... ( -46.40) >DroYak_CAF1 478 120 - 1 AUUUCGCGUUCCAAAGCGUUCAGGUGCUCCCGAAGCAUCUCCAGGUGCAGCACAAACUGCAGAUUUCGCAGAUACGUCAGCCACACGAGCGGCUCGUAGGUGCUCCAAAAGAGCAACAUG ....(((........)))....(.(((((.....(((((....)))))(((((...((((.......)))).((((..((((.(....).)))))))).)))))......))))).)... ( -36.60) >DroAna_CAF1 2547 120 - 1 AGCUCCUGUUCCAGCUGGGCCAGCUGCUGACGGAGUAGCUCCAUGUGAAGGAUAAACUGGAUGUUUCGGAGGUAGGUCAGGACCACCAGGGGCUCGUAGGUGGUCCAGAAGAGCAGAAAC .....((((((...((((((((.((((.......(.((((((.(.(((((.((.......)).))))).)(((.(((....)))))).))))))))))).))))))))..)))))).... ( -46.41) >DroPer_CAF1 499 120 - 1 AGCUCCCGUUCGAGCUGGGCCAGCUGCUGGCGGAGCAGCUCCAUGUGCAGCACAAACUGUACGUUCCGCAUGUACAUGAGGAAAACGAGCGGCUCGAAUGUGCUCCAGAAGAGUAUCAAG ......(((((((((((((..(((((((.....)))))))))((((((((......))))))))(((.(((....))).))).......)))))))))))(((((.....)))))..... ( -46.40) >consensus AGCUCCCGUUCCAACUGGGCCAGCUGCUGCCGGAGCAGCUCCAUGUGCAGCACAAACUGCACGUUCCGCAGAUACAUCAGGAACACGAGCGGCUCGAAGGUGCUCCAAAAGAGCAACAAG ..........((.....(((((((((((.....)))))))....((((((......))))))............................))))....))(((((.....)))))..... (-21.83 = -21.03 + -0.80)
Location | 9,073,028 – 9,073,145 |
---|---|
Length | 117 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 74.12 |
Mean single sequence MFE | -43.83 |
Consensus MFE | -18.77 |
Energy contribution | -18.13 |
Covariance contribution | -0.63 |
Combinations/Pair | 1.44 |
Mean z-score | -1.84 |
Structure conservation index | 0.43 |
SVM decision value | -0.02 |
SVM RNA-class probability | 0.521062 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 9073028 117 - 22224390 UUCGCU---AGCAAAUCGCGAGUACUCCGCCAGCAGACCCAUUUCGCGUUCCAAGCCGGUCAGCUGCUCCCUGAGCAGCUCCAAGUGCAGUACGAACUGCAGAUUGCGCAGAUACGUCAG ...(((---.((....(....)......)).))).(((..((((((((.((......((..((((((((...))))))))))...((((((....)))))))).)))).))))..))).. ( -37.50) >DroVir_CAF1 4093 117 - 1 AACGCU---GGCAAAGCUCGAGUACUCAACGAGCAGCCCCAGCUCGCAUUCCAAUUGCACCAGCUGUUGCCGCAACAGCUCCAGGUGCAGCAAAAAUUGCGUGUUGCGCAAAUGCACCAG ...(((---((....(((((.........)))))....)))))..((((.....(((((((((((((((...))))))))...)))))))......(((((.....)))))))))..... ( -44.50) >DroPse_CAF1 539 117 - 1 UAGGCU---GGCAAAUCGCGAGUACUCUGCCAGUAGGGAAAGCUCCCGUUCGAGCUGGGCCAGCUGCUGGCGGAGCAGCUCCAUGUGCAGCACAAACUGUACGUUCCGCAUGUACAUGAG ..((((---(((.....)).....((((((((((((((..(((((......)))))...))..))))))))))))))))).((((((((((...(((.....)))..)).)))))))).. ( -50.20) >DroYak_CAF1 518 117 - 1 UUCGCU---GGCGAAUCGCGAGUACUCCGCCAGGAGUCCCAUUUCGCGUUCCAAAGCGUUCAGGUGCUCCCGAAGCAUCUCCAGGUGCAGCACAAACUGCAGAUUUCGCAGAUACGUCAG ....((---((((.((((((((.(((((....))))).....)))))........(((.(((((((((.....))))))).....(((((......)))))))...))).))).)))))) ( -41.60) >DroAna_CAF1 2587 120 - 1 UCCGCUGCAGGCGAAUCUCGAAUACUCGGCCAGGAGACGGAGCUCCUGUUCCAGCUGGGCCAGCUGCUGACGGAGUAGCUCCAUGUGAAGGAUAAACUGGAUGUUUCGGAGGUAGGUCAG .........(((..((((((((((..(((((.(....)((((((((((((.((((((...))))))..))))).).)))))).......)).....)))..)))))..)))))..))).. ( -39.00) >DroPer_CAF1 539 117 - 1 UAGGCU---GGCAAAUCGCGAGUACUCUGCCAGUAGGGAAAGCUCCCGUUCGAGCUGGGCCAGCUGCUGGCGGAGCAGCUCCAUGUGCAGCACAAACUGUACGUUCCGCAUGUACAUGAG ..((((---(((.....)).....((((((((((((((..(((((......)))))...))..))))))))))))))))).((((((((((...(((.....)))..)).)))))))).. ( -50.20) >consensus UACGCU___GGCAAAUCGCGAGUACUCCGCCAGCAGACCCAGCUCCCGUUCCAACUGGGCCAGCUGCUGCCGGAGCAGCUCCAUGUGCAGCACAAACUGCACGUUCCGCAGAUACAUCAG ...((.....)).....(((.........................................(((((((.....)))))))....((((((......))))))....)))........... (-18.77 = -18.13 + -0.63)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 10:58:17 2006