Locus 3254

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	8,620,334 – 8,620,434
Length	100
Max. P	0.999925

overview

Window 8

Location	8,620,334 – 8,620,434
Length	100
Sequences	5
Columns	101
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	97.62
Mean single sequence MFE	-34.54
Consensus MFE	-33.54
Energy contribution	-33.78
Covariance contribution	0.24
Combinations/Pair	1.03
Mean z-score	-4.04
Structure conservation index	0.97
SVM decision value	4.59
SVM RNA-class probability	0.999925
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 8620334 100 + 22224390
UUGUUGUUGUGCCAAAUGUGGCCUGUCCACCGCUGUUUGUUGCUUUUGUUAUUUCAAGCAUUUUGUGGCAGUGCCACAAGCGACAAUCUACAACAACAAC-
(((((((((((.....(((((((((.((((...((((((..((....)).....))))))....))))))).))))))...(.....)))))))))))).- ( -35.40)
>DroSec_CAF1 58025 101 + 1
UUGUUGUUGUGCCAAAUGUGGCCUGUCCACCGCUGUUUGUUGCGUUUGUUAUUUCAAGCAUUUUGUGGCAGUGCCACAAGCGACAAUCUACAACAACAACA
(((((((((((......((((........))))...((((((((((((......)))))...(((((((...))))))))))))))..))))))))))).. ( -37.90)
>DroSim_CAF1 28212 100 + 1
UUGUU-UUGUGCCAAAAGUGGCCUGUCCACCGCUGUUUGUUGCUUUUGUUAUUUCAAGCAUUUUGUGGCAGUGCCACAAGCGACAAUCUACAACAACAACA
((((.-((((((.....((((((((.((((...((((((..((....)).....))))))....))))))).)))))..)).))))...))))........ ( -28.30)
>DroEre_CAF1 70736 101 + 1
UUGUUGUUGUGCCAAAUGUGGCCUGUCCACCGCUGUUUGUUGCUUUUGUUAUUUCAAGCAUUUUGUGGCAGUGCCACAAGCGACAAUCUACAACAACAACA
(((((((((((.....(((((((((.((((...((((((..((....)).....))))))....))))))).))))))...(.....)))))))))))).. ( -35.40)
>DroYak_CAF1 59236 101 + 1
UUGUUGUUGUGCCAAAUGUGGCCUGUCCGCUGCUGUUUGUUGCUUUUGUUAUUUCAAGCAUUUUGUGGCAGUGCCACAAGCGACAAUCUACAACAACAACA
(((((((((((.....(((((((((.((((...((((((..((....)).....))))))....))))))).))))))...(.....)))))))))))).. ( -35.70)
>consensus
UUGUUGUUGUGCCAAAUGUGGCCUGUCCACCGCUGUUUGUUGCUUUUGUUAUUUCAAGCAUUUUGUGGCAGUGCCACAAGCGACAAUCUACAACAACAACA
(((((((((((.....(((((((((.((((...((((((..((....)).....))))))....))))))).))))))...(.....)))))))))))).. (-33.54 = -33.78 +   0.24)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 9

Location	8,620,334 – 8,620,434
Length	100
Sequences	5
Columns	101
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	97.62
Mean single sequence MFE	-35.60
Consensus MFE	-33.12
Energy contribution	-33.72
Covariance contribution	0.60
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-4.50
Structure conservation index	0.93
SVM decision value	3.79
SVM RNA-class probability	0.999618
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 8620334 100 - 22224390
-GUUGUUGUUGUAGAUUGUCGCUUGUGGCACUGCCACAAAAUGCUUGAAAUAACAAAAGCAACAAACAGCGGUGGACAGGCCACAUUUGGCACAACAACAA
-.((((((((((.....((((..((((((.(((((((....(((((..........))))).(.......))))).)))))))))..)))))))))))))) ( -37.30)
>DroSec_CAF1 58025 101 - 1
UGUUGUUGUUGUAGAUUGUCGCUUGUGGCACUGCCACAAAAUGCUUGAAAUAACAAACGCAACAAACAGCGGUGGACAGGCCACAUUUGGCACAACAACAA
..((((((((((.....((((..((((((.(((((((.......(((......))).(((........))))))).)))))))))..)))))))))))))) ( -38.50)
>DroSim_CAF1 28212 100 - 1
UGUUGUUGUUGUAGAUUGUCGCUUGUGGCACUGCCACAAAAUGCUUGAAAUAACAAAAGCAACAAACAGCGGUGGACAGGCCACUUUUGGCACAA-AACAA
..(((((.((((.(.(..(((((((((((...)))))))..(((((..........))))).......))))..).)..((((....))))))))-))))) ( -29.20)
>DroEre_CAF1 70736 101 - 1
UGUUGUUGUUGUAGAUUGUCGCUUGUGGCACUGCCACAAAAUGCUUGAAAUAACAAAAGCAACAAACAGCGGUGGACAGGCCACAUUUGGCACAACAACAA
..((((((((((.....((((..((((((.(((((((....(((((..........))))).(.......))))).)))))))))..)))))))))))))) ( -37.30)
>DroYak_CAF1 59236 101 - 1
UGUUGUUGUUGUAGAUUGUCGCUUGUGGCACUGCCACAAAAUGCUUGAAAUAACAAAAGCAACAAACAGCAGCGGACAGGCCACAUUUGGCACAACAACAA
..((((((((((...((((((((((((((...)))))))..(((((..........)))))..........)).)))))((((....)))))))))))))) ( -35.70)
>consensus
UGUUGUUGUUGUAGAUUGUCGCUUGUGGCACUGCCACAAAAUGCUUGAAAUAACAAAAGCAACAAACAGCGGUGGACAGGCCACAUUUGGCACAACAACAA
..((((((((((.....((((..((((((.(((((((.......(((......)))..((........)).)))).)))))))))..)))))))))))))) (-33.12 = -33.72 +   0.60)

alignment

secondary structure

dotplot

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