Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 8,742,142 – 8,742,250 |
Length | 108 |
Max. P | 0.517718 |
Location | 8,742,142 – 8,742,250 |
---|---|
Length | 108 |
Sequences | 5 |
Columns | 112 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 83.58 |
Mean single sequence MFE | -31.12 |
Consensus MFE | -21.02 |
Energy contribution | -23.10 |
Covariance contribution | 2.08 |
Combinations/Pair | 1.24 |
Mean z-score | -1.63 |
Structure conservation index | 0.68 |
SVM decision value | -0.03 |
SVM RNA-class probability | 0.517718 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 8742142 108 + 22224390 ACGGGCCAUCAAACUGCUUCGAUAGCGAUGAGCUUUGGAUCCCCAGUUAGUCAUGAUAUCAGAGUAGUGAUGGGUCCACAAAACGUGACUA--CGCACCGAGGUUAUA--UA ..(((((.....((((((..((((...((((.((((((....))))..))))))..))))..))))))....))))).......((((((.--((...)).)))))).--.. ( -32.00) >DroSec_CAF1 22167 101 + 1 ACGGGCCAUCAAACUGCUUCGAUAGCGAUGAGCUGUGGAUC-CCAGUUAGUCAUGAUC----------CAUGGGUCCACAAAACGUGACUACACGCACAUCAGUUAUAUAUA .((((.((......)).))))(((((((((.((((((((.(-(((((((....)))).----------..))))))))))....(((....))))).)))).)))))..... ( -28.50) >DroSim_CAF1 22916 110 + 1 ACGGGCCAUCAAACUGCUUCGAUAGCGAUGAGCUGUGGAUCCCCAGUUAGUCAUGAUAUCAGAGUAGUGAUGGGUCCACAAAACGUGACUGCACGCACACAAGUUAUA--UA ..(((((.....((((((..((((..(((.(((((.((...))))))).)))....))))..))))))....)))))......((((....)))).............--.. ( -33.50) >DroEre_CAF1 22466 108 + 1 ACGGGCCAUCAAACUACUUCGAUAGCGAUGAGCUUUGGAUUUCGAGUUAGUCAUGAUAUCAGGGUAGUGAUGAGUUCAUAAAAGGUGACUA--CGCACAGAAGUUACC--UG ..((((((((..((((((..((((..(((.(((((........))))).)))....))))..)))))))))).)))).....((((((((.--(.....).)))))))--). ( -34.10) >DroYak_CAF1 23218 108 + 1 ACGGGCCGUCAAACUGCUUCGAUAGCGAUGAGCUUUGGAUCCCCAGUUAGUCAUGAUAUCAGAGUAGAGAUGGGUCCAUAAAAGAUGACUA--UGCACAGAAUUUACU--GG ..((((((((...(((((..((((...((((.((((((....))))..))))))..))))..))))).))).)))))..............--....(((......))--). ( -27.50) >consensus ACGGGCCAUCAAACUGCUUCGAUAGCGAUGAGCUUUGGAUCCCCAGUUAGUCAUGAUAUCAGAGUAGUGAUGGGUCCACAAAACGUGACUA__CGCACAGAAGUUAUA__UA ..((((((((..((((((..((((..(((.(((((.(....).))))).)))....))))..)))))))))).)))).......((((((...........))))))..... (-21.02 = -23.10 + 2.08)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 10:55:39 2006