Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 8,229,563 – 8,229,698 |
Length | 135 |
Max. P | 0.971916 |
Location | 8,229,563 – 8,229,669 |
---|---|
Length | 106 |
Sequences | 6 |
Columns | 111 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 78.12 |
Mean single sequence MFE | -24.98 |
Consensus MFE | -16.70 |
Energy contribution | -16.37 |
Covariance contribution | -0.33 |
Combinations/Pair | 1.29 |
Mean z-score | -2.42 |
Structure conservation index | 0.67 |
SVM decision value | 1.68 |
SVM RNA-class probability | 0.971916 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 8229563 106 - 22224390 UAG--CUAAAUGCAUGUGCAUGUGCGCACGA--AUGCAAAAAUUGAUUGUAAUUCAAUUACAGUGCGUAAUUUAUGCAUUGCCAAAAUCGACCACAAGACCU-AGUAAAAC ..(--(((...(((.(((((((((((((((.--...)...((((((.......))))))...)))))))...)))))))))).....((........))..)-)))..... ( -23.20) >DroSec_CAF1 130494 106 - 1 UGG--CUAAAUGCAUGUGCAUGUGCGCACGA--AUGCAAAAAUUGAUUUUAAUUCAAUUACAGUGCGUAAUUUAUGCAUUGCCAAAAGCGACCACAAGCCCU-AGUAAAAC (((--(..(((((((((((......))))..--(((((..((((((.......))))))....))))).....)))))))))))...((........))...-........ ( -26.90) >DroEre_CAF1 119711 104 - 1 UGG--CUAAAUGCAUUC---AGUGCGCACGA--AUGCAAAAAUUGAUUUUAAUUCAAUUACCGUGCGUAAUUUAUGCAUUGCUAAAAGCGACCACAAAACCCGGUGAAUCG (((--(..(((((((..---..((((((((.--.......((((((.......))))))..))))))))....)))))))))))....(((.(((........)))..))) ( -26.70) >DroWil_CAF1 129504 97 - 1 ACU--CUA-CUGUGCGUGUAUGUGUGUAUGGCCAUCCGAAAAUUGGUUUUAAUUCAAUUACAGUGCGUAAUUUAUGCAUUGCUUAGAGC-ACCGCA---CCU-AU------ ...--...-..((((((((...((..((..((((.........))))..))...))....(((((((((...)))))))))......))-).))))---)..-..------ ( -22.80) >DroYak_CAF1 121304 104 - 1 UGG--CUAAAUGCAUUC---AGUGCGCACGA--AUGCAAAAAUUGAUUUUAAUUCAAUUACAGUGCGUAAUUUAUGCAUUGCCAAAAGCGACCACAAAACUCUAGUAAAAU (((--(..(((((((..---..((((((((.--...)...((((((.......))))))...)))))))....)))))))))))........................... ( -26.30) >DroAna_CAF1 182586 97 - 1 GGGCACUAAAUGCAUUC---UGUGCGCACGA--AUGCAAAAAUUGAUUUUAAUUCAAUUACAGUGCGUAAUUUAUGCAUUGCUAAAAUCCACCACACAAUUC--------- (((((((...(((((((---((....)).))--)))))..((((((.......))))))..)))))(((((......))))).........)).........--------- ( -24.00) >consensus UGG__CUAAAUGCAUGC___UGUGCGCACGA__AUGCAAAAAUUGAUUUUAAUUCAAUUACAGUGCGUAAUUUAUGCAUUGCCAAAAGCGACCACAAAACCC_AGUAAAA_ ........(((((((.......((((((((......)...((((((.......))))))...)))))))....)))))))............................... (-16.70 = -16.37 + -0.33)
Location | 8,229,593 – 8,229,698 |
---|---|
Length | 105 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 82.27 |
Mean single sequence MFE | -28.38 |
Consensus MFE | -22.32 |
Energy contribution | -22.10 |
Covariance contribution | -0.22 |
Combinations/Pair | 1.25 |
Mean z-score | -1.97 |
Structure conservation index | 0.79 |
SVM decision value | 0.67 |
SVM RNA-class probability | 0.819099 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 8229593 105 - 22224390 AC-----------AAAUCCGGAGCAGCUGCAGCGGAUCCCUAG--CUAAAUGCAUGUGCAUGUGCGCACGA--AUGCAAAAAUUGAUUGUAAUUCAAUUACAGUGCGUAAUUUAUGCAUU ..-----------..(((((..((....))..))))).....(--(.....))..(((((((((((((((.--...)...((((((.......))))))...)))))))...))))))). ( -27.80) >DroSec_CAF1 130524 105 - 1 AC-----------AAAUCCGGAGCAGCUGCAGCGGAUCCCUGG--CUAAAUGCAUGUGCAUGUGCGCACGA--AUGCAAAAAUUGAUUUUAAUUCAAUUACAGUGCGUAAUUUAUGCAUU ..-----------..(((((..((....))..))))).....(--(.....))..(((((((((((((((.--...)...((((((.......))))))...)))))))...))))))). ( -27.60) >DroEre_CAF1 119742 102 - 1 CC-----------AAAUCCGGAGCAGCUGCAACGGCUCCCUGG--CUAAAUGCAUUC---AGUGCGCACGA--AUGCAAAAAUUGAUUUUAAUUCAAUUACCGUGCGUAAUUUAUGCAUU ..-----------....((((.(.(((((...))))).)))))--...(((((((..---..((((((((.--.......((((((.......))))))..))))))))....))))))) ( -30.00) >DroWil_CAF1 129524 106 - 1 AA-----------AAAUCAGAAGCAGUUGCAUCUGAUCCUACU--CUA-CUGUGCGUGUAUGUGUGUAUGGCCAUCCGAAAAUUGGUUUUAAUUCAAUUACAGUGCGUAAUUUAUGCAUU ..-----------..((((((.((....)).))))))......--...-..(((((((((((((((((.(((((.........)))))..........)))).))))))...))))))). ( -21.80) >DroYak_CAF1 121335 102 - 1 CC-----------AAAUCCGGAGCAGCUGCAGCGGAUGCCUGG--CUAAAUGCAUUC---AGUGCGCACGA--AUGCAAAAAUUGAUUUUAAUUCAAUUACAGUGCGUAAUUUAUGCAUU ((-----------(.(((((..((....))..)))))...)))--...(((((((..---..((((((((.--...)...((((((.......))))))...)))))))....))))))) ( -30.90) >DroAna_CAF1 182608 115 - 1 CCGGCAUUUUCCAGAAUCCGGAGCAGCUGCAUCUGAUCCCGGGCACUAAAUGCAUUC---UGUGCGCACGA--AUGCAAAAAUUGAUUUUAAUUCAAUUACAGUGCGUAAUUUAUGCAUU ((((.((((....)))))))).(((..(((..(((....)))(((((...(((((((---((....)).))--)))))..((((((.......))))))..)))))))).....)))... ( -32.20) >consensus AC___________AAAUCCGGAGCAGCUGCAGCGGAUCCCUGG__CUAAAUGCAUGC___UGUGCGCACGA__AUGCAAAAAUUGAUUUUAAUUCAAUUACAGUGCGUAAUUUAUGCAUU ...............(((((..((....))..)))))...........(((((((.......((((((((......)...((((((.......))))))...)))))))....))))))) (-22.32 = -22.10 + -0.22)
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