Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 8,554,487 – 8,554,602 |
Length | 115 |
Max. P | 0.983257 |
Location | 8,554,487 – 8,554,602 |
---|---|
Length | 115 |
Sequences | 5 |
Columns | 117 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 94.30 |
Mean single sequence MFE | -38.62 |
Consensus MFE | -31.78 |
Energy contribution | -31.66 |
Covariance contribution | -0.12 |
Combinations/Pair | 1.06 |
Mean z-score | -2.27 |
Structure conservation index | 0.82 |
SVM decision value | 1.94 |
SVM RNA-class probability | 0.983257 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 8554487 115 + 22224390 UAUAUUUUCCAUUUUAUCACUCACC--CCACAACUUCCGUAUGUGGGCCACUCUCCAGGGGGUGGGGUUUGCUUCAAAGAGUGGGAGAUAUGCUGAUUUCACAGCACUACACAGGCA .((((((((((((((.........(--(((((((....)).))))))(((((((....)))))))............))))))))))))))((((......))))............ ( -38.50) >DroSec_CAF1 15245 115 + 1 UAUAUUUUCCAUUUUAUCACUCACC--CCACAACUUCCGUAUGUGGGCCACUCUCCAGGGGGUGGGGUUUGCGUCGAAGAGUGGGAGAUAUGCUGAUUUCAGAGCCCUACACAGGCA (((((((((((((((.((((.((.(--(((((((....)).))))))(((((((....)))))))....)).)).)))))))))))))))))(((....))).(((.......))). ( -41.60) >DroSim_CAF1 22458 115 + 1 UAUAUUUUCCAUUAUAUCACUCACC--CCACAACUUCCGUAUGUGGGCCACUCUCCAGGGGGUGGGGUUUGCGUCAAAGAGUGGGAGAUAUGCUGAUUUCAGAGCCCUACACAGCCA (((((((((((((.....((.((.(--(((((((....)).))))))(((((((....)))))))....)).)).....)))))))))))))(((....)))............... ( -35.40) >DroEre_CAF1 15991 116 + 1 UAUAUUUUUCAUUUUAUCACUCACCCCCCACAACUUCCGUAUGUGGGCCACUCUCCAGGGGGUGGGGUAUACGUCAAAGAGUGGGAGAUAUGCUGAUUUC-GAGCCCUACACAGGCA (((((((..((((((.(.((..((((((((((((....)).)))))).((((((....))))))))))....)).).))))))..)))))))........-..(((.......))). ( -36.20) >DroYak_CAF1 17164 115 + 1 UGUAUUUUCCAUUUUAUCACUCACC--CCACAACUUCCGUAUGUGGGCCACUCUCCAGGGGGUGGGGUUGAUGUCAAAGAGUGGGAGAUAUGCUGAUUUCAGAGCCCUACACUGGCA .((((((((((((((((((..(..(--(((((((....)).))))))(((((((....))))))))..))))).....))))))))))))).(((....))).(((.......))). ( -41.40) >consensus UAUAUUUUCCAUUUUAUCACUCACC__CCACAACUUCCGUAUGUGGGCCACUCUCCAGGGGGUGGGGUUUGCGUCAAAGAGUGGGAGAUAUGCUGAUUUCAGAGCCCUACACAGGCA .((((((((((((((............(((((((....)).))))).(((((((....)))))))............))))))))))))))(((........)))............ (-31.78 = -31.66 + -0.12)
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