Locus 309

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 984,669 – 984,842
Length 173
Max. P 0.999551
window465 window466 window467 window468 window469 window470

overview

Window 5

Location 984,669 – 984,766
Length 97
Sequences 4
Columns 113
Reading direction forward
Mean pairwise identity 83.23
Mean single sequence MFE -35.12
Consensus MFE -26.27
Energy contribution -25.77
Covariance contribution -0.50
Combinations/Pair 1.14
Mean z-score -2.67
Structure conservation index 0.75
SVM decision value 2.03
SVM RNA-class probability 0.986049
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 984669 97 + 22224390
GUGGCUGGUGGCUGGUCCCCUUGUUUAUGUGUCUGCUAUAUAUG------------U----AUGUACAUAUGUGAACGGCCACAUAGUGCAAGUUGCCAGCUUCUCAAUUGCC
..(((.((.(((((((...((((((((((((.(((.((((((((------------(----....)))))))))..))).))))))).)))))..))))))).)).....))) ( -36.00)
>DroSec_CAF1 67362 101 + 1
GUGGCUGGUGGCUGGUCCCCUUGUUUAUGUGUCUGCUGUGUAUGUAUG--------U----AUGUACAUAUGAGAACGGCCACAUAGUGCAAGUUGCCAGCUUCUCAAUUGGC
...((..(((((((((...((((((((((((...(((((((((((((.--------.----..))))))))....)))))))))))).)))))..))))))).....))..)) ( -36.70)
>DroSim_CAF1 46630 97 + 1
GUGGCUGGUGGCUGGUCCCCUUGUUUAUGUGUCUGCUGUGUAUG------------U----AUGUACAUAUGCGAACGGCCACAUAGUGCAAGUUGCCAGCUUCUCAAUUGGC
...((..(((((((((...((((((((((((.(((.((((((((------------(----....)))))))))..))).))))))).)))))..))))))).....))..)) ( -36.10)
>DroEre_CAF1 80745 102 + 1
GUG-------GCUGGUCCCCUUGUUUAUGUGUCUGCUAUGGAU----GUGUAUAUGUAUGGAUAUGUGUUUGUGAACGGCCACAUAGUGCAAGUUGCCAGCUUCUCAAUUGGC
(.(-------((((((...((((((((((((.(((.((..(((----(..(((........)))..))))..))..))).))))))).)))))..))))))).)......... ( -31.70)
>consensus
GUGGCUGGUGGCUGGUCCCCUUGUUUAUGUGUCUGCUAUGUAUG____________U____AUGUACAUAUGUGAACGGCCACAUAGUGCAAGUUGCCAGCUUCUCAAUUGGC
..........((((((...((((((((((((.(((.((((((((......................))))))))..))).))))))).)))))..))))))............ (-26.27 = -25.77 +  -0.50)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 6

Location 984,669 – 984,766
Length 97
Sequences 4
Columns 113
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 83.23
Mean single sequence MFE -24.70
Consensus MFE -18.24
Energy contribution -18.24
Covariance contribution 0.00
Combinations/Pair 1.00
Mean z-score -1.88
Structure conservation index 0.74
SVM decision value 0.68
SVM RNA-class probability 0.819498
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 984669 97 - 22224390
GGCAAUUGAGAAGCUGGCAACUUGCACUAUGUGGCCGUUCACAUAUGUACAU----A------------CAUAUAUAGCAGACACAUAAACAAGGGGACCAGCCACCAGCCAC
(((...((.(..((((((..((((...((((((.(.(((...((((((....----)------------)))))..))).).))))))..))))..).)))))..)))))).. ( -29.30)
>DroSec_CAF1 67362 101 - 1
GCCAAUUGAGAAGCUGGCAACUUGCACUAUGUGGCCGUUCUCAUAUGUACAU----A--------CAUACAUACACAGCAGACACAUAAACAAGGGGACCAGCCACCAGCCAC
.....(((.(..((((((..((((...((((((.(.(((....((((((...----.--------..))))))...))).).))))))..))))..).)))))..)))).... ( -25.10)
>DroSim_CAF1 46630 97 - 1
GCCAAUUGAGAAGCUGGCAACUUGCACUAUGUGGCCGUUCGCAUAUGUACAU----A------------CAUACACAGCAGACACAUAAACAAGGGGACCAGCCACCAGCCAC
.....(((.(..((((((..((((...((((((.(.(((.(..(((((....----)------------))))..)))).).))))))..))))..).)))))..)))).... ( -24.80)
>DroEre_CAF1 80745 102 - 1
GCCAAUUGAGAAGCUGGCAACUUGCACUAUGUGGCCGUUCACAAACACAUAUCCAUACAUAUACAC----AUCCAUAGCAGACACAUAAACAAGGGGACCAGC-------CAC
............((((((..((((...((((((...(((....)))..((((......))))....----............))))))..))))..).)))))-------... ( -19.60)
>consensus
GCCAAUUGAGAAGCUGGCAACUUGCACUAUGUGGCCGUUCACAUAUGUACAU____A____________CAUACACAGCAGACACAUAAACAAGGGGACCAGCCACCAGCCAC
............((((((..((((...((((((.(.(((.....................................))).).))))))..))))..).))))).......... (-18.24 = -18.24 +   0.00)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 7

