Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 8,867,524 – 8,867,642 |
Length | 118 |
Max. P | 0.953064 |
Location | 8,867,524 – 8,867,642 |
---|---|
Length | 118 |
Sequences | 6 |
Columns | 119 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 77.78 |
Mean single sequence MFE | -46.17 |
Consensus MFE | -31.42 |
Energy contribution | -33.98 |
Covariance contribution | 2.56 |
Combinations/Pair | 1.24 |
Mean z-score | -2.05 |
Structure conservation index | 0.68 |
SVM decision value | 1.43 |
SVM RNA-class probability | 0.953064 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 8867524 118 + 22224390 CGCUG-ACGAGUUGCCGCUCCAGGAGCGCCUAACGCUCUACCAGCAGCAGGUGGCCGAGCAGCUGCCGUACCAAGAUAGGCGCAUGUUCCUUCACCUCCACUUCCGCAAGCGUCGCGUC (((.(-(((..((((.(((...((((((.....))))))...))).(.((((((..(((((((.(((...........))))).)))))..)))))).)......)))).))))))).. ( -45.60) >DroVir_CAF1 3479 119 + 1 CGGCCACCGAGCUGCCGCUGCAGCAGCGUCUGCAGCUCUACCAGCAGCAGGUGGCCCAGCCGCUGCCCUACCUAGAUAGGCGCAUGUUUUGUCACCUGCAUUAUCGCAAGAAGCGCAUC ..((....((((((((((((...)))))...))))))).....((.(((((((((..(((...(((((((......)))).))).)))..)))))))))....((....)).))))... ( -50.00) >DroPse_CAF1 2834 118 + 1 UGUUG-AUGAGCUACCGCUGCAAGAGCGGCUGGAGCUCUACCAGCGUGAGGUGGCCGCUCAGCUGCCGUUCAUUGAUAGACGCAUGUUCUGCCACCUCCACUUUCGCAAGAAGCGAUUC .((((-..(((((.(((((((....))))).)))))))...))))((((((((((.(..((..(((.(((........))))))))..).))))))).)))..((((.....))))... ( -47.00) >DroGri_CAF1 2625 119 + 1 CGCCGACAGAGCUGCCGCUGCAACAGCGGUUACAGCUUUACCAGCAGCAGGUCGCUCAGCAGCAGCCGUACUUAGAUAAGCGCAUGUUUUGUCACCUGCAUUAUCGCAAGAAGCGUUUC ....((((((((((((((((...))))))...)))))))....((.((((((.((..((((((.((.............)))).))))..)).))))))....((....)).))))).. ( -40.22) >DroMoj_CAF1 2538 119 + 1 CGCCCCCAGAGGUGGCGCUGCAACAGCGGCUGAACCUCUACCAGCAGCAGGCGGCUGAGCAGCUGCCCUAUAUAGAUAGGCGCAUGUUUUGUCACCUCUAUUAUCGCAAGAAGCGCAUC (((....((((((((((((((..((((.(((....(((.....).))..))).)))).)))))((((((((....))))).)))......)))))))))....((....)).))).... ( -47.70) >DroPer_CAF1 2992 118 + 1 UGUUG-AUGAGCUACCGCUGCAAGAGCGGCUGGAGCUCUACCAGCGUGAGGUGGCCGCUCAGCUGCCGUUCAUUGAUAGACGCAUGUUCUGCCACCUCCACUUUCGCAAGAAGCGGUUC .....-..(((((.(((((((....))))).))))))).(((.((((((((((((.(..((..(((.(((........))))))))..).))))))).))).(((....)))))))).. ( -46.50) >consensus CGCCG_AAGAGCUGCCGCUGCAACAGCGGCUGAAGCUCUACCAGCAGCAGGUGGCCGAGCAGCUGCCGUACAUAGAUAGGCGCAUGUUCUGUCACCUCCACUAUCGCAAGAAGCGCUUC ........(((((...(((((....)))))...))))).....((.(((((((((.(((((((.(((...........))))).))))).)))))))))....((....)).))..... (-31.42 = -33.98 + 2.56)
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