Locus 3304

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	8,818,993 – 8,819,153
Length	160
Max. P	0.741626

overview

Window 4

Location	8,818,993 – 8,819,113
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	82.44
Mean single sequence MFE	-46.26
Consensus MFE	-26.16
Energy contribution	-26.13
Covariance contribution	-0.02
Combinations/Pair	1.37
Mean z-score	-2.26
Structure conservation index	0.57
SVM decision value	-0.01
SVM RNA-class probability	0.529337
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 8818993 120 - 22224390
CAGACGAAUCUCAUGGGCAGCAUUUACUGCACCAAAUUGGCCGCCAGCAGCAUGAGACGCCGCCAGGUGGCUGGACAUCUGAUCUUUGUGAAUAGCACGGCCGGAGUGGCCGGUUAUAAG
...(((((..((((((((((......)))).)))..(..((((((.((.((.......)).))..))))))..).....)))..)))))..(((((.(((((.....))))))))))... ( -44.40)
>DroVir_CAF1 91057 120 - 1
CAGACCAAUCUGAUGGGCAGCAUCUACUGCACCAAACUGGCGGCCAACAGCAUGCGCCGCCGCCAGAUAGCCGGCCAUCUGUUCUUCAUCAACAGCACCGCCGGCCUGGCUGGCUAUAAU
((((....)))).(((((((......)))).)))....((((((((......)).))))))(((((...((((((...(((((.......)))))....))))))....)))))...... ( -50.40)
>DroPse_CAF1 61840 120 - 1
CAAACGAAUCUCAUGGGCAGCAUCUACUGCACGAAACUGGCCGCUGGCAGCAUGCGGCGUCGCCAGGUCCCAGGACAUUUGUUCUUUGUGAACAGCACCGCCGGUUUGGCCGGCUACAAG
..(((((((.((.(((((.(((.....)))......((((((((((........)))))..)))))).)))).)).)))))))....(((.....))).(((((.....)))))...... ( -41.10)
>DroGri_CAF1 64132 120 - 1
CAAACCAACCUAAUGGGCAGCAUCUACUGCACCAAACUGGCGGCAAACAGUAUGCGCCGCCGCCAGAUGGCCGGGCAUUUGUUUUUCAUCAACAGCACCGCUGGCCUUGCCGGUUAUAAU
..((((.......(((((((......)))).)))..((((((((..............))))))))..(((.((((..(((........)))((((...)))))))).)))))))..... ( -44.94)
>DroMoj_CAF1 95437 120 - 1
CAGACCAACCUAAUGGGCAGCAUCUACUGCACCAAGCUGGCCGCCAGCAGCAUGCGUCGCCGCCAAAUGGCUGGCCAUCUGUUCUUCAUCAACAGCACCGCCGGCCUGGCUGGCUACAAU
..(((((......(((((((......)))).))).(((((...)))))....)).)))(((((((...(((((((...(((((.......)))))....))))))))))).)))...... ( -47.60)
>DroAna_CAF1 48309 120 - 1
CAGACGAAUCUCAUGGGCAGCAUCUACUGCACCAAGCUGGCGGCGAGCAGCAUGCGCCGGCGGCAGGUGCCCGGACACCUAUUCUUCGUGAACAGCACGGCCGGGGUGGCCGGCUACAAG
...(((((.....(((((((......)))).))).((((.(((((.........))))).))))(((((......)))))....)))))....(((.(((((.....))))))))..... ( -49.10)
>consensus
CAGACCAAUCUCAUGGGCAGCAUCUACUGCACCAAACUGGCCGCCAGCAGCAUGCGCCGCCGCCAGAUGGCCGGACAUCUGUUCUUCAUCAACAGCACCGCCGGCCUGGCCGGCUACAAG
.............(((((((......)))).)))((((((((((.....))..................(((((....(((((.......))))).....)))))..))))))))..... (-26.16 = -26.13 +  -0.02)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 5

Location	8,819,033 – 8,819,153
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	79.50
Mean single sequence MFE	-50.55
Consensus MFE	-27.83
Energy contribution	-28.45
Covariance contribution	0.62
Combinations/Pair	1.50
Mean z-score	-2.06
Structure conservation index	0.55
SVM decision value	0.45
SVM RNA-class probability	0.741626
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 8819033 120 + 22224390
AGAUGUCCAGCCACCUGGCGGCGUCUCAUGCUGCUGGCGGCCAAUUUGGUGCAGUAAAUGCUGCCCAUGAGAUUCGUCUGUAGUAUGUUGUUGAUGUCCUUGGUGGGCAUAUCGAUUAGC
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>DroVir_CAF1 91097 120 + 1
AGAUGGCCGGCUAUCUGGCGGCGGCGCAUGCUGUUGGCCGCCAGUUUGGUGCAGUAGAUGCUGCCCAUCAGAUUGGUCUGGAGCACAUCGCUGAUAUCCUUGAUAGGCAUGUCCAGCAAA
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>DroPse_CAF1 61880 120 + 1
AAAUGUCCUGGGACCUGGCGACGCCGCAUGCUGCCAGCGGCCAGUUUCGUGCAGUAGAUGCUGCCCAUGAGAUUCGUUUGCAGGACAUUGCCGAUCUCCUGGGUGGGCAUAUCGAUCAGC
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>DroGri_CAF1 64172 120 + 1
AAAUGCCCGGCCAUCUGGCGGCGGCGCAUACUGUUUGCCGCCAGUUUGGUGCAGUAGAUGCUGCCCAUUAGGUUGGUUUGCAGCACAUCGCUGAUGUCCUUGACAGGCAUGUCCAGUAAG
..((((((((((..((((((((((.((.....))))))))))))..(((.(((((....))))))))...))))).....((((.....)))).((((...))))))))).......... ( -47.60)
>DroMoj_CAF1 95477 120 + 1
AGAUGGCCAGCCAUUUGGCGGCGACGCAUGCUGCUGGCGGCCAGCUUGGUGCAGUAGAUGCUGCCCAUUAGGUUGGUCUGGAGCACAUCGGUGAUGUCCUUGGUGGGCAUGUCCAGCAGA
.((((((((((......(((....))).....))))))(((((((((((.(((((....))))))))...)))))))).......))))((..((((((.....))))))..))...... ( -55.30)
>DroAna_CAF1 48349 120 + 1
AGGUGUCCGGGCACCUGCCGCCGGCGCAUGCUGCUCGCCGCCAGCUUGGUGCAGUAGAUGCUGCCCAUGAGAUUCGUCUGCAGGGUGCUGGCGAUGUCUUUUGUGGGCAUGUCGAUCAGC
((((((....)))))).....((((((((.((((((((((......))))).)))))))))(((((((((((((((((.((.....)).))))).)))))..))))))).))))...... ( -53.80)
>consensus
AGAUGUCCGGCCACCUGGCGGCGGCGCAUGCUGCUGGCCGCCAGUUUGGUGCAGUAGAUGCUGCCCAUGAGAUUCGUCUGCAGCACAUCGCUGAUGUCCUUGGUGGGCAUGUCCAGCAGC
..((((((((((....)))(((((......((((.(((((......(((.(((((....))))))))......))))).))))....)))))...........))))))).......... (-27.83 = -28.45 +   0.62)

alignment

secondary structure

dotplot

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