Location 984,709 – 984,803
Length 94
Sequences 4
Columns 110
Reading direction forward
Mean pairwise identity 82.41
Mean single sequence MFE -30.30
Consensus MFE -20.92
Energy contribution -22.30
Covariance contribution 1.38
Combinations/Pair 1.07
Mean z-score -2.37
Structure conservation index 0.69
SVM decision value 1.43
SVM RNA-class probability 0.953266
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 984709 94 + 22224390
UAUG------------U----AUGUACAUAUGUGAACGGCCACAUAGUGCAAGUUGCCAGCUUCUCAAUUGCCAACGCACACCGUUGCACACCUUUGUGUGUGCUAGCUU
..((------------(----.(((((.((((((......))))))))))).((((.(((........))).)))))))....(((((((((......)))))).))).. ( -26.60)
>DroSec_CAF1 67402 98 + 1
UAUGUAUG--------U----AUGUACAUAUGAGAACGGCCACAUAGUGCAAGUUGCCAGCUUCUCAAUUGGCAACGCACACCGUUGCACACCUCUGUGUGUGCUAGCUU
(((((((.--------.----..))))))).(((...((((((((((.(...((((((((........))))))))(((......)))....).))))))).)))..))) ( -31.40)
>DroSim_CAF1 46670 94 + 1
UAUG------------U----AUGUACAUAUGCGAACGGCCACAUAGUGCAAGUUGCCAGCUUCUCAAUUGGCAACGCACACCGUUGCACACCUCUGUGUGUGCUAGCUU
((((------------(----....))))).((.(((((.......((((..((((((((........)))))))))))).)))))((((((......))))))..)).. ( -30.30)
>DroEre_CAF1 80778 101 + 1
GAU----GUGUAUAUGUAUGGAUAUGUGUUUGUGAACGGCCACAUAGUGCAAGUUGCCAGCUUCUCAAUUGGCAACGCACACCAUUGC-----ACCGUGUGUACUAGCUU
...----((...((..(((((.((((((..((....))..))))))((((..((((((((........))))))))))))........-----.)))))..))...)).. ( -32.90)
>consensus
UAUG____________U____AUGUACAUAUGUGAACGGCCACAUAGUGCAAGUUGCCAGCUUCUCAAUUGGCAACGCACACCGUUGCACACCUCUGUGUGUGCUAGCUU
......................(((((.((((((......))))))))))).((((((((........))))))))((((((....(((......)))))))))...... (-20.92 = -22.30 +   1.38)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 8

