Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 8,402,186 – 8,402,306 |
Length | 120 |
Max. P | 0.983947 |
Location | 8,402,186 – 8,402,306 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 93.75 |
Mean single sequence MFE | -47.10 |
Consensus MFE | -43.12 |
Energy contribution | -43.32 |
Covariance contribution | 0.20 |
Combinations/Pair | 1.08 |
Mean z-score | -1.66 |
Structure conservation index | 0.92 |
SVM decision value | 1.96 |
SVM RNA-class probability | 0.983947 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 8402186 120 + 22224390 AGCAGGUGAACGGCGACAGCCAUCACCAAAUGUGGAUGCUUCUGGCCAAUCUUGCGCAUGCAGGCAUAGGUGGAGUUACGAUCCUGUGGAUACUUGGCCAGCACAUCUAGCAGCUUCUGC (((.(((((..(((....))).)))))...((((((((...((((((((.(((((....)))))((((((((......))..)))))).....))))))))..)))))).)))))..... ( -45.60) >DroSec_CAF1 1392 120 + 1 AGCAGGUGGACGGCGACAGCCAUCACCAAAUGCGGAUGCUUCUGGCCAAUCUUGCGCAUGCAGGCGUAGGUGGAGUGCCGAUCCUGUGGAUACUUGGCCAGCACAUCUAGCAGCUUCUGC (((.(((((..(((....))).)))))...((((((((...((((((...(((((((......)))))))..((((((((......))).)))))))))))..))))).))))))..... ( -48.30) >DroSim_CAF1 5193 120 + 1 AGCAGGUGGACGGCGACAGCCAUCACCAAAUGCGGAUGCUUCUGGCCAAUCUUGCGCAUGCAGGCGUACGUGGAGUGCCGAUCCUGUGGAUACUUGGCCAGCACAUCUAGCAGCUUCUGC (((.(((((..(((....))).)))))...((((((((...((((((.....(((((......)))))....((((((((......))).)))))))))))..))))).))))))..... ( -45.10) >DroEre_CAF1 4839 120 + 1 AGCAGGUGGACGGCGACCGCCAUCACCAAGUGCGGAUGCUUCUGGCCAAUCUUGCGCAUGCAUGCGUAGGUGGAGUGCCGAUCCUGCGGAUACUUGGCCAGCACAUCCAACAGCUUUUGC (((.(((((..(((....))).)))))..((..(((((...((((((...((((((((....))))))))..((((((((......))).)))))))))))..))))).)).)))..... ( -51.10) >DroYak_CAF1 4477 120 + 1 AGCAGAUGAACGGCGACCGCCAUCACCAAGUGCGGAUGCUUCUGGCCAAUCUUGCGCAUGCAGGCGUAGGUGGAGUGUCGAUCCUGCGGAUAUUUGGCCAGCACAUCCAGCAGCUUUUGC .(((((.....(((....))).........((((((((...((((((((.(((((....)))))(((((((.(.....).).)))))).....))))))))..))))).)))...))))) ( -45.40) >consensus AGCAGGUGGACGGCGACAGCCAUCACCAAAUGCGGAUGCUUCUGGCCAAUCUUGCGCAUGCAGGCGUAGGUGGAGUGCCGAUCCUGUGGAUACUUGGCCAGCACAUCUAGCAGCUUCUGC (((.(((((..(((....))).)))))...((((((((...((((((((.(((((((......))))))).(((.......))).........))))))))..))))).))))))..... (-43.12 = -43.32 + 0.20)
Location | 8,402,186 – 8,402,306 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 93.75 |
Mean single sequence MFE | -46.04 |
Consensus MFE | -39.54 |
Energy contribution | -39.06 |
Covariance contribution | -0.48 |
Combinations/Pair | 1.11 |
Mean z-score | -1.84 |
Structure conservation index | 0.86 |
SVM decision value | 1.72 |
SVM RNA-class probability | 0.973926 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 8402186 120 - 22224390 GCAGAAGCUGCUAGAUGUGCUGGCCAAGUAUCCACAGGAUCGUAACUCCACCUAUGCCUGCAUGCGCAAGAUUGGCCAGAAGCAUCCACAUUUGGUGAUGGCUGUCGCCGUUCACCUGCU ((((.....((((((((((((((((((.......((((..((((........))))))))....(....).)))))))).......))))))))))((((((....))))))...)))). ( -41.51) >DroSec_CAF1 1392 120 - 1 GCAGAAGCUGCUAGAUGUGCUGGCCAAGUAUCCACAGGAUCGGCACUCCACCUACGCCUGCAUGCGCAAGAUUGGCCAGAAGCAUCCGCAUUUGGUGAUGGCUGUCGCCGUCCACCUGCU ((((.....((((((((((((((((((.......((((...((.......))....))))....(....).)))))))).......))))))))))((((((....))))))...)))). ( -43.91) >DroSim_CAF1 5193 120 - 1 GCAGAAGCUGCUAGAUGUGCUGGCCAAGUAUCCACAGGAUCGGCACUCCACGUACGCCUGCAUGCGCAAGAUUGGCCAGAAGCAUCCGCAUUUGGUGAUGGCUGUCGCCGUCCACCUGCU ((((.....((((((((((((((((((.......((((..((........))....))))....(....).)))))))).......))))))))))((((((....))))))...)))). ( -45.01) >DroEre_CAF1 4839 120 - 1 GCAAAAGCUGUUGGAUGUGCUGGCCAAGUAUCCGCAGGAUCGGCACUCCACCUACGCAUGCAUGCGCAAGAUUGGCCAGAAGCAUCCGCACUUGGUGAUGGCGGUCGCCGUCCACCUGCU (((.(((.(((.((((((.((((((((((((.((.(((...((....)).))).)).))))...(....).))))))))..))))))))))))(((((((((....))))).))))))). ( -50.50) >DroYak_CAF1 4477 120 - 1 GCAAAAGCUGCUGGAUGUGCUGGCCAAAUAUCCGCAGGAUCGACACUCCACCUACGCCUGCAUGCGCAAGAUUGGCCAGAAGCAUCCGCACUUGGUGAUGGCGGUCGCCGUUCAUCUGCU (((.(((.(((.((((((.((((((((......(((((..................)))))...(....).))))))))..))))))))))))(((((((((....)))).)))))))). ( -49.27) >consensus GCAGAAGCUGCUAGAUGUGCUGGCCAAGUAUCCACAGGAUCGGCACUCCACCUACGCCUGCAUGCGCAAGAUUGGCCAGAAGCAUCCGCAUUUGGUGAUGGCUGUCGCCGUCCACCUGCU (((.(((.(((..(((((.((((((((.........(((.......))).....(((......))).....))))))))..))))).))))))(((((((((....))))).))))))). (-39.54 = -39.06 + -0.48)
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