Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 8,885,468 – 8,885,576 |
Length | 108 |
Max. P | 0.776255 |
Location | 8,885,468 – 8,885,576 |
---|---|
Length | 108 |
Sequences | 5 |
Columns | 118 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 81.46 |
Mean single sequence MFE | -40.64 |
Consensus MFE | -18.84 |
Energy contribution | -19.88 |
Covariance contribution | 1.04 |
Combinations/Pair | 1.16 |
Mean z-score | -2.43 |
Structure conservation index | 0.46 |
SVM decision value | 0.54 |
SVM RNA-class probability | 0.776255 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 8885468 108 - 22224390 --GGUCUGGA-GC-------UGAGUUCCGGGGUUUUUGGGUCCGCUUACCUGUGCAUUACCCAUUAGAGCAUCGACUUCGGUUCCGGUUUCCGGUUCUAAAUGGAUCGGUAUAACCUC --.....(((-((-------((((...((..((((((((((..((........))...)))))..)))))..))..)))))))))((((.(((((((.....)))))))...)))).. ( -39.60) >DroSec_CAF1 212 107 - 1 --GGUCUGGA-GC-------UGAGUUCCGGGGUU-UUGGGUCCGCUUACCUGUGCAUUACCCAUUAGAGCAUCGACUUCGGAUCCGGUUUCCGGUUCUAAAUGGAUCGGUAUAACCUC --((((((((-(.-------(((((((..((((.-.((....(((......)))))..))))....)))).))).))))))))).((((.(((((((.....)))))))...)))).. ( -39.80) >DroEre_CAF1 212 106 - 1 --GAUCUGGA-GU-------UGAGUUCUG-GGUU-CUGGGUCCGCUUACCUGUGCAUUACCCAUUAGAGCAUCGACUUCGGAUCCGGUUUCCGGUUCUAAAUGGAUCGGUAUAACCUC --((((((((-((-------(((((((((-(...-.(((((..((........))...)))))))))))).))))))))))))).((((.(((((((.....)))))))...)))).. ( -46.60) >DroYak_CAF1 211 113 - 1 --GGUCUGGA-GCUGAGUUUUGAGUUCUG-GGUU-CUGGGUCCGCUUACCUGUGCAUUACCCAUUAGAGCAUCGACUUCCGAUCCGGUUUCCGGUUCUAAAUGGAUCGGUAUAACCUC --((((.(((-(.((((((((((....((-(((.-.((....(((......)))))..)))))))))))).))).)))).)))).((((.(((((((.....)))))))...)))).. ( -36.30) >DroAna_CAF1 239 106 - 1 CGGAUGCGGACAC-------UGAUGCUCG-GGUG-UUCGGGGGACUUACCUGAGCGUUACCCAUUAGAGCAUCC---UCUGCUGCGGCCUCUAGUUCUAGCUUGAUCGGCAGGACCUC .((.(((((.((.-------.((((((((-((((-((((((.......)))))))...))))....))))))).---..))))))).))....(((((.(((.....))))))))... ( -40.90) >consensus __GGUCUGGA_GC_______UGAGUUCCG_GGUU_UUGGGUCCGCUUACCUGUGCAUUACCCAUUAGAGCAUCGACUUCGGAUCCGGUUUCCGGUUCUAAAUGGAUCGGUAUAACCUC .....................................(((((((.......((((.(((.....))).))))......)))))))((((.(((((((.....)))))))...)))).. (-18.84 = -19.88 + 1.04)
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