Location 984,709 – 984,803
Length 94
Sequences 4
Columns 110
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 82.41
Mean single sequence MFE -30.40
Consensus MFE -24.51
Energy contribution -25.57
Covariance contribution 1.06
Combinations/Pair 1.04
Mean z-score -2.33
Structure conservation index 0.81
SVM decision value 1.73
SVM RNA-class probability 0.974315
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 984709 94 - 22224390
AAGCUAGCACACACAAAGGUGUGCAACGGUGUGCGUUGGCAAUUGAGAAGCUGGCAACUUGCACUAUGUGGCCGUUCACAUAUGUACAU----A------------CAUA
..((((((.(((((....)))))(((((.....)))))...........))))))....((((.(((((((....)))))))))))...----.------------.... ( -29.40)
>DroSec_CAF1 67402 98 - 1
AAGCUAGCACACACAGAGGUGUGCAACGGUGUGCGUUGCCAAUUGAGAAGCUGGCAACUUGCACUAUGUGGCCGUUCUCAUAUGUACAU----A--------CAUACAUA
..((((((((((......))))))...((((((.(((((((.((....)).))))))).))))))...))))........((((((...----.--------..)))))) ( -32.50)
>DroSim_CAF1 46670 94 - 1
AAGCUAGCACACACAGAGGUGUGCAACGGUGUGCGUUGCCAAUUGAGAAGCUGGCAACUUGCACUAUGUGGCCGUUCGCAUAUGUACAU----A------------CAUA
..((..((((((......))))))(((((((((((((((((.((....)).)))))))..))))......)))))).)).(((((....----)------------)))) ( -33.40)
>DroEre_CAF1 80778 101 - 1
AAGCUAGUACACACGGU-----GCAAUGGUGUGCGUUGCCAAUUGAGAAGCUGGCAACUUGCACUAUGUGGCCGUUCACAAACACAUAUCCAUACAUAUACAC----AUC
............(((((-----...((((((((.(((((((.((....)).))))))).))))))))...)))))............................----... ( -26.30)
>consensus
AAGCUAGCACACACAGAGGUGUGCAACGGUGUGCGUUGCCAAUUGAGAAGCUGGCAACUUGCACUAUGUGGCCGUUCACAUAUGUACAU____A____________CAUA
..((((((((((......))))))...((((((.(((((((.((....)).))))))).))))))...))))...................................... (-24.51 = -25.57 +   1.06)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 9

Location 984,726 – 984,842
Length 116
Sequences 5
Columns 119
Reading direction forward
Mean pairwise identity 93.25
Mean single sequence MFE -47.20
Consensus MFE -39.83
Energy contribution -40.03
Covariance contribution 0.20
Combinations/Pair 1.00
Mean z-score -3.34
Structure conservation index 0.84
SVM decision value 3.71
SVM RNA-class probability 0.999551
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 984726 116 + 22224390
GAACGGCCACAUAGUGCAAGUUGCCAGCUUCUCAAUUGCCAACGCACACC---GUUGCACACCUUUGUGUGUGCUAGCUUGUGGCAUAUCUACGGUGAAAUGUCUGCGCGUGUGGCACG
...(((((((((.(((((.((((.(((........))).))))...((((---((.((((((......))))))..((.....))......)))))).......)))))))))))).)) ( -42.70)
>DroSec_CAF1 67423 116 + 1
GAACGGCCACAUAGUGCAAGUUGCCAGCUUCUCAAUUGGCAACGCACACC---GUUGCACACCUCUGUGUGUGCUAGCUUGUGGCAUAUCUACGGUGAAAUGUCUGCGCGUGUGGCACG
...(((((((((.(((((.((((((((........))))))))...((((---((.((((((......))))))..((.....))......)))))).......)))))))))))).)) ( -49.80)
>DroSim_CAF1 46687 116 + 1
GAACGGCCACAUAGUGCAAGUUGCCAGCUUCUCAAUUGGCAACGCACACC---GUUGCACACCUCUGUGUGUGCUAGCUUGUGGCAUAUCUACGGUGAAAUGUCUGCGCGUGUGGCACG
...(((((((((.(((((.((((((((........))))))))...((((---((.((((((......))))))..((.....))......)))))).......)))))))))))).)) ( -49.80)
>DroEre_CAF1 80807 111 + 1
GAACGGCCACAUAGUGCAAGUUGCCAGCUUCUCAAUUGGCAACGCACACC---AUUGC-----ACCGUGUGUACUAGCUUGUGGCAUAUCUACGGUGAAAUGUCUGCGCGUGUGGCACG
...(((((((((.(((((.((((((((........))))))))......(---(((.(-----((((((.(((...((.....)).))).))))))).))))..)))))))))))).)) ( -45.00)
>DroYak_CAF1 73017 118 + 1
GAACGGCCACAUAGUGCAAGUUGCCAGCUUCUCAAUUGGCAACGCACACCACCAUUGCU-AGUACCGUGUGUACUAGCUUAUGGCAUAUCUACGGUGAAAUGUCUGCGCGUGUGGCACG
...(((((((((.(((((.((((((((........))))))))...((((.((((.(((-(((((.....))))))))..)))).........)))).......)))))))))))).)) ( -48.70)
>consensus
GAACGGCCACAUAGUGCAAGUUGCCAGCUUCUCAAUUGGCAACGCACACC___GUUGCACACCUCUGUGUGUGCUAGCUUGUGGCAUAUCUACGGUGAAAUGUCUGCGCGUGUGGCACG
...(((((((((.(((((.((((((((........))))))))((((((.................))))))..........(((((.((......)).))))))))))))))))).)) (-39.83 = -40.03 +   0.20)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 0

