Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 8,880,340 – 8,880,444 |
Length | 104 |
Max. P | 0.763141 |
Location | 8,880,340 – 8,880,444 |
---|---|
Length | 104 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 84.44 |
Mean single sequence MFE | -33.03 |
Consensus MFE | -22.52 |
Energy contribution | -24.06 |
Covariance contribution | 1.53 |
Combinations/Pair | 1.19 |
Mean z-score | -3.19 |
Structure conservation index | 0.68 |
SVM decision value | 0.51 |
SVM RNA-class probability | 0.763141 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 8880340 104 - 22224390 CUGAGUUUUCUUUGGCUUCUCGAAUCGGUCAUAG---UCUGAGUUGAAAAUCAAUUACCGUUAAUGUUGGCCCACAUAU----GUGCAUUUGUAC---------AAUGUGGGUUAGCAUU ...........(((..((.((((.((((......---.)))).))))))..)))........(((((((((((((((.(----((((....))))---------)))))))))))))))) ( -33.10) >DroSec_CAF1 10897 107 - 1 CUGAGUUUUCUUUGGCUUCUCGAAUCGGUCACAGCACUCUGAGUUGAAAAUCAAUUACCGUUAAUGCUGGCCCACAUAU----GUGCAUUUGUAC---------AAUGUGGGUUAGCAUU ..((((...((.(((((.........))))).)).))))..(((((.....)))))......(((((((((((((((.(----((((....))))---------)))))))))))))))) ( -37.40) >DroSim_CAF1 11014 107 - 1 CUGAGUUUUCUUUGGCUUCUCGAAUCGGUCACAGCACUCUGAGUUGAAAAUCAAUUACCGUUAAUGCUGGCCCACAUAU----GUGCAUUUGUAC---------AAUGUGGGUUAGCAUU ..((((...((.(((((.........))))).)).))))..(((((.....)))))......(((((((((((((((.(----((((....))))---------)))))))))))))))) ( -37.40) >DroEre_CAF1 9775 104 - 1 GUGAGUUUUCUUUGGCUUCUCGAAUCGGUCACAG---UCUGAGUUGAAAAUCAAUUACCGUUAAUGCUGGCCCACAUAU----GUGCAUUUGUCC---------AAUGUGGGUUAGCAUU ...........(((..((.((((.((((......---.)))).))))))..)))........(((((((((((((((.(----(..(....)..)---------)))))))))))))))) ( -31.70) >DroYak_CAF1 10761 117 - 1 GUGAGUUUUCUUUGGCUUCUCGAAUCGGUCACAG---UCUGAGUUGAAAAUCAAUUACCGUUAAUGCUGGCCCACAUAUGUAUGUGCAUUUGUACAAUUUUUACAAUGUGGGUUAGCAUU ...........(((..((.((((.((((......---.)))).))))))..)))........(((((((((((((((.(((((((((....))))).....))))))))))))))))))) ( -36.10) >DroAna_CAF1 14532 93 - 1 CUG-GUCUGCUUUGGUUCCCCGGCUCGGUCACAG---UCUGAGCCGAAAAUCAAUUACCGUUAAUGCUGCUCCACAUAC----CCAGAU----AC---------A------CCUAGCAUU ..(-((.....((((((...((((((((......---.))))))))..))))))..)))...(((((((..........----......----..---------.------..))))))) ( -22.50) >consensus CUGAGUUUUCUUUGGCUUCUCGAAUCGGUCACAG___UCUGAGUUGAAAAUCAAUUACCGUUAAUGCUGGCCCACAUAU____GUGCAUUUGUAC_________AAUGUGGGUUAGCAUU ..(((((......))))).((((.((((..........)))).))))...............(((((((((((((((......((((....))))..........))))))))))))))) (-22.52 = -24.06 + 1.53)
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