Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 8,440,163 – 8,440,323 |
Length | 160 |
Max. P | 0.579348 |
Location | 8,440,163 – 8,440,283 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 81.22 |
Mean single sequence MFE | -42.96 |
Consensus MFE | -29.25 |
Energy contribution | -27.28 |
Covariance contribution | -1.96 |
Combinations/Pair | 1.57 |
Mean z-score | -1.42 |
Structure conservation index | 0.68 |
SVM decision value | 0.09 |
SVM RNA-class probability | 0.579348 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 8440163 120 - 22224390 GUGAGCAGUAUGCGAUCGUUGGACUCGCUGGACAGCUGCAGGUGAAUGCUGGGCGCCGGAAACGGUACUUCGUCCAGCAGCUGGGUGAUGUAGCGCUCCACGGGAAUGGGUAUAUUAACG ((((((.((..((((((....)).))))...)).((((((......((((((((((((....))).....))))))))).........))))))))).)))(..((((....))))..). ( -45.76) >DroVir_CAF1 1210 120 - 1 GUGAGCAGAAUACGAUCAUUCGACUCGCUGGACAGCUGUAGAUGUAUGCUAGGCGCCGGGAACGGAACCUCGUCCAGCAGCUGGAUAAUGUAACGCUCCACGGGUAUUGGUAUAUUGACG (((((..((((......))))..))))).........((....(((((((((((.((((((.((..((.(..(((((...)))))..).))..)).))).))))).)))))))))..)). ( -37.80) >DroGri_CAF1 58567 120 - 1 GUGAGCAAAAUGCGAUCAUUUGAUUCGCUGGACAGCUGCAAAUGGAUGCUGGGUGCCGGGAACGGCACCUCGUCCAGCAGCUGUAUAAUAUACCGUUCUACGGGUAUCGGAAUAUUGCCG (((((..(((((....)))))..))))).((((((((((...((((((..((((((((....)))))))))))))))))))))).((((((.(((.((....))...))).)))))))). ( -55.40) >DroWil_CAF1 1226 120 - 1 GUUAACAAUAUUCGAUCCUUUGGUUCGCUCGAUAGCUGUAGAUGAAUGCUGGGUGCCGGAAAUGGCACCUCAUCCAACAGUUGGGUUAUAUAACGUUCAACCGGAAUGGGUAUAUUUACG .......(((((((.(((...((((.((....(((((((.(((((......(((((((....))))))))))))..))))))).(((....)))))..))))))).)))))))....... ( -32.90) >DroMoj_CAF1 90854 120 - 1 GUGAGCAGAAUUCGAUCGUUCGACUCACUCGACAGCUGCAGGUGUAUGCUGGGCGCUGGGAAGGGCACCUCGUCCAGCAGCUGGAUAAUGUAACGCUCCACGGGUAUCGGUAUAUUGACG (((((..((((......))))..)))))....(((((((....)))(((((((((..((........)).)))))))))))))..(((((((.((..((...))...)).)))))))... ( -39.10) >DroAna_CAF1 1491 118 - 1 GUGAGCAGGAUGCGGUCGUUCGACUCGCUGGACAGCUGCAGGUGAAUGCUCGGAGCCGGAAACGGCACUUCGUCCAGUAGCUGCGUAAUGUAGCGCUCCACGGGAAUGGGGAUAUUCC-- ..(((((...((((((.(((((......))))).))))))......)))))(((((((....)))).((((((((.((.(..((((......))))..))).)).))))))....)))-- ( -46.80) >consensus GUGAGCAGAAUGCGAUCGUUCGACUCGCUGGACAGCUGCAGAUGAAUGCUGGGCGCCGGAAACGGCACCUCGUCCAGCAGCUGGAUAAUGUAACGCUCCACGGGAAUGGGUAUAUUGACG ((((((......(((((....)).))).....(((((((...((.(((..(((.((((....)))).)))))).)))))))))...........))).)))................... (-29.25 = -27.28 + -1.96)