Location 984,726 – 984,842
Length 116
Sequences 5
Columns 119
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 93.25
Mean single sequence MFE -42.89
Consensus MFE -33.56
Energy contribution -34.76
Covariance contribution 1.20
Combinations/Pair 1.06
Mean z-score -2.47
Structure conservation index 0.78
SVM decision value 1.54
SVM RNA-class probability 0.962743
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 984726 116 - 22224390
CGUGCCACACGCGCAGACAUUUCACCGUAGAUAUGCCACAAGCUAGCACACACAAAGGUGUGCAAC---GGUGUGCGUUGGCAAUUGAGAAGCUGGCAACUUGCACUAUGUGGCCGUUC
((.((((((.(.((((......((((((......((.....))..((((((......)))))).))---))))...((..((.........))..))...)))).)..))))))))... ( -39.80)
>DroSec_CAF1 67423 116 - 1
CGUGCCACACGCGCAGACAUUUCACCGUAGAUAUGCCACAAGCUAGCACACACAGAGGUGUGCAAC---GGUGUGCGUUGCCAAUUGAGAAGCUGGCAACUUGCACUAUGUGGCCGUUC
((.((((((.(.((((......((((((......((.....))..((((((......)))))).))---))))...(((((((.((....)).))))))))))).)..))))))))... ( -43.50)
>DroSim_CAF1 46687 116 - 1
CGUGCCACACGCGCAGACAUUUCACCGUAGAUAUGCCACAAGCUAGCACACACAGAGGUGUGCAAC---GGUGUGCGUUGCCAAUUGAGAAGCUGGCAACUUGCACUAUGUGGCCGUUC
((.((((((.(.((((......((((((......((.....))..((((((......)))))).))---))))...(((((((.((....)).))))))))))).)..))))))))... ( -43.50)
>DroEre_CAF1 80807 111 - 1
CGUGCCACACGCGCAGACAUUUCACCGUAGAUAUGCCACAAGCUAGUACACACGGU-----GCAAU---GGUGUGCGUUGCCAAUUGAGAAGCUGGCAACUUGCACUAUGUGGCCGUUC
((.((((((.(((((..((((.((((((......((.....))........)))))-----).)))---).)))))(((((((.((....)).)))))))........))))))))... ( -41.44)
>DroYak_CAF1 73017 118 - 1
CGUGCCACACGCGCAGACAUUUCACCGUAGAUAUGCCAUAAGCUAGUACACACGGUACU-AGCAAUGGUGGUGUGCGUUGCCAAUUGAGAAGCUGGCAACUUGCACUAUGUGGCCGUUC
((.((((((.(.((((.(((.((((((((....))).....((((((((.....)))))-)))...))))).))))(((((((.((....)).))))))).))).)..))))))))... ( -46.20)
>consensus
CGUGCCACACGCGCAGACAUUUCACCGUAGAUAUGCCACAAGCUAGCACACACAGAGGUGUGCAAC___GGUGUGCGUUGCCAAUUGAGAAGCUGGCAACUUGCACUAUGUGGCCGUUC
.((((.....))))....................((((((.....((((((......))))))......((((((.(((((((.((....)).))))))).)))))).))))))..... (-33.56 = -34.76 +   1.20)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 09:41:23 2006