Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 8,234,448 – 8,234,562 |
Length | 114 |
Max. P | 0.992821 |
Location | 8,234,448 – 8,234,562 |
---|---|
Length | 114 |
Sequences | 5 |
Columns | 119 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 82.07 |
Mean single sequence MFE | -56.08 |
Consensus MFE | -42.44 |
Energy contribution | -46.32 |
Covariance contribution | 3.88 |
Combinations/Pair | 1.03 |
Mean z-score | -2.58 |
Structure conservation index | 0.76 |
SVM decision value | 1.98 |
SVM RNA-class probability | 0.984754 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 8234448 114 + 22224390 GCUGCUGCAGCGACGCGACG---CAGACGAGCCGCUGUCGCAGUUGCAGUUGCAGUUGCAGUCGCAGUCGCCGUCGGCGUCGCAGUCGACGCAGCAGCGGCGCCAGUUUCACUGUCC-- ((((((((..((((((((((---(.((((.((.(((((.(((..(((....)))..)))....))))).)))))).))))))).))))..)))))))).....(((.....)))...-- ( -63.90) >DroSec_CAF1 135416 114 + 1 GCUGCUGCAGCGACGCGACG---CAGACGAGCCGCUGUCGCAGUUGCAGUUGCAGUUGCAGUCGCAGUCGCCGUCGGCGUCGCAGUCGACGCAGCAGCGGCGCCAGUUUCACUGUCC-- ((((((((..((((((((((---(.((((.((.(((((.(((..(((....)))..)))....))))).)))))).))))))).))))..)))))))).....(((.....)))...-- ( -63.90) >DroSim_CAF1 97962 114 + 1 GCUGCUGCAGCGACGCGACG---CAGACGAGCCGCUGUCGCAGUUGCAGUUGCAGUUGCAGUCGCAGUCGCCGUCGGCGUCGCAGUCGACGCAGCAGCGGCGCCAGUUUCACUGUCC-- ((((((((..((((((((((---(.((((.((.(((((.(((..(((....)))..)))....))))).)))))).))))))).))))..)))))))).....(((.....)))...-- ( -63.90) >DroEre_CAF1 124467 108 + 1 GCUGCUGCAGCGACGCGACG---CAGACGAGCCGCUGUCGCA------GUUGCAGUUGCAGUCGCAGUCGCCGUCGGCGUCGCAGUCGGCGCAGCAGCGGCGGCAGUUCCACUUUCC-- ((((((((..((((((((((---(.((((.((.(((((.((.------..(((....))))).))))).)))))).))))))).))))..))))))))((.((.....)).))....-- ( -57.70) >DroAna_CAF1 190463 113 + 1 GCUGCUGCAGCGACGCGAAGAGUCAUCCGGA------UUGCAGUCUCGUUCACAGUCGCAGUCGCAGUCACCGUCGCAUAUUCAGCCGCAGUCGCAGCGCCGUCAAUUCCAUUAUAACG (((((.((.(((((((((...((...(.(((------(....)))).)...))..)))).))))).......((.((.......)).)).)).)))))..................... ( -31.00) >consensus GCUGCUGCAGCGACGCGACG___CAGACGAGCCGCUGUCGCAGUUGCAGUUGCAGUUGCAGUCGCAGUCGCCGUCGGCGUCGCAGUCGACGCAGCAGCGGCGCCAGUUUCACUGUCC__ ((((((((.((((((((((......((((......))))((((((((....)))))))).))))).)))))(((((((......)))))))..)))))))).................. (-42.44 = -46.32 + 3.88)
Location | 8,234,448 – 8,234,562 |
---|---|
Length | 114 |
Sequences | 5 |
Columns | 119 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 82.07 |
Mean single sequence MFE | -56.70 |
Consensus MFE | -42.06 |
Energy contribution | -44.10 |
Covariance contribution | 2.04 |
Combinations/Pair | 1.25 |
Mean z-score | -2.86 |
Structure conservation index | 0.74 |
SVM decision value | 2.35 |
SVM RNA-class probability | 0.992821 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 8234448 114 - 22224390 --GGACAGUGAAACUGGCGCCGCUGCUGCGUCGACUGCGACGCCGACGGCGACUGCGACUGCAACUGCAACUGCAACUGCGACAGCGGCUCGUCUG---CGUCGCGUCGCUGCAGCAGC --((.(((.....)))...))(((((((((.((((.(((((((.(((((.(.((((...((((..(((....)))..))))...)))))))))).)---)))))))))).))))))))) ( -63.40) >DroSec_CAF1 135416 114 - 1 --GGACAGUGAAACUGGCGCCGCUGCUGCGUCGACUGCGACGCCGACGGCGACUGCGACUGCAACUGCAACUGCAACUGCGACAGCGGCUCGUCUG---CGUCGCGUCGCUGCAGCAGC --((.(((.....)))...))(((((((((.((((.(((((((.(((((.(.((((...((((..(((....)))..))))...)))))))))).)---)))))))))).))))))))) ( -63.40) >DroSim_CAF1 97962 114 - 1 --GGACAGUGAAACUGGCGCCGCUGCUGCGUCGACUGCGACGCCGACGGCGACUGCGACUGCAACUGCAACUGCAACUGCGACAGCGGCUCGUCUG---CGUCGCGUCGCUGCAGCAGC --((.(((.....)))...))(((((((((.((((.(((((((.(((((.(.((((...((((..(((....)))..))))...)))))))))).)---)))))))))).))))))))) ( -63.40) >DroEre_CAF1 124467 108 - 1 --GGAAAGUGGAACUGCCGCCGCUGCUGCGCCGACUGCGACGCCGACGGCGACUGCGACUGCAACUGCAAC------UGCGACAGCGGCUCGUCUG---CGUCGCGUCGCUGCAGCAGC --.....((((.....)))).(((((((((.((((.(((((((.((((((..(((((..(((....)))..------..)).)))..)).)))).)---)))))))))).))))))))) ( -58.80) >DroAna_CAF1 190463 113 - 1 CGUUAUAAUGGAAUUGACGGCGCUGCGACUGCGGCUGAAUAUGCGACGGUGACUGCGACUGCGACUGUGAACGAGACUGCAA------UCCGGAUGACUCUUCGCGUCGCUGCAGCAGC (((((.........)))))..(((((...((((((.((...(((((.(((.((((.((.((((.(((....).))..)))).------))))).).)).).)))))))))))))))))) ( -34.50) >consensus __GGACAGUGAAACUGGCGCCGCUGCUGCGUCGACUGCGACGCCGACGGCGACUGCGACUGCAACUGCAACUGCAACUGCGACAGCGGCUCGUCUG___CGUCGCGUCGCUGCAGCAGC ..((.(((.....)))...))(((((((((.((((.((((((.....(((((((((...((((..(((....)))..))))...)))).))))).....)))))))))).))))))))) (-42.06 = -44.10 + 2.04)
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