Location | 8,440,203 – 8,440,323 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 81.72 |
Mean single sequence MFE | -50.77 |
Consensus MFE | -35.40 |
Energy contribution | -35.18 |
Covariance contribution | -0.22 |
Combinations/Pair | 1.41 |
Mean z-score | -1.36 |
Structure conservation index | 0.70 |
SVM decision value | 0.02 |
SVM RNA-class probability | 0.541268 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 8440203 120 - 22224390 ACCGGCGCCACUUCGCGGCAGCGGGGAAUCUUCCGGCUGUGUGAGCAGUAUGCGAUCGUUGGACUCGCUGGACAGCUGCAGGUGAAUGCUGGGCGCCGGAAACGGUACUUCGUCCAGCAG .....((((...(((((.((((.((((...)))).)))))))))(((((..((((((....)).))))......))))).))))..((((((((((((....))).....))))))))). ( -54.70) >DroVir_CAF1 1250 120 - 1 ACCGGCGCCACUGCGCGGCAAUGGCGAAUCCUCUGGCUGUGUGAGCAGAAUACGAUCAUUCGACUCGCUGGACAGCUGUAGAUGUAUGCUAGGCGCCGGGAACGGAACCUCGUCCAGCAG .((((((((..(((...))).(((((.(((..(.(((((((((((..((((......))))..)))))...)))))))..)))...)))))))))))))....(((......)))..... ( -46.50) >DroGri_CAF1 58607 120 - 1 ACCGGCGCCGCUGCGUGGCAACGGCGAAUCCUCUGGCUGUGUGAGCAAAAUGCGAUCAUUUGAUUCGCUGGACAGCUGCAAAUGGAUGCUGGGUGCCGGGAACGGCACCUCGUCCAGCAG .(((((((((.(((...))).))))(((((...((..(((((.......)))))..))...))))))))))....((((...((((((..((((((((....)))))))))))))))))) ( -57.00) >DroWil_CAF1 1266 120 - 1 ACCAGCACCACUUCGUGGCAAUGGUGAAUCUUCCGGUUGGGUUAACAAUAUUCGAUCCUUUGGUUCGCUCGAUAGCUGUAGAUGAAUGCUGGGUGCCGGAAAUGGCACCUCAUCCAACAG ..((((.((((...))))....((((((((....((((((((.......))))))))....)))))))).....))))..(((((......(((((((....))))))))))))...... ( -38.00) >DroMoj_CAF1 90894 120 - 1 GCCGGCGCCGCUGCGCGGCAGUGGUGAGUCCUCUGGCUGCGUGAGCAGAAUUCGAUCGUUCGACUCACUCGACAGCUGCAGGUGUAUGCUGGGCGCUGGGAAGGGCACCUCGUCCAGCAG .(((((((((((((((.(((((((((((((......((((....)))).....((....)))))))))).....)))))..))))).))..))))))))...((((.....))))..... ( -56.90) >DroAna_CAF1 1529 120 - 1 GCCGGCACCACUCCUCGGCAGCGGCGAGUCCUCCGGCUGGGUGAGCAGGAUGCGGUCGUUCGACUCGCUGGACAGCUGCAGGUGAAUGCUCGGAGCCGGAAACGGCACUUCGUCCAGUAG .((((((...(.(((((((..(((((((((...((((((.((.......)).))))))...)))))))))....)))).))).)..))).))).((((....)))).............. ( -51.50) >consensus ACCGGCGCCACUGCGCGGCAACGGCGAAUCCUCCGGCUGUGUGAGCAGAAUGCGAUCGUUCGACUCGCUGGACAGCUGCAGAUGAAUGCUGGGCGCCGGAAACGGCACCUCGUCCAGCAG .((((((((.......(((..(((((((((...((..(((((.......)))))..))...)))))))))....)))(((......)))..))))))))....((........))..... (-35.40 = -35.18 + -0.22)
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