Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 8,865,085 – 8,865,205 |
Length | 120 |
Max. P | 0.836787 |
Location | 8,865,085 – 8,865,205 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 80.17 |
Mean single sequence MFE | -57.00 |
Consensus MFE | -39.00 |
Energy contribution | -40.45 |
Covariance contribution | 1.45 |
Combinations/Pair | 1.35 |
Mean z-score | -1.84 |
Structure conservation index | 0.68 |
SVM decision value | 0.74 |
SVM RNA-class probability | 0.836787 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 8865085 120 + 22224390 GCAAGGCGCCCAAUCUGCGGGUGCUGGCUUGCGGUGGCGACGGCACCGUCGGCUGGGUCCUUUCCGUCCUGGAUCAAAUCCAACCGCCGCUCCAGCCAGCUCCGGCGGUUGGUGUCCUGC (((.((((((....((((.((.(((((((.((((((((((((....)))))..(((((....(((.....)))....))))).)))))))...))))))).)).))))..)))))).))) ( -66.60) >DroVir_CAF1 769 120 + 1 GCAAGGCUCCGAAUUUACGCGUGUUGGCCUGCGGCGGAGAUGGCACCGUCGGUUGGGUGCUAUCCGUACUGGAUCAGAUCCAUCCACCGCUGAUGCCGGUGCCGGCGGUGGGCGUCUUGC (((((((.((.(.....((((..(((((..((((.((((((((((((........))))))))).....(((((...)))))))).))))....)))))..)..))).).)).))))))) ( -55.80) >DroGri_CAF1 874 120 + 1 GCAAGGCUCCAAAUCUGCGGGUGCUAGCCUGCGGCGGUGAUGGAACGGUUGGUUGGGUACUAUCCGUCCUGGAUCAGAUUCAUCCGCCAUUGCAGCCGGUGCCAGCAGUUGGCGUGUUGC ((((.((.((((..((((.((..(..((.(((((((((((.(((.(((.((((.....)))).))))))..........))).)))))...)))))..)..)).)))))))).)).)))) ( -52.90) >DroWil_CAF1 463 120 + 1 GCAAGGCUCCAAAUUUACGUGUCCUGGCUUGUGGCGGAGAUGGCACUGUGGGUUGGGUCUUAUCAGUCCUGGAUCAGAUACAUCCACCGCUCCAACCAGUGCCAGCUGUGGGCGUGUUGC ((((.((((((.......(.(..((((.(((..((((.((((...(((....(..((.((....)).))..)..)))...))))..))))..)))))))..)).....)))).)).)))) ( -41.20) >DroMoj_CAF1 769 120 + 1 GCAAGGCUCCGAAUCUGCGGGUAUUGGCCUGCGGCGGCGAUGGAACUGUUGGAUGGGUGCUAUCCGUGCUGGAUCAAAUCCAUCCGCCGCUGCAGCCGGCGCCGGCGGUGGGCGUGCUGC (((..((.(((...((((.((..(((((.((((((((((((......)))((((((((...((((.....))))...))))))))))))))))))))))..)).))))))))).)))... ( -63.00) >DroAna_CAF1 450 120 + 1 GCAAGGCUCCCAACCUCAGGGUGCUGGCCUGCGGCGGCGACGGCACCGUCGGCUGGGUCCUGUCCGUCCUGGACACGAUCCAUCCGCCCCUGCAGCCGGUUCCGGCCGUCGGAGUGCUGC (((..(((((..((....(((.((((((.(((((.(((((((....))))((.((((((.(((((.....))))).)))))).))))).))))))))))))))....)).)))))..))) ( -62.50) >consensus GCAAGGCUCCAAAUCUGCGGGUGCUGGCCUGCGGCGGCGAUGGCACCGUCGGUUGGGUCCUAUCCGUCCUGGAUCAGAUCCAUCCGCCGCUGCAGCCGGUGCCGGCGGUGGGCGUGCUGC (((..((.((....((.(.((((((((.((((((((((((((....))))((.(((((...((((.....))))...))))).)))))))))))))))))))).).))..)).))..))) (-39.00 = -40.45 + 1.45)
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